PDB-8e9j: Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant HE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e9j

タイトル

Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant HEX in the ligand-free form at 278 K

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme / Designed Protein / Mutant Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Chica, R.A. / St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C.

資金援助

カナダ,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2016-04831	カナダ
Ontario Early Researcher Awards	ER14-10-139	カナダ
Canada Foundation for Innovation	26503	カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124149	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124169	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Computational remodeling of an enzyme conformational landscape for altered substrate selectivity.
著者: St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Eason, M.G. / Foster, S.M. / Khan, S.T. / Damry, A.M. / Goto, N.K. / Thompson, M.C. / Chica, R.A.

履歴

登録	2022年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e9j.cif.gz	543.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e9j.ent.gz	376.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8e9cC 8e9dC 8e9kC 8e9lC 8e9mC 8e9nC 8e9oC 8e9pC 8e9qC 8e9rC 8e9sC 8e9tC 8e9uC 8e9vC 1x28S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

B: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

90.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.830, 143.830, 81.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 44794.531 Da / 分子数: 2 / 変異: V35L, K37Y, T43I, N64L, T104S, N285S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aspC, b0928, JW0911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, ammonium sulfate, PEG 400, maleate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 278 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→124.7 Å / Num. obs: 56805 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.72 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.315 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 2.09→2.13 Å / Num. unique obs: 2782 / CC_1/2: 0.273

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X28

1x28

解像度: 2.09→124.56 Å / SU ML: 0.2689 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.1276
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1975	5735	10.1 %
R_work	0.1675	51052	-
obs	0.1705	56787	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→124.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6145	0	0	244	6389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	6324
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4945	8605
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0384	949
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0027	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.4757	2249

