PDB-8e8t: Structure of the short LOR domain of human AASS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e8t

タイトル

Structure of the short LOR domain of human AASS

要素

Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / lysine metabolism / ketoglutarate / mitochondrial / reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) / saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) activity / saccharopine dehydrogenase activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-lysine-forming) activity / lysine catabolic process / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / Lysine catabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Khamrui, S. / Lazarus, M.B.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM124838	米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)	R21HD102745	米国

引用

ジャーナル: Open Biology / 年: 2022
タイトル: Characterization and structure of the human lysine-2-oxoglutarate reductase domain, a novel therapeutic target for treatment of glutaric aciduria type 1.
著者: Leandro, J. / Khamrui, S. / Suebsuwong, C. / Chen, P.J. / Secor, C. / Dodatko, T. / Yu, C. / Sanchez, R. / DeVita, R.J. / Houten, S.M. / Lazarus, M.B.

履歴

登録	2022年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e8t.cif.gz	332.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e8t.ent.gz	272.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8e8t_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8e8t_full_validation.pdf.gz	446 KB	表示
XML形式データ	8e8t_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	8e8t_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/8e8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/8e8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e8uC 8e8vC 2qrjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

B: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

96.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
96.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

登録者が定義した集合体
96.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.356, 154.715, 70.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial / LKR/SDH 分子量: 48347.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AASS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UDR5, saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming), saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial / LKR/SDH

分子量: 48347.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AASS / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UDR5, saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming), saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming)

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M HEPES, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9201 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9201 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.18→42.91 Å / Num. obs: 43284 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.172 / R_pim(I) all: 0.11 / R_rim(I) all: 0.206 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 132605 / Scaling rejects: 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.18-2.25	2.9	1.089	10951	3757	0.367	0.724	1.319	1	98
8.99-42.91	3.1	0.079	1976	645	0.984	0.052	0.096	11.8	90.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QRJ

2qrj

解像度: 2.18→42.91 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2449	2278	5.27 %
R_work	0.2136	40969	-
obs	0.2152	43247	95.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.22 Å² / B_iso mean: 43.6696 Å² / B_iso min: 16.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.18→42.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6326	0	0	249	6575
B_iso mean	-	-	-	38.18	-
残基数	-	-	-	-	806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6464
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.56	8762
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	979
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.022	3898

