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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8.0E+57 | ||||||
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タイトル | Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone and 100 microM MNI-1 at 2.8 Angstrom resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Cav1.1 / Channels / Calcium Ion-Selective | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / muscle contraction ...positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / muscle contraction / release of sequestered calcium ion into cytosol / T-tubule / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Gao, S. / Yao, X. / Yan, N. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Structural basis for the severe adverse interaction of sofosbuvir and amiodarone on L-type Ca channels. 著者: Xia Yao / Shuai Gao / Jixin Wang / Zhangqiang Li / Jian Huang / Yan Wang / Zhifei Wang / Jiaofeng Chen / Xiao Fan / Weipeng Wang / Xueqin Jin / Xiaojing Pan / Yong Yu / Armando Lagrutta / Nieng Yan / 要旨: Drug-drug interaction of the antiviral sofosbuvir and the antiarrhythmics amiodarone has been reported to cause fatal heartbeat slowing. Sofosbuvir and its analog, MNI-1, were reported to potentiate ...Drug-drug interaction of the antiviral sofosbuvir and the antiarrhythmics amiodarone has been reported to cause fatal heartbeat slowing. Sofosbuvir and its analog, MNI-1, were reported to potentiate the inhibition of cardiomyocyte calcium handling by amiodarone, which functions as a multi-channel antagonist, and implicate its inhibitory effect on L-type Ca channels, but the molecular mechanism has remained unclear. Here we present systematic cryo-EM structural analysis of Ca1.1 and Ca1.3 treated with amiodarone or sofosbuvir alone, or sofosbuvir/MNI-1 combined with amiodarone. Whereas amiodarone alone occupies the dihydropyridine binding site, sofosbuvir is not found in the channel when applied on its own. In the presence of amiodarone, sofosbuvir/MNI-1 is anchored in the central cavity of the pore domain through specific interaction with amiodarone and directly obstructs the ion permeation path. Our study reveals the molecular basis for the physical, pharmacodynamic interaction of two drugs on the scaffold of Ca channels. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8e57.cif.gz | 480.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8e57.ent.gz | 380.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8e57.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8e57_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8e57_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8e57_validation.xml.gz | 68.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8e57_validation.cif.gz | 102.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e57 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27905MC 8e56C 8e58C 8e59C 8e5aC 8e5bC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 212240.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P07293 |
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-Voltage-dependent calcium channel ... , 2種, 2分子 EF
#2: タンパク質 | 分子量: 25082.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P19518 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 125169.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P13806 |
-糖 , 4種, 14分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | #10: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 3種, 4分子
#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-BBI / ( | #9: 化合物 | ChemComp-WFR / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cav1.1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 190835 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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