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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e5d | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of double-stranded DNA deaminase toxin DddA in complex with DNA with the target cytosine parked in the major groove | |||||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN/DNA / toxin / DNA binding / deaminase / TOXIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / toxin activity / hydrolase activity / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Burkholderia cenocepacia (バクテリア) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å | |||||||||
データ登録者 | Yin, L.L. / Shi, K. / Aihara, H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023 タイトル: Structural basis of sequence-specific cytosine deamination by double-stranded DNA deaminase toxin DddA. 著者: Yin, L. / Shi, K. / Aihara, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8e5d.cif.gz | 101.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8e5d.ent.gz | 72.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8e5d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8e5d_validation.pdf.gz | 448.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8e5d_full_validation.pdf.gz | 448.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8e5d_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8e5d_validation.cif.gz | 9.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e5d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8e5eC 6u08S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14686.213 Da / 分子数: 1 / 変異: E1347A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 遺伝子: dddA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0DUH5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 |
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-DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*C)- ... , 2種, 2分子 CB
#2: DNA鎖 | 分子量: 4296.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 4265.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 15分子
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M sodium dihydrogen phosphate, 20 % polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→47.15 Å / Num. obs: 13177 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 47.22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/av σ(I): 8.7 / Net I/σ(I): 5.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 1.139 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 659 / CC1/2: 0.804 / Rpim(I) all: 0.485 / Rrim(I) all: 1.24 / Rsym value: 1.139 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6U08 解像度: 2.39→44.77 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→44.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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