[日本語] English
万見
- PDB-8e2p: Crystal structure of TadA*8.20 in a complex with ssDNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e2p
タイトルCrystal structure of TadA*8.20 in a complex with ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
  • tRNA-specific adenosine deaminase 8.20
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / deaminase (脱アミノ) / ssDNA (デオキシリボ核酸) / TadA / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
MafB19-like deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / tRNA-specific adenosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Feliciano, P.R. / Lee, S.J. / Ciaramella, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Improved cytosine base editors generated from TadA variants.
著者: Lam, D.K. / Feliciano, P.R. / Arif, A. / Bohnuud, T. / Fernandez, T.P. / Gehrke, J.M. / Grayson, P. / Lee, K.D. / Ortega, M.A. / Sawyer, C. / Schwaegerle, N.D. / Peraro, L. / Young, L. / Lee, ...著者: Lam, D.K. / Feliciano, P.R. / Arif, A. / Bohnuud, T. / Fernandez, T.P. / Gehrke, J.M. / Grayson, P. / Lee, K.D. / Ortega, M.A. / Sawyer, C. / Schwaegerle, N.D. / Peraro, L. / Young, L. / Lee, S.J. / Ciaramella, G. / Gaudelli, N.M.
履歴
登録2022年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: tRNA-specific adenosine deaminase 8.20
B: tRNA-specific adenosine deaminase 8.20
C: tRNA-specific adenosine deaminase 8.20
D: tRNA-specific adenosine deaminase 8.20
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,19912
ポリマ－90,9378
非ポリマー2624
水39622
1
A: tRNA-specific adenosine deaminase 8.20
B: tRNA-specific adenosine deaminase 8.20
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5996
ポリマ－45,4694
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
2
C: tRNA-specific adenosine deaminase 8.20
D: tRNA-specific adenosine deaminase 8.20
G: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5996
ポリマ－45,4694
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.670, 84.670, 214.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 20 or (resid 21...
21(chain B and ((resid 6 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 6 and (name N or name...
41(chain D and (resid 6 through 19 or (resid 20...
12chain F
22chain G
32(chain H and resid 4 through 13)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PHEPHELYSLYS(chain A and (resid 6 through 20 or (resid 21...AA6 - 206 - 20
121ARGARGALAALA(chain A and (resid 6 through 20 or (resid 21...AA21 - 2221 - 22
131PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 6 through 20 or (resid 21...AA6 - 1566 - 156
141PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 6 through 20 or (resid 21...AA6 - 1566 - 156
151PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 6 through 20 or (resid 21...AA6 - 1566 - 156
161PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 6 through 20 or (resid 21...AA6 - 1566 - 156
211PHEPHEPHEPHE(chain B and ((resid 6 and (name N or name...BB66
221GLUGLUPHEPHE(chain B and ((resid 6 and (name N or name...BB3 - 1563 - 156
231GLUGLUPHEPHE(chain B and ((resid 6 and (name N or name...BB3 - 1563 - 156
241GLUGLUPHEPHE(chain B and ((resid 6 and (name N or name...BB3 - 1563 - 156
251GLUGLUPHEPHE(chain B and ((resid 6 and (name N or name...BB3 - 1563 - 156
311PHEPHEPHEPHE(chain C and ((resid 6 and (name N or name...CC66
321VALVALARGARG(chain C and ((resid 6 and (name N or name...CC4 - 1544 - 154
331VALVALARGARG(chain C and ((resid 6 and (name N or name...CC4 - 1544 - 154
341VALVALARGARG(chain C and ((resid 6 and (name N or name...CC4 - 1544 - 154
351VALVALARGARG(chain C and ((resid 6 and (name N or name...CC4 - 1544 - 154
411PHEPHEALAALA(chain D and (resid 6 through 19 or (resid 20...DD6 - 196 - 19
421LYSLYSALAALA(chain D and (resid 6 through 19 or (resid 20...DD20 - 2220 - 22
431PHEPHEPHEPHE(chain D and (resid 6 through 19 or (resid 20...DD6 - 1566 - 156
441PHEPHEPHEPHE(chain D and (resid 6 through 19 or (resid 20...DD6 - 1566 - 156
451PHEPHEPHEPHE(chain D and (resid 6 through 19 or (resid 20...DD6 - 1566 - 156
461PHEPHEPHEPHE(chain D and (resid 6 through 19 or (resid 20...DD6 - 1566 - 156
112DCDCDADAchain FFF4 - 134 - 13
212DCDCDADAchain GGG4 - 134 - 13
312DCDCDADA(chain H and resid 4 through 13)HH4 - 134 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
tRNA-specific adenosine deaminase 8.20


