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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e9n | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant VFIY in the ligand-free form at 278 K | ||||||||||||||||||
![]() | Aspartate aminotransferase | ||||||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / Enzyme / Designed Protein / Mutant Protein | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() L-phenylalanine biosynthetic process / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / aspartate catabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Chica, R.A. / St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Computational remodeling of an enzyme conformational landscape for altered substrate selectivity. 著者: St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Eason, M.G. / Foster, S.M. / Khan, S.T. / Damry, A.M. / Goto, N.K. / Thompson, M.C. / Chica, R.A. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 484.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 391.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8e9cC ![]() 8e9dC ![]() 8e9jC ![]() 8e9kC ![]() 8e9lC ![]() 8e9mC ![]() 8e9oC ![]() 8e9pC ![]() 8e9qC ![]() 8e9rC ![]() 8e9sC ![]() 8e9tC ![]() 8e9uC ![]() 8e9vC ![]() 1x28S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44855.570 Da / 分子数: 2 / 変異: K37F, T43I, N64Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, ammonium sulfate, maleate, PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1158 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→124.43 Å / Num. obs: 76900 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.91 Å / Num. unique obs: 3787 / CC1/2: 0.301 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1X28 解像度: 1.88→124.43 Å / SU ML: 0.2216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.3685 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→124.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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