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- PDB-8e9o: Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant VF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e9o
タイトルCrystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant VFIY bound to maleic acid at 278 K
要素Aspartate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Enzyme / Designed Protein / Mutant Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALEIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aspartate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Chica, R.A. / St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C.
資金援助 カナダ, 米国, 5件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-04831 カナダ
Ontario Early Researcher AwardsER14-10-139 カナダ
Canada Foundation for Innovation26503 カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124149 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124169 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Computational remodeling of an enzyme conformational landscape for altered substrate selectivity.
著者: St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Eason, M.G. / Foster, S.M. / Khan, S.T. / Damry, A.M. / Goto, N.K. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.
履歴
登録2022年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate aminotransferase
B: Aspartate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4386
ポリマ－89,7112
非ポリマー7264
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area28640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.830, 143.830, 81.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A


分子量: 44855.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aspC, b0928, JW0911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-MAE / MALEIC ACID / マレイン酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, ammonium sulfate, PEG 400, maleate

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→124.56 Å / Num. obs: 68674 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 29.78 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.96→1.99 Å / Num. unique obs: 3426 / CC1/2: 0.309

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X28

1x28


解像度: 1.96→124.56 Å / SU ML: 0.2305 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.5133
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1886 6917 10.08 %
Rwork0.1481 61736 -
obs0.1522 68653 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→124.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6162 0 0 376 6538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00876439
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89938774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051964
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.91922304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-1.980.31942180.29861933X-RAY DIFFRACTION93.64
1.98-2.010.32082250.28712013X-RAY DIFFRACTION99.38
2.01-2.030.28782340.27262083X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.060.29052290.25182028X-RAY DIFFRACTION99.96
2.06-2.080.27362320.25312057X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.110.30082350.24532065X-RAY DIFFRACTION99.96
2.11-2.140.28992300.24062046X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.180.29152250.23552046X-RAY DIFFRACTION99.96
2.18-2.210.28112270.22422058X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.250.25962550.22092013X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.280.24592470.1952051X-RAY DIFFRACTION99.96
2.28-2.330.24782200.18562069X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.370.22082040.17922040X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.420.22182170.16962092X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.470.19962280.16062103X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.530.22132250.162018X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.590.20622270.14812068X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.660.19762400.15092067X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.740.19612310.14832023X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.830.20932370.14272081X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.930.17492200.13832069X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.050.18572610.13952029X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.190.18552470.13932050X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.350.19072370.12872069X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.560.14872130.1182086X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.840.14192200.10552079X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.230.13262410.09132078X-RAY DIFFRACTION100
4.23-4.840.12672260.09482078X-RAY DIFFRACTION100
4.84-6.090.1492280.11892104X-RAY DIFFRACTION100
6.1-124.560.16072380.14732140X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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