分子量: 18737.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tadA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8T8U5, tRNA(adenine34) deaminase
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')


分子量: 3996.587 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3,350, ammonium acetate, TRIS pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.4
反射解像度: 2.72→43.34 Å / Num. obs: 24824 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.72→2.79 Å / Num. unique obs: 1776 / CC1/2: 0.389

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z3A

1z3a


解像度: 2.72→43.34 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 433.42 / 位相誤差: 33.18 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 1155 4.66 %
Rwork0.1901 23618 -
obs0.197 24773 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.51 Å2 / Biso mean: 66.4335 Å2 / Biso min: 45.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.72→43.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4642 909 4 22 5577
Biso mean--58.35 63.77 -
残基数----651
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1764X-RAY DIFFRACTION8.47TORSIONAL
12B1764X-RAY DIFFRACTION8.47TORSIONAL
13C1764X-RAY DIFFRACTION8.47TORSIONAL
14D1764X-RAY DIFFRACTION8.47TORSIONAL
21F276X-RAY DIFFRACTION8.47TORSIONAL
22G276X-RAY DIFFRACTION8.47TORSIONAL
23H276X-RAY DIFFRACTION8.47TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.72-2.840.34441470.30382867301495
2.84-2.990.29781660.29982881304795
2.99-3.180.25621510.27332894304595
3.18-3.430.25091340.24362927306196
3.43-3.770.23231420.20872936307895
3.77-4.320.19911680.17572930309895
4.32-5.440.19231230.15633003312696
5.44-43.340.19531240.16733180330496
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1964-0.12630.12651.8409-1.40171.07170.29140.11740.015-0.882-0.36240.02660.0426-0.09690.23280.88650.15370.09540.5821-0.06950.379335.362317.167616.2648
28.7802-3.02246.50683.2944-0.30826.4906-0.66910.61290.2379-0.2543-0.4141-0.2982-0.4180.76540.34130.68550.21360.24790.5091-0.02560.316932.649620.021121.8973
32.1432-0.831-1.01953.30480.67611.6758-0.09270.15250.0536-0.35170.0370.18490.1193-0.05260.0520.55920.0375-0.04290.3606-0.01150.323227.345922.173227.3703
42.0234-0.7477-0.41972.5035-0.75130.80680.12680.674-0.238-0.6888-0.3210.35130.0445-0.13470.21150.60450.0369-0.09980.5234-0.07910.453721.434711.122120.5827
51.43890.0927-0.41784.5434-2.48184.1638-0.6414-0.1151-0.08260.28030.6752-0.5782-0.2894-0.43760.0470.5490.09990.07590.4815-0.04130.534217.312324.071555.2074
60.83650.0291-0.01834.10491.69151.84450.0212-0.2761-0.1563-0.2482-0.0337-0.0946-0.18330.30570.0330.48260.13070.07150.5157-0.01650.408222.85626.2344.4079
75.2783-3.93480.66085.76781.44965.29550.65960.0064-0.1621-1.3776-0.2558-0.33090.79240.0774-0.42360.66450.11450.0250.47130.11690.410828.942914.383844.2913
