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- PDB-8e7q: Crystal Structure of FosB from Bacillus cereus with Zinc and 2-Ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e7q
タイトルCrystal Structure of FosB from Bacillus cereus with Zinc and 2-Phosphonopropionic acid
要素Metallothiol transferase FosB
キーワードTRANSFERASE / inhibitor / 2-phosphonopropionic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / response to antibiotic / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metallothiol transferase FosB / : / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / (2S)-2-phosphonopropanoic acid / Metallothiol transferase FosB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Travis, S. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. / Thompson, M.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Cystic Fibrosis FoundationTHOMPS2010 米国
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Identification and analysis of small molecule inhibitors of FosB from Staphylococcus aureus.
著者: Travis, S. / Green, K.D. / Thamban Chandrika, N. / Pang, A.H. / Frantom, P.A. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. / Thompson, M.K.
履歴
登録2022年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallothiol transferase FosB
B: Metallothiol transferase FosB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5119
ポリマ－32,9772
非ポリマー5347
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.314, 68.016, 69.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallothiol transferase FosB / Fosfomycin resistance protein


分子量: 16488.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / NRS 248 / 遺伝子: fosB, BCE_2111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q739M9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

-
非ポリマー , 5種, 225分子

#2: 化合物 ChemComp-UXR / (2S)-2-phosphonopropanoic acid


分子量: 154.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG 3350, 125 mM magnesium formate, 5 mM 2-phosphonopropionic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 24190 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 0.665 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 121685
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.935.10.5711820.7750.2740.6340.49298.3
1.93-1.975.20.48811780.8320.2330.5430.51397.4
1.97-2.015.20.46211960.8610.220.5130.49497.5
2.01-2.055.20.39212140.8870.1870.4360.50898.9
2.05-2.095.10.36311680.8990.1750.4050.51797.3
2.09-2.1450.32712010.9170.1580.3650.53198
2.14-2.194.80.27911510.930.1390.3130.53895.2
2.19-2.255.20.25511750.9560.1210.2830.52294.8
2.25-2.325.40.23712160.9560.110.2610.50798.3
2.32-2.395.40.2212050.9540.1020.2430.52498.6
2.39-2.485.30.20312130.970.0950.2250.51898.8
2.48-2.585.20.1912030.9740.090.2110.55198.8
2.58-2.75.10.16312340.9790.0780.1810.5898.9
2.7-2.844.90.14712220.980.0720.1640.6298.8
2.84-3.024.70.12412120.9850.0630.140.66698
3.02-3.254.30.10211630.9850.0540.1170.79592.4
3.25-3.5850.08912290.9890.0440.10.90698.5
3.58-4.094.90.07512550.9920.0370.0841.0999.1
4.09-5.164.80.06712550.9930.0340.0751.14498.4
5.16-504.70.08413180.990.0420.0951.34795.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.71 Å38.83 Å
Translation5.71 Å38.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JH6

4jh6


解像度: 1.9→38.832 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.203 / WRfactor Rwork: 0.158 / Average fsc free: 0.9678 / Average fsc work: 0.9798 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2188 1092 4.523 %RANDOM
Rwork0.1693 23050 --
all0.171 ---
obs-24142 97.524 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 17.204 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.005 Å2-0 Å20 Å2
2---0.004 Å2-0 Å2
3----0.001 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→38.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2326 0 25 218 2569
Biso mean--26.2 25.29 -
残基数----276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0122410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0162085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.643254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8051.5544864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8455276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.1361018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.19310418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg17.69910143
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02519
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2090.21953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.21170
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0760.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0760.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2290.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1540.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7321.6971107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.721.6961107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5682.5341382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5672.5361383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2132.0091303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2122.0091303
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.492.9041872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4892.9051873
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.38926.6612717
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.29126.2262674
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.9-1.9490.284810.23316780.23518140.9430.96696.9680.21
1.949-2.0030.232930.20716030.20917280.9690.97198.14810.185
2.003-2.0610.243770.19416030.19617080.9630.97598.36070.169
2.061-2.1240.269620.1915830.19316720.950.97698.38520.164
2.124-2.1930.214590.17814420.17915760.9760.9895.24110.156
2.193-2.270.206600.17814580.17915840.9730.98195.83330.157
2.27-2.3550.229650.15614030.15914860.9640.98498.78870.137
2.355-2.4510.179610.15713770.15814560.9820.98498.76370.136
2.451-2.560.194530.16513340.16614080.9750.98398.50850.144
2.56-2.6840.2660.16612540.16813390.9750.98398.5810.151
2.684-2.8280.244560.17211920.17512630.9650.98298.81240.157
2.828-2.9990.212630.16911250.17112120.9750.98298.01980.158
2.999-3.2050.212640.1649840.16611420.9720.98391.76880.155
3.205-3.460.236480.15610070.1610720.9510.98498.41420.15
3.46-3.7870.242460.1519410.1559950.9630.98699.1960.147
3.787-4.2290.18220.148670.1418990.9810.98898.88760.137
4.229-4.8730.176580.1437390.1468120.9850.98998.15270.148
4.873-5.9450.249370.1816230.1846840.9750.98696.49120.181
5.945-8.3110.266150.2025000.2045540.9650.97892.96030.208
8.311-38.8320.1660.1783370.1783470.9930.96798.84730.194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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