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1801-2.2275	0.3447	137	0.3136	2566	98
2.2275-2.2793	0.3607	145	0.3011	2569	96
2.2793-2.3363	0.3181	166	0.2875	2505	98
2.3363-2.3994	0.3115	136	0.2691	2580	98
2.3994-2.47	0.2809	106	0.2595	2552	96
2.47-2.5498	0.2876	160	0.2547	2583	98
2.5498-2.6409	0.2961	168	0.2525	2582	98
2.6409-2.7466	0.3079	130	0.2382	2618	98
2.7466-2.8716	0.2376	151	0.2159	2565	98
2.8716-3.0229	0.241	145	0.2236	2581	98
3.0229-3.2123	0.2693	132	0.2303	2605	97
3.2123-3.4602	0.2353	144	0.2141	2570	97
3.4602-3.8082	0.2288	134	0.1782	2513	94
3.8082-4.3588	0.1944	149	0.1724	2480	92
4.3588-5.4898	0.2055	148	0.1704	2489	92
5.4898-42.91	0.2044	127	0.1934	2611	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5909	1.5736	-1.3607	6.6198	-3.4248	4.014	0.2644	0.1569	-0.3018	0.3276	0.129	0.0621	0.2581	-0.2172	-0.2269	0.3488	0.0099	-0.0528	0.2219	-0.0117	0.3791	43.22	45.831	43.596
2	4.2116	2.3088	-1.4273	7.6014	1.4323	2.4126	0.0129	0.9901	-0.9897	-0.7058	0.0909	-0.2942	0.5314	-0.2693	0.2881	0.6109	-0.0138	0.0487	0.423	-0.0492	0.4882	41.115	59.978	36.358
3	1.8338	0.8798	0.5325	2.3641	0.1029	1.1115	0.2488	-0.233	-0.4532	0.2025	-0.149	-0.4309	0.2969	0.0221	-0.0368	0.3716	-0.0209	-0.0378	0.2626	0.0382	0.3986	44.18	48.305	49.359
4	3.7939	-0.4686	-1.6435	3.5697	1.0205	2.9281	0.3173	1.013	-0.4951	-1.1326	-0.0908	0.228	0.3839	0.0356	-0.0648	0.5177	0.0325	-0.0174	0.3978	-0.0832	0.3897	38.947	44.074	34.88
5	3.6531	1.8253	-3.7241	4.2489	5.4339	2	-0.0998	1.2615	-1.5662	-1.1699	-0.3631	-0.3434	0.9257	-0.3101	0.2702	0.6596	-0.2144	0.2247	1.1642	-0.3296	0.8992	37.896	32.306	31.334
6	4.5976	-0.2326	-0.3067	2.5797	-0.1225	1.6338	0.2634	0.3381	-0.117	-0.1469	-0.3259	0.6127	-0.1366	-0.3814	-0.0389	0.3822	-0.0651	0.0035	0.3258	-0.0413	0.4696	24.668	43.969	41.9
7	0.7622	0.2542	-0.156	1.3718	0.0451	0.6047	-0.066	0.0516	-0.0081	0.008	0.0701	0.1499	0.0523	-0.0665	0.05	0.2278	-0.0405	-0.0124	0.2093	-0.0115	0.2104	26.614	76.223	48.872
8	5.4918	-1.157	2.3024	2.7993	-1.0282	3.224	0.0312	-0.8882	-0.2229	0.6044	0.1702	0.2369	-0.2187	-0.6894	0.0608	0.3552	-0.0436	-0.004	0.3569	0.0066	0.285	7.449	79.735	50.496
9	1.9453	1.3758	1.3401	1.5702	1.028	1.2589	0.0107	-0.0322	-0.07	0.1292	-0.0654	0.2077	0.2977	-0.0584	0.06	0.2983	-0.0582	0.0226	0.2901	-0.026	0.3309	6.733	70.609	41.622
10	2.4976	-1.7354	2.8486	2.2959	0.1156	7.384	0.3944	-0.3654	-0.9414	0.0136	0.1839	0.2416	0.5841	0.4588	-0.068	0.6502	-0.0617	0.0413	0.5959	-0.2294	0.6509	9.556	57.137	33.332
11	3.6588	1.741	0.0784	6.1816	-1.247	3.8437	-0.4355	1.1521	-0.0209	-1.0251	0.1221	0.0672	-0.3964	0.4263	0.0534	0.3735	-0.0994	-0.0153	0.5332	0.0049	0.3487	11.941	76.159	28.997
12	5.0448	3.4076	2.6186	2.9205	2.7545	2.8752	0.4098	0.5649	0.2682	-0.4936	-0.3926	0.4355	-0.9419	-0.5705	0.0916	0.4067	-0.0906	-0.0501	0.3332	-0.032	0.3692	19.208	91.695	37.928
13	1.6023	-0.1443	0.2609	1.176	0.0252	0.795	-0.0281	0.56	-0.3735	-0.1179	0.0959	-0.0817	0.1362	0.1218	0.0344	0.3216	-0.0308	0.0064	0.3403	-0.0539	0.3126	24.385	71.614	33.468
14	3.697	-4.2682	-2.0619	5.761	1.9601	7.8854	-0.0873	0.7168	0.6041	-0.7838	0.1482	0.634	-0.3185	-0.8114	0.0312	0.7727	0.0401	-0.0588	0.9576	0.0954	0.481	20.64	79.835	22.414
15	1.1086	-0.4519	0.6155	2.4387	0.0177	0.5363	-0.0406	0.0362	-0.0906	-0.1973	0.0764	0.1226	0.254	-0.1184	0.0197	0.2567	-0.0673	0.0655	0.2314	-0.0326	0.2184	30.698	60.492	43.071
16	1.9075	-1.269	-0.041	2.3131	0.3931	0.165	0.1916	0.2888	-1.0158	0.1545	-0.2261	0.0371	0.6384	-0.4672	-0.0422	0.5083	-0.1018	0.018	0.3144	0.0183	0.659	27.982	33.643	41.66
17	2.7641	0.4984	-1.0582	4.123	-0.0943	1.5177	-0.0625	0.0307	0.0425	-0.4024	0.1724	1.1012	-0.0076	-0.2891	0.0014	0.3246	-0.0517	-0.0765	0.2748	0.0624	0.493	12.261	70.741	73.075
18	2.0975	1.0223	-0.6113	3.8191	-1.0083	0.3136	-0.0811	-0.1316	0.2966	0.2821	0.007	1.1808	0.1317	-0.3801	-0.1411	0.1711	0.1268	0.0926	0.3991	0.082	1.6757	3.729	75.48	78.41
19	2.5883	0.175	-0.625	3.1539	0.5706	2.7624	0.0528	-0.8617	0.2307	0.4494	-0.3455	0.6889	0.3423	-0.4317	0.0069	0.4222	-0.0483	0.0915	0.5083	-0.0305	0.6862	8.362	63.95	86.17
20	9.0712	-1.3859	1.9044	5.5841	-0.3142	4.724	0.0308	-1.4374	-0.6263	0.6699	-0.5707	0.8285	0.407	-0.5563	0.0452	0.863	0.0206	0.2632	0.8054	0.085	0.7577	4.694	59.458	94.014
21	2.993	-0.4317	-0.1896	3.6059	0.7378	3.4976	-0.4933	-0.1861	-0.736	0.6772	-0.0038	0.8723	1.0926	0.3937	0.0981	0.5219	0.0183	0.2273	0.3755	0.103	0.6954	14.248	50.872	80.013
22	2.142	0.1583	-0.4829	1.6545	0.0182	0.1038	-0.0223	-0.1655	-0.0542	0.141	-0.0707	0.0947	-0.0112	-0.0295	-0.0065	0.3078	-0.0205	0.027	0.2247	0.0092	0.1878	39.081	68.064	75.31
