PDB-8e51: Crystal Structure of Iridescent Shark Catfish Cadherin-23 EC1-2 a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8.0E+51

タイトル

Crystal Structure of Iridescent Shark Catfish Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15 EC1-2

要素

Cadherin-23
Protocadherin-15

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / DEAFNESS / CDH23 / PCDH15 / EVOLUTION / TIP LINK

機能・相同性

機能・相同性情報

stereocilium / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / anatomical structure morphogenesis / sensory perception of sound / cell-cell junction / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pangasianodon hypophthalmus (カイヤン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.594 Å

データ登録者

Scheib, E. / Nisler, C.R. / Sotomayor, M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2023
タイトル: Interpreting the Evolutionary Echoes of a Protein Complex Essential for Inner-Ear Mechanosensation.
著者: Nisler, C.R. / Narui, Y. / Scheib, E. / Choudhary, D. / Bowman, J.D. / Mandayam Bharathi, H. / Lynch, V.J. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2022年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e51.cif.gz	110.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e51.ent.gz	79.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8e51_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8e51_full_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示
XML形式データ	8e51_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	8e51_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/8e51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n4pC 7sb6C 7scmC 7sgxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

C: Protocadherin-15

B: Cadherin-23

ヘテロ分子

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.816, 75.816, 242.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Protocadherin-15 分子量: 28839.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Initiating methionine and C-terminal histidine tag added. 由来: (組換発現) Pangasianodon hypophthalmus (カイヤン) 遺伝子: PHYPO_G00032920 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: A0A5N5MKD0
#2: タンパク質	Cadherin-23 分子量: 24204.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Initiating methionine and C-terminal histidine tag added 由来: (組換発現) Pangasianodon hypophthalmus (カイヤン) 遺伝子: CDH23 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.63 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.594→44.599 Å / Num. obs: 26033 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.1 % / CC_1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 12.907
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 20.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.53 / Num. unique obs: 1264 / CC_1/2: 0.95 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2 Model

解像度: 2.594→44.599 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 8.582 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.242 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	1255	4.835 %
R_work	0.2019	24699	-
all	0.204	-	-
obs	-	25954	99.792 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.724 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.185 Å²	1.593 Å²	0 Å²
2-	-	3.185 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-10.332 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.594→44.599 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3479	0	15	31	3525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.526	1.647	4862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.494	1.547	7327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.641	5	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.564	10	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.654	10	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.534	10	178
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4099
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	665
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.27	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.417	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.272	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.481	6.309	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.481	6.309	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.535	9.463	2211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.536	9.466	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.544	6.79	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.423	6.787	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.709	10.031	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.708	10.033	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.799	77.423	3517
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.798	77.415	3507

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.594-2.661	0.309	103	0.271	1726	0.273	1870	0.93	0.953	97.8075	0.271
2.661-2.734	0.332	107	0.258	1761	0.262	1868	0.947	0.964	100	0.258
2.734-2.813	0.41	69	0.255	1696	0.261	1765	0.93	0.962	100	0.255
2.813-2.899	0.386	61	0.266	1673	0.27	1735	0.908	0.957	99.9424	0.266
2.899-2.994	0.33	103	0.259	1594	0.263	1697	0.935	0.96	100	0.259
2.994-3.098	0.283	59	0.242	1538	0.244	1597	0.943	0.964	100	0.242
3.098-3.215	0.284	60	0.237	1533	0.239	1594	0.947	0.964	99.9373	0.237
3.215-3.345	0.32	55	0.242	1455	0.245	1511	0.931	0.962	99.9338	0.242
3.345-3.493	0.231	76	0.222	1399	0.223	1475	0.957	0.97	100	0.222
3.493-3.662	0.261	61	0.208	1339	0.209	1400	0.956	0.974	100	0.208
3.662-3.859	0.246	67	0.198	1266	0.201	1333	0.96	0.977	100	0.198
3.859-4.091	0.168	71	0.181	1204	0.18	1275	0.98	0.981	100	0.181
4.091-4.371	0.228	52	0.155	1152	0.158	1204	0.973	0.986	100	0.155
4.371-4.718	0.202	68	0.144	1052	0.147	1120	0.979	0.988	100	0.144
4.718-5.162	0.207	49	0.151	991	0.154	1040	0.979	0.987	100	0.151
5.162-5.762	0.233	48	0.171	903	0.174	951	0.968	0.984	100	0.171
5.762-6.635	0.22	52	0.185	800	0.187	852	0.97	0.98	100	0.185
6.635-8.081	0.202	45	0.176	690	0.178	735	0.977	0.979	100	0.176
8.081-11.245	0.169	26	0.182	568	0.181	595	0.985	0.979	99.8319	0.182
11.245-44.599	0.219	23	0.258	359	0.256	383	0.965	0.953	99.7389	0.258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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