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万見
- PDB-8e5d: Crystal structure of double-stranded DNA deaminase toxin DddA in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e5d
タイトルCrystal structure of double-stranded DNA deaminase toxin DddA in complex with DNA with the target cytosine parked in the major groove
要素
  • (DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*C)- ...) x 2
  • Double-stranded DNA deaminase toxin A
キーワードTOXIN/DNA / toxin / DNA binding / deaminase / TOXIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / toxin activity / hydrolase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Double-stranded DNA deaminase toxin A / Double-stranded DNA deaminase toxin A / Domain of unknown function DUF6531 / RHS protein / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / PAAR motif / PAAR motif ...Double-stranded DNA deaminase toxin A / Double-stranded DNA deaminase toxin A / Domain of unknown function DUF6531 / RHS protein / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / RHS repeat / RHS Repeat / PAAR motif / PAAR motif / YD repeat / Rhs repeat-associated core / :
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Double-stranded DNA deaminase toxin A
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Yin, L. / Shi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01-CA234228 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of sequence-specific cytosine deamination by double-stranded DNA deaminase toxin DddA.
著者: Yin, L. / Shi, K. / Aihara, H.
履歴
登録2022年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年9月18日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded DNA deaminase toxin A
C: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4336
ポリマ－23,2493
非ポリマー1853
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area10830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.699, 94.611, 138.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Double-stranded DNA deaminase toxin A / DddA / Cytidine deaminase / CD


分子量: 14686.213 Da / 分子数: 1 / 変異: E1347A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
遺伝子: dddA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0DUH5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用

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DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*C)- ... , 2種, 2分子 CB

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*C)-3')


分子量: 4296.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*C)-3')


分子量: 4265.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 15分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium dihydrogen phosphate, 20 % polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→47.15 Å / Num. obs: 13177 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 47.22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/av σ(I): 8.7 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.39→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 1.139 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 659 / CC1/2: 0.804 / Rpim(I) all: 0.485 / Rrim(I) all: 1.24 / Rsym value: 1.139

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6U08

6u08


解像度: 2.39→44.77 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 677 5.14 %
Rwork0.1979 --
obs0.1997 13172 76.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→44.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1004 568 7 12 1591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.812639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.480.4224210.3942325X-RAY DIFFRACTION21
2.48-2.580.3711280.305471X-RAY DIFFRACTION30
2.58-2.70.3373460.2996690X-RAY DIFFRACTION43
2.7-2.840.292620.29261208X-RAY DIFFRACTION75
2.84-3.020.3154920.29121544X-RAY DIFFRACTION97
3.02-3.250.2641840.24831633X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.580.2764820.2131633X-RAY DIFFRACTION100
3.58-4.090.2265940.18561605X-RAY DIFFRACTION98
4.09-5.150.1673840.14451651X-RAY DIFFRACTION99
5.16-44.770.1788840.15611735X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12431.67020.47172.57581.14812.3064-0.4291-0.17720.5827-0.29920.15680.3001-0.3552-0.18170.3260.2412-0.0624-0.12590.5058-0.3150.50632.28520.1992-5.1203
20.6845-0.0326-0.66510.0645-0.23851.8001-0.2594-0.3541-0.01780.42170.00420.05470.39820.045-0.15720.6220.26290.09360.6967-0.14450.26544.4475-17.77663.1458
34.65440.7263-0.02972.07841.94283.2947-0.3612-0.36780.69680.1244-0.16820.60950.0018-0.16330.00730.17070.04980.0410.5111-0.23920.4601-6.9269-7.4808-3.1965
43.37690.242-0.10631.73950.95721.6767-0.2414-0.24150.30690.14190.0270.22420.08390.09720.20220.12910.06730.09160.3988-0.13890.3912-5.7407-17.3382-10.4999
55.089-0.7812-1.51936.40253.98426.0979-0.3251-0.14730.16170.17680.23670.2060.28940.4538-0.01110.1796-0.00560.06220.3833-0.10630.33254.2394-19.7125-12.6242
65.29744.18124.28363.81273.51175.8586-0.3317-0.38931.1615-0.3882-0.31050.6426-0.6501-0.45360.95080.16980.0747-0.05960.2688-0.18660.3447-2.0792-9.4064-15.8804
77.188-2.0723-1.23242.0919-0.88821.2462-0.2962-0.57030.20440.52520.4831-0.04680.210.5411-0.03980.15790.09720.00220.439-0.10170.204913.8742-18.9514-7.711
85.991-4.69654.82646.0303-2.71975.597-0.32760.18320.9413-0.30790.0614-0.88250.21160.22020.24020.1895-0.02220.03690.4743-0.07140.35157.8426-12.768-13.9532
98.23755.156-3.77947.0419-4.7177.2551-0.31-0.312-0.4165-1.1105-0.70240.4360.60550.45840.85170.20.0435-0.03240.3875-0.15690.3618-9.6683-25.2553-21.4943
104.80640.9641-0.38892.74961.87511.51910.0008-0.6074-0.90860.7928-0.2158-0.13180.80740.38010.2270.47610.06620.05990.50110.00950.36966.2836-32.8443-17.9004
115.2691-0.0394-1.2311.576-0.5523.675-0.1362-0.4288-0.80190.4940.42090.50141.3817-0.50070.82350.8795-0.04240.28250.60420.11970.44394.1946-35.4224-15.3617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1290 through 1300 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1301 through 1311 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1312 through 1330 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1331 through 1366 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1367 through 1383 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1384 through 1393 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1394 through 1403 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1404 through 1413 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1414 through 1425 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 14 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 14 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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