PDB-8e9m: Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant VF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e9m

タイトル

Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant VFIT bound to maleic acid at 278 K

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme / Designed Protein / Mutant Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Chica, R.A. / St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C.

資金援助

カナダ,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2016-04831	カナダ
Ontario Early Researcher Awards	ER14-10-139	カナダ
Canada Foundation for Innovation	26503	カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124149	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124169	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Computational remodeling of an enzyme conformational landscape for altered substrate selectivity.
著者: St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Eason, M.G. / Foster, S.M. / Khan, S.T. / Damry, A.M. / Goto, N.K. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.

履歴

登録	2022年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e9m.cif.gz	566.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e9m.ent.gz	393.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8e9cC 8e9dC 8e9jC 8e9kC 8e9lC 8e9nC 8e9oC 8e9pC 8e9qC 8e9rC 8e9sC 8e9tC 8e9uC 8e9vC 1x28S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

B: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

90.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.830, 143.830, 81.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 44793.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aspC, b0928, JW0911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-MAE / MALEIC ACID / マレイン酸分子量: 116.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, ammonium sulfate, maleate, PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 278 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→124.3 Å / Num. obs: 94818 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 26.6 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / Num. unique obs: 4736 / CC_1/2: 0.267

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X28

1x28

解像度: 1.76→71.92 Å / SU ML: 0.2319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.0127
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1753	9561	10.09 %
R_work	0.1477	85217	-
obs	0.1505	94778	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→71.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6144	0	0	354	6498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0046	6585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7812	8988
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0458	983
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	1211
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.0998	2381

