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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sb6 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Ancestral Mammalian Cadherin-23 EC1-2 | ||||||
![]() | Cadherin 23 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN / EVOLUTION | ||||||
Function / homology | : ![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nisler, C.R. / Narui, Y. / Sotomayor, M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Interpreting the Evolutionary Echoes of a Protein Complex Essential for Inner-Ear Mechanosensation. Authors: Nisler, C.R. / Narui, Y. / Scheib, E. / Choudhary, D. / Bowman, J.D. / Mandayam Bharathi, H. / Lynch, V.J. / Sotomayor, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 244.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 191.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.7 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7n4pC ![]() 7scmC ![]() 7sgxC ![]() 8e51C ![]() 2whvS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 23734.291 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET21a / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 107 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.6 Å3/Da / Density % sol: 73.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 3.5 M Ammonium chloride 0.1 M MES pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 30, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.588→50 Å / Num. obs: 39416 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 18.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.588→2.63 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.022 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 1925 / % possible all: 99.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2WHV Resolution: 2.588→48.529 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 17.672 / SU ML: 0.179 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.235 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.957 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.588→48.529 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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