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.11	0.3217	175	0.3013	1556	X-RAY DIFFRACTION	91.98
2.11-2.14	0.3198	190	0.3106	1688	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.14-2.16	0.3438	191	0.2933	1667	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.16-2.19	0.3231	188	0.2781	1703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.22	0.2942	193	0.2746	1693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.22-2.25	0.2996	217	0.2646	1681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.2919	200	0.2528	1676	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.28-2.32	0.2615	199	0.2431	1697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.35	0.2672	158	0.2308	1704	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.35-2.39	0.2623	176	0.2211	1745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.2471	177	0.2258	1696	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.43-2.48	0.2443	191	0.2115	1697	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.48-2.52	0.2545	193	0.2196	1696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.58	0.252	192	0.2099	1691	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.58-2.63	0.2571	181	0.2039	1720	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.63-2.69	0.2277	190	0.1984	1689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.76	0.2361	200	0.1946	1726	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.76-2.83	0.2251	200	0.1901	1683	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.84-2.92	0.2257	177	0.177	1714	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.92-3.01	0.2188	228	0.1717	1671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.12	0.2098	202	0.1784	1716	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.12-3.24	0.1959	198	0.1713	1689	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.25-3.39	0.1944	192	0.1589	1709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.57	0.1833	174	0.143	1727	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.57-3.8	0.1499	179	0.1263	1737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.09	0.1328	204	0.1155	1698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.5	0.1419	190	0.1067	1730	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-5.15	0.1456	186	0.1088	1747	X-RAY DIFFRACTION	100
5.15-6.48	0.1645	200	0.1406	1717	X-RAY DIFFRACTION	100
6.49-124.56	0.1444	194	0.1421	1789	X-RAY DIFFRACTION	99.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.193882837883	-0.118571428905	-0.170524213307	0.314646800976	-0.0447475652384	0.237191621964	-0.381361896143	0.276044594156	0.142915743165	-0.0966345193923	0.188590223209	-0.187516555808	0.0715570060312	0.0738620941267	-0.0101141310343	0.454337102163	-0.0456661036294	-0.065757858108	0.412404766071	0.0730823418394	0.621231323488	53.5022514465	81.6693658516	-2.3388385424
2	0.173281368954	-0.108215209805	0.112712385258	0.158936037758	0.0568496770725	0.234814413181	0.13263215382	0.391715917013	-0.0345344460966	-0.299970554771	0.0125029826769	0.112242911448	-0.238598204474	0.358521384703	2.77091650536E-5	0.444710738773	0.0246809665185	0.00220314384242	0.379314344147	-0.0265943897547	0.312866243613	38.8459017687	64.7782009612	-13.5968206927
3	0.487004560447	-0.114046781443	0.216884522245	1.11783068371	-0.531865360572	1.79417946289	0.00952368331795	-0.0598021582072	-0.0048600838885	0.0213497678141	0.0497039843856	0.120355942667	0.0801297642497	-0.172903597684	3.17706464488E-6	0.220995665345	0.0408808498321	-0.0157587430482	0.21291906249	0.00471542360531	0.22580746362	24.9795193214	80.159339313	4.75147905432
4	0.139587527352	-0.260803366073	0.269408813205	0.873274358421	-0.658578883266	0.606270169801	-0.0442338054513	0.0295227723791	0.0187592762027	-0.0652908158879	0.0501827553056	0.0911823787741	-0.0231466027446	-0.0483884364535	1.12135211106E-5	0.286999512084	0.0298938277286	-0.0202501325808	0.249275926141	0.00136646768638	0.276230673328	24.7739404515	88.9178208661	-4.92964306202
5	0.0872377708782	0.0265855067468	0.0898558010086	0.291957582144	0.0537297448032	0.0958586251374	-0.0188121946056	-0.233118411348	-0.0296373523771	-0.392542942739	0.135037994557	0.239003473801	0.367584167269	-0.102085798883	-0.000653304827233	0.417826765394	-0.0145216805672	-0.0453023891633	0.3066251005	-0.00960388508766	0.322684480194	24.0827410373	61.7626605188	-9.4369777984
6	0.582646804582	0.329649089003	-0.465475569617	0.849904713431	-0.229314895249	0.933522026568	0.0373346704485	-0.191546849322	0.0530541968258	0.104527719679	0.09887280593	-0.0908297564557	0.150123843443	0.347556379932	-2.63813944001E-5	0.415376434091	0.0338813862772	-0.0228219742069	0.350519026038	-0.0267359110353	0.282555794666	40.2138201011	57.0022411159	-1.17260435279
7	0.171326738265	-0.162834979432	0.175956608671	0.147057596358	-0.167036166522	0.172531983661	-0.134533554094	0.127128209311	0.159340078928	0.0843487245043	0.0966937504146	0.0508264681015	0.0329232464229	-0.00121156265767	0.000145851800099	0.46514587538	0.0372526634988	0.0105863068537	0.410780040538	0.0437220631407	0.357888495731	22.8019189352	103.218914276	1.78953129679
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9	0.0800597027882	-0.0912903374918	0.125209123284	0.402929353336	0.138643121326	0.448008458336	0.0434452181194	0.179667725631	0.164628078656	-0.142211228292	-0.178693509963	-0.355879770469	0.0225246462859	0.224565170759	-0.0819429875397	0.304336993281	0.0530764495584	0.0159200540361	0.390499118566	0.10853112929	0.443129844321	50.7154875897	92.9860303606	-9.30106320808
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13	0.530380256696	0.156397860437	-0.054531424774	1.0033959264	-0.627388753373	0.448396391778	0.0628675832823	-0.0821140371015	0.271882894309	0.186130626461	-0.156088620916	-0.154229502669	-0.120641074395	-0.0043443550208	-0.000211668028703	0.357937165125	0.00311263858965	-0.033430248869	0.337406157293	0.0540869144836	0.405230261436	28.5785427867	121.391449212	-17.7985389251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 243 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 244 through 300 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 301 through 331 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 332 through 396 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -2 through 22 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 23 through 83 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 117 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 118 through 204 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 205 through 300 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 301 through 331 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 332 through 396 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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