PDB-8e9t: Crystal structure of wild-type E. coli aspartate aminotransferase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e9t

タイトル

Crystal structure of wild-type E. coli aspartate aminotransferase in the ligand-free form at 303 K

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme / Designed Protein / Mutant Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Chica, R.A. / St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C.

資金援助

カナダ,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2016-04831	カナダ
Ontario Early Researcher Awards	ER14-10-139	カナダ
Canada Foundation for Innovation	26503	カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124149	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124169	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Computational remodeling of an enzyme conformational landscape for altered substrate selectivity.
著者: St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Eason, M.G. / Foster, S.M. / Khan, S.T. / Damry, A.M. / Goto, N.K. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.

履歴

登録	2022年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e9t.cif.gz	545 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e9t.ent.gz	379.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8e9t_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8e9t_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	8e9t_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	8e9t_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8e9cC 8e9dC 8e9jC 8e9kC 8e9lC 8e9mC 8e9nC 8e9oC 8e9pC 8e9qC 8e9rC 8e9sC 8e9uC 8e9vC 1x28S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

B: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

90.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.830, 143.830, 81.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 44776.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aspC, b0928, JW0911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, ammonium sulfate, PEG 400, maleate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 303 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→124.95 Å / Num. obs: 53790 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 38.47 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.13→2.17 Å / Num. unique obs: 2679 / CC_1/2: 0.263

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X28

1x28

解像度: 2.13→124.56 Å / SU ML: 0.2774 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.0883
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	5411	10.07 %
R_work	0.1715	48327	-
obs	0.1744	53738	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→124.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6112	0	0	175	6287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	6361
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5039	8662
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0379	951
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.4567	2282

