PDB-8e7q: Crystal Structure of FosB from Bacillus cereus with Zinc and 2-Ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e7q

タイトル

Crystal Structure of FosB from Bacillus cereus with Zinc and 2-Phosphonopropionic acid

要素

Metallothiol transferase FosB

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / 2-phosphonopropionic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / response to antibiotic / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Travis, S. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. / Thompson, M.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Identification and analysis of small molecule inhibitors of FosB from Staphylococcus aureus.
著者: Travis, S. / Green, K.D. / Thamban Chandrika, N. / Pang, A.H. / Frantom, P.A. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. / Thompson, M.K.

履歴

登録	2022年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e7q.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e7q.ent.gz	56.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8e7q_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8e7q_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8e7q_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	8e7q_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/8e7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/8e7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e7rC 8g7fC 8g7gC 8g7hC 8g7iC 4jh6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Metallothiol transferase FosB

B: Metallothiol transferase FosB

ヘテロ分子

33.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.314, 68.016, 69.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Metallothiol transferase FosB / Fosfomycin resistance protein 分子量: 16488.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: fosB, BCE_2111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q739M9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

#1: タンパク質

Metallothiol transferase FosB / Fosfomycin resistance protein

分子量: 16488.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: fosB, BCE_2111 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q739M9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

-
非ポリマー , 5種, 225分子

#2: 化合物	ChemComp-UXR / (2S)-2-phosphonopropanoic acid 分子量: 154.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16% PEG 3350, 125 mM magnesium formate, 5 mM 2-phosphonopropionic acid

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 24190 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.158 / Χ²: 0.665 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 121685

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	5.1	0.57	1182	0.775	0.274	0.634	0.492	98.3
1.93-1.97	5.2	0.488	1178	0.832	0.233	0.543	0.513	97.4
1.97-2.01	5.2	0.462	1196	0.861	0.22	0.513	0.494	97.5
2.01-2.05	5.2	0.392	1214	0.887	0.187	0.436	0.508	98.9
2.05-2.09	5.1	0.363	1168	0.899	0.175	0.405	0.517	97.3
2.09-2.14	5	0.327	1201	0.917	0.158	0.365	0.531	98
2.14-2.19	4.8	0.279	1151	0.93	0.139	0.313	0.538	95.2
2.19-2.25	5.2	0.255	1175	0.956	0.121	0.283	0.522	94.8
2.25-2.32	5.4	0.237	1216	0.956	0.11	0.261	0.507	98.3
2.32-2.39	5.4	0.22	1205	0.954	0.102	0.243	0.524	98.6
2.39-2.48	5.3	0.203	1213	0.97	0.095	0.225	0.518	98.8
2.48-2.58	5.2	0.19	1203	0.974	0.09	0.211	0.551	98.8
2.58-2.7	5.1	0.163	1234	0.979	0.078	0.181	0.58	98.9
2.7-2.84	4.9	0.147	1222	0.98	0.072	0.164	0.62	98.8
2.84-3.02	4.7	0.124	1212	0.985	0.063	0.14	0.666	98
3.02-3.25	4.3	0.102	1163	0.985	0.054	0.117	0.795	92.4
3.25-3.58	5	0.089	1229	0.989	0.044	0.1	0.906	98.5
3.58-4.09	4.9	0.075	1255	0.992	0.037	0.084	1.09	99.1
4.09-5.16	4.8	0.067	1255	0.993	0.034	0.075	1.144	98.4
5.16-50	4.7	0.084	1318	0.99	0.042	0.095	1.347	95.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.71 Å	38.83 Å
Translation	5.71 Å	38.83 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JH6

4jh6

解像度: 1.9→38.832 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / WR_factor R_free: 0.203 / WR_factor R_work: 0.158 / Average fsc free: 0.9678 / Average fsc work: 0.9798 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2188	1092	4.523 %	RANDOM
R_work	0.1693	23050	-	-
all	0.171	-	-	-
obs	-	24142	97.524 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.204 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.005 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→38.832 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2326	0	25	218	2569
B_iso mean	-	-	26.2	25.29	-
残基数	-	-	-	-	276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.64	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.805	1.554	4864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.845	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.136	10	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.193	10	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.699	10	143
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.076	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.229	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.732	1.697	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.72	1.696	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.568	2.534	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.567	2.536	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.213	2.009	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.212	2.009	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.49	2.904	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.489	2.905	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.389	26.661	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.291	26.226	2674

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.284	81	0.233	1678	0.235	1814	0.943	0.966	96.968	0.21
1.949-2.003	0.232	93	0.207	1603	0.209	1728	0.969	0.971	98.1481	0.185
2.003-2.061	0.243	77	0.194	1603	0.196	1708	0.963	0.975	98.3607	0.169
2.061-2.124	0.269	62	0.19	1583	0.193	1672	0.95	0.976	98.3852	0.164
2.124-2.193	0.214	59	0.178	1442	0.179	1576	0.976	0.98	95.2411	0.156
2.193-2.27	0.206	60	0.178	1458	0.179	1584	0.973	0.981	95.8333	0.157
2.27-2.355	0.229	65	0.156	1403	0.159	1486	0.964	0.984	98.7887	0.137
2.355-2.451	0.179	61	0.157	1377	0.158	1456	0.982	0.984	98.7637	0.136
2.451-2.56	0.194	53	0.165	1334	0.166	1408	0.975	0.983	98.5085	0.144
2.56-2.684	0.2	66	0.166	1254	0.168	1339	0.975	0.983	98.581	0.151
2.684-2.828	0.244	56	0.172	1192	0.175	1263	0.965	0.982	98.8124	0.157
2.828-2.999	0.212	63	0.169	1125	0.171	1212	0.975	0.982	98.0198	0.158
2.999-3.205	0.212	64	0.164	984	0.166	1142	0.972	0.983	91.7688	0.155
3.205-3.46	0.236	48	0.156	1007	0.16	1072	0.951	0.984	98.4142	0.15
3.46-3.787	0.242	46	0.151	941	0.155	995	0.963	0.986	99.196	0.147
3.787-4.229	0.18	22	0.14	867	0.141	899	0.981	0.988	98.8876	0.137
4.229-4.873	0.176	58	0.143	739	0.146	812	0.985	0.989	98.1527	0.148
4.873-5.945	0.249	37	0.181	623	0.184	684	0.975	0.986	96.4912	0.181
5.945-8.311	0.266	15	0.202	500	0.204	554	0.965	0.978	92.9603	0.208
8.311-38.832	0.16	6	0.178	337	0.178	347	0.993	0.967	98.8473	0.194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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