23	2.2081	0.3429	-0.4457	2.3996	-0.2199	1.322	-0.1299	-0.0003	-0.1651	-0.0278	0.0476	-0.1303	0.1495	0.0486	0.0087	0.2939	-0.0118	-0.0237	0.2221	0.002	0.2271	46.637	63.14	69.75
24	3.9959	0.6908	-0.0065	5.335	-0.3067	1.9319	0.1164	0.1196	-1.0114	-0.2228	0.1405	-0.8573	0.7307	0.7852	-0.0068	0.5731	0.0847	0.0075	0.4497	0.0497	0.4726	54.632	50.794	71.676
25	2.1354	0.7072	-0.1831	2.3903	0.1624	1.6651	-0.3371	-0.0165	-0.9535	0.5498	0.1624	-1.1881	0.8051	-0.1887	0.1112	0.7183	0.032	-0.0501	0.2719	0.0458	0.4901	46.834	43.726	76.581
26	4.8979	0.1258	-2.3335	3.8278	-0.5884	2.5299	-0.1819	0.2097	-0.9841	-0.0053	-0.0278	0.4168	1.2654	-1.1751	-0.0349	1.3913	-0.3103	0.0812	0.6343	0.127	0.7516	36.985	34.274	85.439
27	3.2747	0.5959	-0.0506	2.6362	-0.4208	1.641	-0.0175	-0.443	-0.5721	0.0649	0.2082	0.2127	0.5946	-0.0195	0.0701	0.5276	-0.0554	-0.0512	0.3104	0.1219	0.3614	45.229	50.038	82.577
28	6.1661	3.0216	0.7714	5.551	0.9343	2.4658	0.0668	-0.7201	-0.4671	0.1593	-0.1497	0.0866	0.3038	-0.0215	0.0494	0.6655	-0.0469	-0.1004	0.5227	0.1526	0.5519	45.416	49.444	91.487
29	2.1547	-0.141	0.2901	2.5852	-0.5838	1.613	0.0497	-0.7157	0.0162	0.6312	-0.051	0.0748	0.1528	-0.0274	0.0269	0.5761	-0.0366	0.0288	0.3649	0.0048	0.3248	45.309	59.519	86.473
30	3.438	-0.2151	0.7692	2.7677	-0.0091	2.5177	-0.1487	-0.8589	0.5279	0.6107	0.0229	-0.4588	-0.3547	0.2747	-0.0019	0.5233	-0.0657	-0.012	0.4534	0.0033	0.3044	41.526	66.5	92.473
31	2.8603	0.2507	0.6845	2.2633	-0.7666	0.8593	0.1018	-0.0899	-0.0305	0.0676	-0.1194	0.2794	0.1688	0.0135	0.017	0.3924	-0.04	0.0554	0.2741	-0.0349	0.2426	26.9	62.904	77.242
32	0.9379	0.0079	-0.5514	3.3019	1.2732	0.8398	-0.8631	-0.2562	-0.5472	0.9203	0.0088	1.8222	0.9009	-0.2757	-0.1188	0.5624	-0.0875	0.2297	0.3535	0.0107	1.3175	3.311	50.793	79.863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 24:31 )	A	24 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 32:36 )	A	32 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 37:92 )	A	37 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 93:110 )	A	93 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 130:130 )	A	130
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 131:144 )	A	131 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 145:240 )	A	145 - 240
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 241:250 )	A	241 - 250
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 251:312 )	A	251 - 312
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 313:316 )	A	313 - 316
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 318:330 )	A	318 - 330
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 341:348 )	A	341 - 348
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN A AND RESID 349:379 )	A	349 - 379
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN A AND RESID 380:384 )	A	380 - 384
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN A AND RESID 385:428 )	A	385 - 428
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN A AND RESID 429:450 )	A	429 - 450
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 24:78 )	B	24 - 78
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 79:83 )	B	79 - 83
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN B AND RESID 84:122 )	B	84 - 122
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN B AND RESID 123:130 )	B	123 - 130
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN B AND RESID 131:144 )	B	131 - 144
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN B AND RESID 145:195 )	B	145 - 195
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN B AND RESID 196:240 )	B	196 - 240
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN B AND RESID 241:253 )	B	241 - 253
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN B AND RESID 254:284 )	B	254 - 284
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN B AND RESID 285:292 )	B	285 - 292
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN B AND RESID 293:313 )	B	293 - 313
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN B AND RESID 314:330 )	B	314 - 330
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN B AND RESID 341:369 )	B	341 - 369
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN B AND RESID 370:388 )	B	370 - 388
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN B AND RESID 389:425 )	B	389 - 425
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN B AND RESID 426:450 )	B	426 - 450

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)