PDB-8e9r: Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant VF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e9r

タイトル

Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant VFCS in the ligand-free form at 278 K

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme / Designed Protein / Mutant Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chica, R.A. / St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C.

資金援助

カナダ,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2016-04831	カナダ
Ontario Early Researcher Awards	ER14-10-139	カナダ
Canada Foundation for Innovation	26503	カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124149	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124169	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Computational remodeling of an enzyme conformational landscape for altered substrate selectivity.
著者: St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Eason, M.G. / Foster, S.M. / Khan, S.T. / Damry, A.M. / Goto, N.K. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.

履歴

登録	2022年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e9r.cif.gz	476.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e9r.ent.gz	384.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8e9r_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8e9r_full_validation.pdf.gz	461.2 KB	表示
XML形式データ	8e9r_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	8e9r_validation.cif.gz	46.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e9cC 8e9dC 8e9jC 8e9kC 8e9lC 8e9mC 8e9nC 8e9oC 8e9pC 8e9qC 8e9sC 8e9tC 8e9uC 8e9vC 1x28S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

B: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

90.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.830, 143.830, 81.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 44769.461 Da / 分子数: 2 / 変異: K37F, T43C, N64S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aspC, b0928, JW0911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, maleate, ammonium sulfate, PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 278 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.8855 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8855 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→124.73 Å / Num. obs: 75209 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 30.07 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 3696 / CC_1/2: 0.303

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X28

1x28

解像度: 1.9→124.56 Å / SU ML: 0.2363 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.0782
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	7563	10.06 %
R_work	0.1528	67588	-
obs	0.1567	75151	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→124.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6133	0	10	374	6517

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0049	6410
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7934	8731
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0438	959
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	1162
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.9464	2283

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3391	243	0.3259	2178	X-RAY DIFFRACTION	97.46
1.92-1.95	0.3359	252	0.3145	2239	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.95-1.97	0.3283	253	0.2945	2248	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.3227	245	0.2918	2230	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2-2.02	0.2861	248	0.2731	2222	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.02-2.05	0.3054	255	0.264	2267	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.05-2.08	0.2945	248	0.2555	2230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.2859	253	0.2527	2230	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.11-2.14	0.2777	254	0.2415	2269	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.14-2.18	0.2503	245	0.2274	2231	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.18-2.22	0.253	252	0.2046	2237	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.22-2.26	0.2448	280	0.1906	2218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.3	0.2155	278	0.1769	2237	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.3-2.35	0.2065	212	0.1682	2272	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.35-2.4	0.2139	234	0.1648	2288	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.4-2.45	0.2133	236	0.159	2236	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.45-2.51	0.2178	267	0.1555	2239	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.51-2.58	0.201	240	0.1549	2280	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.58-2.66	0.208	254	0.1483	2247	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.66-2.74	0.1948	258	0.1449	2251	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-2.84	0.196	254	0.1472	2252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.96	0.1993	253	0.1442	2266	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.96-3.09	0.1946	280	0.142	2220	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.25	0.1917	271	0.1464	2256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.46	0.161	243	0.1308	2275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.72	0.149	236	0.1121	2286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-4.1	0.1264	267	0.0976	2277	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.69	0.1316	242	0.0944	2266	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-5.91	0.1453	247	0.1168	2313	X-RAY DIFFRACTION	100
5.92-124.56	0.1688	263	0.149	2328	X-RAY DIFFRACTION	99.62

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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