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.13-2.15	0.3817	153	0.3552	1389	X-RAY DIFFRACTION	84.54
2.15-2.18	0.3472	177	0.3197	1590	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.18-2.2	0.288	175	0.2947	1620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.23	0.3152	193	0.2969	1554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.2884	201	0.2754	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.29	0.2915	190	0.264	1596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.32	0.3035	175	0.2587	1624	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.32-2.36	0.3073	156	0.2648	1640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.2674	173	0.2446	1635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.43	0.2689	157	0.2424	1607	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.43-2.48	0.2478	191	0.2321	1620	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.48-2.52	0.285	182	0.2295	1593	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.52-2.57	0.2438	176	0.2309	1637	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.57-2.62	0.2657	178	0.2286	1632	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.62-2.68	0.2484	182	0.2273	1580	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.68-2.74	0.2288	190	0.2065	1606	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.74-2.81	0.2446	174	0.1998	1615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.89	0.257	169	0.1866	1616	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.89-2.97	0.2096	207	0.1762	1600	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.97-3.07	0.2044	200	0.177	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.18	0.2199	192	0.1739	1594	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.18-3.3	0.211	186	0.1627	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.46	0.1808	176	0.1637	1637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.64	0.165	172	0.1358	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.87	0.158	171	0.1301	1624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.16	0.1568	189	0.1107	1623	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.58	0.1441	182	0.1124	1647	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-5.25	0.1549	171	0.1199	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
5.25-6.61	0.1621	202	0.149	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
6.61-124.56	0.1487	171	0.1494	1698	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.47180690645	-3.18169795936	1.68254142282	6.89680391975	-3.63467974439	1.91332807123	-0.611445395228	-0.706142993385	0.0759773462788	0.517276811952	0.675458677232	0.17785400415	-0.0203737102709	-0.490468573829	-0.120747914599	0.527073490822	0.0896218012184	0.00516498073605	0.556132239839	-0.0521666886215	0.48917592783	20.9060961615	-50.8012464358	6.99742370086
2	3.14299125858	2.10588881035	0.408092262914	8.65064789028	2.71258353765	3.63325916995	0.22504018191	-0.454322347617	-0.244274933469	0.738249177639	-0.449429763389	-0.451706415541	0.48274550011	-0.233307524279	0.188469444159	0.504581100505	-0.0303955111418	-0.030833856855	0.261403083417	0.0410250863329	0.292394901199	44.1695315447	-50.0140009031	21.3863582308
3	0.674330708259	0.334861501012	0.393021328879	1.78615140797	0.868921073307	2.79627790475	0.00711127134145	0.0744382966726	-0.00035562443938	-0.108100102684	0.0621263302378	-0.188401120196	0.069776456558	0.211899649956	-0.0742296559967	0.267042209818	-0.0262182103194	-0.00292950223497	0.271975130687	0.00682127465044	0.306027473157	46.9216747308	-42.3317249644	-2.58353534774
4	1.66145099069	0.750117817838	0.19260937632	3.13044478298	0.112441066783	2.39870439316	-0.04042351534	0.0725250273037	-0.0989061568199	-0.11231571961	0.0848709500693	-0.068131936435	0.0924614894862	-0.388903349916	-0.0272934631836	0.47182094047	0.0563370764338	-0.0187120892309	0.357902404759	0.0221918278125	0.25109765227	37.3025522151	-65.9284560091	5.64784682733
5	0.0985772171207	0.510741621936	0.501625989647	2.77465385681	2.35416111267	2.46320402994	-0.22019450166	-0.0552664379615	0.0814761218285	-0.479204322899	0.199256948601	0.0100769013377	-0.174073717346	0.471566871509	0.00474626656274	0.442959360668	-0.0414301851137	0.0321842824239	0.413241243448	-0.051164342274	0.36015122893	50.5702065282	-17.5322610035	6.14907139909
6	1.47608484788	-0.0772916164016	-0.0276228400768	1.43566643176	0.302899851217	1.45200863165	0.0837689501843	-0.204429656423	0.0397931296996	0.467984433515	-0.264079567261	0.327714971145	0.187225346503	-0.381699672423	0.152853177027	0.399694722627	-0.126805784301	0.0568654883208	0.380399126547	-0.0813243413103	0.375457761188	29.7422054935	-34.1102840284	22.7346428409
7	1.38472625658	-0.564507310808	-0.0263479622591	4.58485277302	0.53052945248	2.10696553629	-0.146732839977	0.0757042770855	0.35014604212	-0.502391700433	-0.226078238908	0.523104516444	-0.501728748863	-0.260271316826	0.370941954052	0.382153842513	0.0542940228907	-0.149717013893	0.383348026931	-0.0572309781436	0.523321985871	25.0898211739	-15.340103662	4.45146371695
8	1.21536095199	0.298553555694	0.566226724899	1.08451201745	0.178298852233	1.46843408248	-0.0885885505372	-0.145431095024	0.257262859226	0.0330544305621	-0.251235508224	0.679961086337	-0.214020637064	-0.576198606578	0.217489874885	0.31732398842	0.0329570568616	-0.0497660092943	0.486013541825	-0.21077907018	0.592217593254	21.0841911346	-19.7438049695	15.3522316843
9	0.992678103633	0.00388296735648	0.618140248532	1.90113737957	0.480174635861	2.60438393361	0.0718005633072	-0.0380289169321	0.0601358584336	0.198671659811	-0.288545744395	0.38561266731	0.230688904938	-0.37924923622	0.159801972815	0.360893285139	-0.128807899717	0.0307305700524	0.389823597788	-0.0902829118281	0.418657260347	25.9445399191	-37.7901320179	12.7831202761
10	4.02702677413	4.59793488685	-1.92690041464	5.31021973319	-2.45366809431	1.85068681436	0.277714040688	-0.154952241626	0.398232644281	0.922045515782	-0.276706899861	0.767811612712	0.0932726885524	-0.154658909898	-0.039272018042	0.474606253555	-0.0382749007526	0.048216315508	0.454049332104	-0.160830914353	0.44851043546	34.7043911078	-14.3746202018	31.8996066252
11	3.10197750981	0.631297927574	-0.222008343601	2.41995289142	0.16997119117	3.12600947757	0.0207751614665	0.24700297352	0.148418212817	-0.32336587427	-0.126587310719	0.14721293301	-0.170487484334	0.0420464120411	0.129175933212	0.378577423649	0.0179175286427	-0.0301584022891	0.359823881352	-0.0764369544657	0.399395194192	43.0636408503	-3.00716836294	19.4476509934

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 60 through 300 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 301 through 396 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 32 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 33 through 101 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 102 through 168 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 169 through 264 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 265 through 300 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 301 through 331 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 332 through 396 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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