PDB-8e9p: Crystal structure of wild-type E. coli aspartate aminotransferase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e9p

タイトル

Crystal structure of wild-type E. coli aspartate aminotransferase in the ligand-free form at 278 K

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme / Designed Protein / Mutant Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Chica, R.A. / St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C.

資金援助

カナダ,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2016-04831	カナダ
Ontario Early Researcher Awards	ER14-10-139	カナダ
Canada Foundation for Innovation	26503	カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124149	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124169	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Computational remodeling of an enzyme conformational landscape for altered substrate selectivity.
著者: St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Eason, M.G. / Foster, S.M. / Khan, S.T. / Damry, A.M. / Goto, N.K. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.

履歴

登録	2022年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e9p.cif.gz	558.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e9p.ent.gz	389 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8e9cC 8e9dC 8e9jC 8e9kC 8e9lC 8e9mC 8e9nC 8e9oC 8e9qC 8e9rC 8e9sC 8e9tC 8e9uC 8e9vC 1x28S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

B: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

90.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.830, 143.830, 81.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 44776.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aspC, b0928, JW0911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, ammonium sulfate, PEG 400, maleate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 278 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→62.51 Å / Num. obs: 57093 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 39.46 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.09→2.13 Å / Num. unique obs: 2848 / CC_1/2: 0.227

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X28

1x28

解像度: 2.08→47.08 Å / SU ML: 0.2816 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.2753
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2055	5709	10.08 %
R_work	0.1743	50955	-
obs	0.1774	56664	98.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→47.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6141	0	5	183	6329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	6549
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.486	8929
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0379	975
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0026	1196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.8703	2349

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.11	0.3252	103	0.35	966	X-RAY DIFFRACTION	56.5
2.11-2.13	0.3624	187	0.3457	1691	X-RAY DIFFRACTION	97.26
2.13-2.16	0.3533	186	0.3359	1689	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.16-2.18	0.3163	201	0.3062	1730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.21	0.3248	196	0.2986	1713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.24	0.3166	213	0.29	1688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.28	0.3182	212	0.2755	1711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.31	0.2713	197	0.2634	1688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.35	0.2728	166	0.2592	1747	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.35-2.38	0.2684	170	0.2493	1741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.42	0.3054	183	0.2492	1732	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.43-2.47	0.239	192	0.2387	1749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.52	0.2638	200	0.2278	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.57	0.2505	180	0.2272	1735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.62	0.2443	194	0.2157	1743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.68	0.2578	188	0.2171	1690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.75	0.2658	204	0.215	1716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.83	0.2496	197	0.2082	1712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.91	0.2984	178	0.203	1748	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.91-3	0.2143	231	0.1948	1689	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3-3.11	0.2353	208	0.1993	1709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.24	0.2258	201	0.1786	1715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.38	0.2091	194	0.1683	1729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.56	0.1912	171	0.1519	1756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.78	0.1441	182	0.1315	1735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-4.08	0.1309	203	0.1143	1710	X-RAY DIFFRACTION	100
4.08-4.49	0.1584	194	0.1038	1756	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-5.13	0.1418	189	0.1129	1754	X-RAY DIFFRACTION	100
5.14-6.46	0.1667	199	0.1368	1743	X-RAY DIFFRACTION	99.95
6.47-47.08	0.1597	190	0.1455	1790	X-RAY DIFFRACTION	99.25

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.132748124736	0.0888995178094	0.102674410032	0.497683996627	0.326255121029	0.17033912098	-0.445693122383	0.630171420638	0.101232004335	0.0363658243492	0.550358046492	0.0228915638479	0.229494986096	0.237316736526	-0.0219200915956	0.482608943484	-0.124425080465	-0.070842689311	0.515700993037	0.0411850231437	0.524791492982	51.9556714427	75.2038695589	-4.96983129305
2	0.477273601006	-0.190585546729	0.303086985308	1.32526863686	-0.582373282172	2.35209010421	0.0558518007917	-0.0851479916473	0.00527898868154	-0.0130803001807	0.0238769705765	0.189617673463	0.143282170564	-0.229289322661	0.00100675574215	0.306506166868	0.0174685251236	-0.0242158220427	0.308557676942	-0.00522571498521	0.339244965106	25.2277900192	81.2950081723	1.40025243187
3	0.471991955238	0.280069413692	-0.386220552971	1.0498457471	0.564798916664	1.18204635386	-0.00167961603001	-0.0573887671447	-0.075428373987	0.106752668873	0.013290506435	0.103347509171	0.153350719023	0.241150197733	2.94299169893E-7	0.531825139682	-0.0523267060579	-0.0473319444589	0.387221061168	-0.00699659372175	0.307991477063	34.8407853379	58.7825170099	-3.87331064728
4	0.29314771614	0.0891034471964	-0.0125634524014	0.120165453767	-0.12101030791	0.0821200380053	-0.213460832151	0.129472470831	0.357452077003	0.231443226413	0.337830289755	0.0191647944341	0.0761913650629	-0.642163119619	0.000198064765588	0.728163000709	0.0302792581906	0.0517956244243	0.626361515312	0.0538349814247	0.549111565986	22.6209093181	103.274977736	2.43141076159
5	0.00721071284418	-0.0191953613695	-0.0217815602133	0.136886165519	-0.0850108631251	0.106158325935	0.316870896745	-0.0830945664316	-0.206913676529	-0.0222861720097	-0.141685621054	-0.073480494118	0.354074888674	-0.164166198574	-6.77857094071E-5	0.432112848322	0.0128729232031	-0.0101922246833	0.413235716265	0.0670470268871	0.411984710092	24.0053044993	108.550423892	-22.8202486055
6	0.847851667714	-0.123049223971	0.300888576671	1.70788840469	-0.428081230825	1.58497128105	-0.0381008873352	0.0682274300638	0.165091990312	0.0293381681674	-0.302050601542	-0.460408096399	-0.1283741939	0.449499164395	-0.154523692017	0.294426485166	-0.0113584103543	-0.0604341041913	0.427990441569	0.149070747387	0.515016688039	48.6199172467	102.794937718	-11.4261258025
7	0.155282587238	-0.00974904437309	0.198179466624	0.521309264782	-0.120753835332	0.274628384951	0.0742833595448	0.066523168022	0.0759416195153	-0.20393740636	-0.286939316259	-0.291177743507	0.248869992541	0.235584006496	-0.0252653775616	0.373573665718	0.0964720285587	-0.00200271783213	0.427304453724	0.107875047936	0.414588392093	44.5784521694	90.1396843737	-13.1545283386
8	0.156594913939	-0.151959391989	-0.212274680175	0.11064376464	0.108011602236	0.287664796238	0.186924312934	0.0702564454938	0.30826617289	-0.61467441029	-0.292265588943	-0.513855851636	0.055728083781	0.236419642411	-0.0404834234473	0.499244134842	0.052705662861	0.0413891149727	0.444919063416	0.126980956538	0.442016134049	36.7453050366	110.940535501	-30.2630587641
9	0.43345372105	0.26948812655	-0.115603296015	0.719677440292	-0.222013060519	0.311289767907	0.128353500157	-0.158289607866	0.176784221252	0.245472557255	-0.235964125316	-0.140437935714	0.135797627169	-0.253127103886	-0.000134199681743	0.436430779595	-0.017285696839	-0.0440179330398	0.413640760154	0.0565784690578	0.45175340656	29.0252324686	121.532206396	-17.7170153027

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 300 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 301 through 396 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -2 through 22 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 23 through 46 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 47 through 243 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 244 through 300 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 301 through 331 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 332 through 396 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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