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.78	0.3324	267	0.3161	2387	X-RAY DIFFRACTION	84.6
1.78-1.8	0.3525	320	0.3232	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.8-1.82	0.3144	319	0.31	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.322	321	0.2913	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.2922	316	0.2715	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.89	0.3057	314	0.2549	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.89-1.92	0.2808	320	0.2472	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.95	0.2689	320	0.2268	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.25	311	0.2132	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.2336	322	0.1982	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.2268	321	0.188	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.2287	324	0.1882	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2144	316	0.1809	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.2121	324	0.1652	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.1867	325	0.1443	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.1753	365	0.1454	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.16	308	0.134	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.39	0.176	281	0.1371	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.46	0.1845	305	0.1346	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.54	0.1771	329	0.1329	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.63	0.1739	312	0.1322	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.73	0.1606	325	0.1271	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.86	0.1706	315	0.1301	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.01	0.1597	357	0.1314	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.2	0.173	334	0.1388	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.44	0.1645	320	0.1296	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.79	0.1384	299	0.1194	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.34	0.13	325	0.1055	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-5.46	0.1322	319	0.1139	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
5.47-71.92	0.1456	327	0.153	2950	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.844532383152	-0.85415260441	1.06416341404	3.58710115018	-1.214147187	1.29502971013	-0.251718810824	-0.309673182017	0.144140048927	0.304741787583	0.161861939564	0.352231380628	-0.111467272509	-0.384281424657	0.0385546823463	0.28289678972	-0.00725454420692	0.0133409883736	0.289825708422	-0.0388012458518	0.348528474319	21.4481353771	-50.8241922643	7.56874897012
2	2.33551374731	2.74351260268	1.80012498213	8.10052929485	3.81300436257	3.6104470973	0.187051214028	-0.169252651227	-0.0785951946755	0.696701010868	-0.190659809638	-0.229699599273	0.31229489929	-0.0702905702101	-0.0303912141595	0.324521861028	-0.018043955924	-0.0299567112488	0.20052337914	0.0205870490906	0.16815176957	44.5240359512	-50.3308928767	21.1819494602
3	0.770094139261	-0.154243490916	-0.622367076703	1.78018748097	0.989273891048	2.97511100463	-0.0240783164958	-0.0343920409401	0.0778079211954	0.0421297912592	0.125362489003	-0.338296701291	-0.0746788117885	0.363583315995	-0.136505167214	0.171772965497	-0.0574736984391	-0.0440318068211	0.222344980052	-0.0246538071319	0.255509407775	53.7111537428	-34.6872915951	7.23357475355
4	0.910757629289	0.5371928195	-0.239384845707	3.15322642285	-0.0397249679606	3.17092454905	-0.0128412425973	0.110359594612	0.100578624864	-0.252264201986	0.0711866405512	0.161138916088	-0.171377456237	0.0672848112147	0.0302567403773	0.1922099128	-0.0312405959525	-0.02688729456	0.180804526532	0.00422761250885	0.216423987659	39.2504120059	-37.1942614419	-7.79989902812
5	1.14801896432	-0.189387681906	-0.128309861545	1.55335812034	0.931429343972	2.84039765242	-0.0144315262498	0.078611930598	-0.0766032523094	-0.0715634526033	-0.0109283977358	0.0615617793155	0.394513347181	-0.0711699540426	0.0269361837716	0.279851444655	-0.0443250365953	-0.0339626502821	0.2002783057	-0.00713482932345	0.197230789035	37.7284547263	-51.0476570534	-11.4977755655
6	0.908376299241	0.119567975951	0.325322105806	1.72027696407	0.00882786370278	2.50669319844	0.0134181415649	0.113760514856	-0.0385078960152	-0.14841515673	0.0387558784035	-0.205534296275	0.154319579048	0.318831331441	-0.0542171561675	0.208764957493	-0.00698845615167	0.0130603314392	0.211985612504	-0.0332918649625	0.204113992194	49.8868876952	-48.2505803852	-8.52015145238
7	0.43948979592	0.0157469063813	0.216799764491	1.39435228889	0.29153736649	1.18010641795	-0.0121599631918	0.0114069038037	0.0416377947765	0.0168926117838	0.0265848096805	-0.164020542908	-0.0606025786981	0.129132507824	0.00938783403357	0.195703111796	-0.0426719851663	-0.0254969193929	0.174477099825	-0.0113846818499	0.199535580669	47.1859854046	-35.5756306049	6.69568193362
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9	0.225348938982	0.565751468142	0.852231729569	1.61203282008	1.85504571302	3.27381999049	-0.164067276071	-0.00126991663198	0.024195388671	-0.20431773386	0.0735125173594	-0.00199206865367	0.017776914822	0.407864102498	0.11822764099	0.306334761767	-0.0547632611715	0.0245053960917	0.299562583181	-0.0204461913637	0.27460044015	50.2419040943	-17.5494155449	7.17595778369
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14	0.602392457364	0.293567867935	0.32047936519	1.72918460761	0.742914209818	1.43772854266	0.0233970091817	-0.113496314586	0.165137729625	0.187687564293	-0.243212190151	0.488075431043	0.0378906883973	-0.368552467393	0.13787392078	0.183512576979	-0.0416129082745	0.0233276465389	0.241332757078	-0.0845788520189	0.301834381378	24.0724722675	-29.1416355998	15.8605311595
15	1.06801846798	2.47243408006	-0.604569694368	8.18348442727	-1.13912335441	1.23839731431	0.105485882226	-0.102188557375	0.181874302382	0.759388966299	-0.142345698258	0.485274675988	0.106462129357	-0.131892816456	0.0528980559533	0.295337759698	-0.0311463564048	0.0593480355752	0.265715114102	-0.104041898286	0.260220492715	35.5083607099	-13.3148174807	31.7133343482
16	2.26283406639	0.506333971929	0.265494850161	2.22831040651	0.207862762974	1.92279431432	-0.0416876917589	0.0750572013101	0.140526351121	-0.159918749211	-0.0792250792769	0.215106857647	-0.115452150277	-0.0479956470843	0.113224572856	0.206832914756	0.00288661389966	-0.0277840693872	0.163884541697	-0.062537774203	0.211115775107	42.6329250345	-3.69104175307	19.2743711575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 60 through 101 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102 through 127 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 128 through 165 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 166 through 243 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 244 through 300 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 301 through 396 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 0 through 32 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 33 through 59 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 60 through 117 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 118 through 178 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 179 through 204 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 205 through 300 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 301 through 332 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 333 through 396 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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