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万見
- PDB-8e77: rystal structure of Pcryo_0616, the aminotransferase required to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8.0E+77
タイトルrystal structure of Pcryo_0616, the aminotransferase required to synthesize UDP-N-acetyl-3-amino-D-glucosaminuronic acid (UDP-GlcNAc3NA), incomplete with its external aldimine reaction intermediate
要素DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / aminotransferase / Psychrobacter cryohalolentis / carbohydrate
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ULP / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Psychrobacter cryohalolentis K5 (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1 Å
データ登録者Hofmeister, D.L. / Seltzner, C.A. / Bockhaus, N.J. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM134643 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Investigation of the enzymes required for the biosynthesis of 2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-d-glucuronic acid in Psychrobacter cryohalolentis K5 T.
著者: Hofmeister, D.L. / Seltzner, C.A. / Bockhaus, N.J. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2022年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,28110
ポリマ－42,0131
非ポリマー1,2689
水12,502694
1
A: DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase
ヘテロ分子

A: DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,56320
ポリマ－84,0272
非ポリマー2,53618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area5260 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area25840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.708, 96.336, 139.467
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

NA

21A-523-

HOH

31A-608-

HOH

41A-742-

HOH

51A-805-

HOH

61A-828-

HOH

71A-870-

HOH

81A-895-

HOH

91A-981-

HOH

101A-1150-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / UDP-N-acetyl-3-amino-D-glucosaminuronic acid transaminase


分子量: 42013.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psychrobacter cryohalolentis K5 (バクテリア)
株: ATCC BAA-1226 / DSM 17306 / VKM B-2378 / K5 / 遺伝子: Pcryo_0616 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q1QD54
#2: 化合物 ChemComp-ULP / (2S,3S,4R,5R,6R)-5-(acetylamino)-6-{[(R)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-3-hydroxy-4-{[(1E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}tetrahydro-2H-pyran-2-carboxylic acid (non-preferred name)


分子量: 849.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H34N5O22P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein incubated with 5 mM UDP-GlcNAc3NA and 1 mM PLP. Precipitant: 18 - 22% poly(ethylene glycol) 8000, 200 mM LiCl, and 100 mM HEPPS (pH 8.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→50 Å / Num. obs: 205549 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1→1.1 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 49306 / Rsym value: 0.456 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 開始モデル: 8.0E+75 / 解像度: 1→28.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.049 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1742 10539 5.1 %RANDOM
Rwork0.1462 ---
obs0.1477 195010 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.84 Å2 / Biso mean: 11.418 Å2 / Biso min: 4.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2776 0 81 695 3552
Biso mean--16.88 27.18 -
残基数----358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133077
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.6564212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5631.576570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2235396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.11123.106161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.10215508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9881518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02611
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr11.03835893
LS精密化 シェル解像度: 1→1.026 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 719 -
Rwork0.357 13595 -
all-14314 -
obs--93.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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