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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e9c | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli aspartate aminotransferase mutant AIFS in the ligand-free form at 100 K | ||||||||||||||||||
要素 | Aspartate aminotransferase | ||||||||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Enzyme / Designed Protein / Mutant Protein | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-phenylalanine biosynthetic process / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / aspartate catabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Chica, R.A. / St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Thompson, M.C. | ||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Computational remodeling of an enzyme conformational landscape for altered substrate selectivity. 著者: St-Jacques, A.D. / Rodriguez, J.M. / Eason, M.G. / Foster, S.M. / Khan, S.T. / Damry, A.M. / Goto, N.K. / Thompson, M.C. / Chica, R.A. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8e9c.cif.gz | 533.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8e9c.ent.gz | 367.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8e9c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8e9c_validation.pdf.gz | 461.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8e9c_full_validation.pdf.gz | 462.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8e9c_validation.xml.gz | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8e9c_validation.cif.gz | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/8e9c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8e9dC 8e9jC 8e9kC 8e9lC 8e9mC 8e9nC 8e9oC 8e9pC 8e9qC 8e9rC 8e9sC 8e9tC 8e9uC 8e9vC 1x28S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44751.422 Da / 分子数: 2 / 変異: V35A K37I T43F N64S / 由来タイプ: 組換発現 詳細: PLP cofactor forms covalent imine bond with catalytic lysine (K248) epsilon amino group 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aspC, b0928, JW0911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, HEPES, PEG-400, maleate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1158 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→67.54 Å / Num. obs: 48326 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 38.6 % / Rmerge(I) obs: 3.553 / Num. unique obs: 2387 / CC1/2: 0.47 / Rpim(I) all: 0.575 / Rrim(I) all: 3.6 / Net I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1X28 解像度: 2.18→67.54 Å / SU ML: 0.3022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.183 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→67.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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