82.8719-0.5730.22731.46470.24071.76520.05740.2558-0.2683-0.0186-0.19690.44770.3747-0.2640.15060.4926-0.0696-0.05770.5354-0.01610.530313.024114.681840.8602
91.4489-2.25492.89077.2228-5.05899.1759-0.6474-0.4477-0.24390.07060.7804-0.0452-0.5633-1.7861-0.07020.4788-0.006-0.09050.611-0.06060.51915.619332.579544.8128
101.2844-0.7536-1.35862.8878-1.6484.93030.27120.1354-0.6487-0.2442-0.43240.20190.28240.23630.05530.53190.1456-0.13030.5978-0.04790.641625.915115.759171.7538
113.0731-1.4263-0.1973.2144-1.09060.55260.11330.2236-0.3569-0.14020.0865-0.24080.20490.0371-0.21410.47360.1005-0.07020.56340.00780.362524.260927.86471.2707
125.03011.987-0.65437.90672.8387.0845-0.10780.2897-0.2066-0.1621-0.9255-0.00560.69510.01911.0250.6117-0.0563-0.05680.42830.0820.557816.646828.65970.5474
135.17340.3537-1.77587.4232-2.75919.28220.7129-0.3943-0.7046-0.1529-0.64291.3846-0.44680.7394-0.07260.607-0.0683-0.05870.56140.05680.69785.946626.2173.1754
142.0101-0.4969-0.16922.214-0.70091.01420.0401-0.0208-0.06810.42820.0780.292-0.1932-0.1666-0.13980.4811-0.07230.05790.62550.03220.465117.63524.919281.2263
150.05980.23660.14860.93090.58020.3644-0.46370.0710.21551.18380.49350.2354-0.01370.23660.04851.13280.28990.11280.95620.22340.519521.809526.256790.5935
163.01482.0529-0.39461.4646-0.6191.62210.3017-0.5682-0.20140.2502-0.2096-0.18040.19630.4338-0.11320.60420.0016-0.07870.681-0.00010.459128.291821.498283.3926
170.95630.07570.78451.7623-0.04290.64580.1662-0.2774-0.0999-0.12140.0529-0.3659-0.20370.1372-0.16580.53470.020.12020.6468-0.12580.772711.385153.498277.203
183.14561.8991-0.06435.70910.56632.1729-0.80630.18680.3563-0.22280.94140.28030.04910.5547-0.13280.5076-0.04880.01280.5125-0.06140.540614.731843.142872.6941
193.8394-0.61730.42752.32060.94333.83460.35690.1360.74040.3174-0.2861-0.3117-0.37290.6221-0.01590.4237-0.0954-0.03150.7079-0.02830.594322.205646.783180.7404
208.6468-0.79543.99189.02762.4045.3971-0.33650.1235-0.33151.261-0.446-0.0822-0.2152-0.49340.59670.8986-0.24450.06920.7339-0.08770.268220.741939.190383.1771
211.7714-0.1305-1.68910.4632-0.83523.43170.093-0.58310.3110.27810.08040.0801-0.16960.1206-0.12860.6070.0178-0.01140.6533-0.05810.519113.414345.515189.3897
220.94380.3738-0.30931.0509-0.46530.2310.493-2.76670.35740.8757-0.48310.1742-0.8960.21520.11220.8697-0.19690.14261.6111-0.31810.6482-4.599546.662689.4942
232.9584-1.29562.62823.0275-0.00295.45410.18760.2154-0.76940.0955-0.14010.29450.37710.2399-0.03390.4884-0.07590.00010.49770.00690.57132.9139-5.267530.8463
241.4153-1.9141.05825.0627-0.6173.0480.27940.23230.1135-0.5884-0.21180.44980.40580.0577-0.04790.6438-0.0488-0.05870.59450.01650.56316.916736.143732.6513
255.9286-2.7272-0.32711.92270.39971.8241-0.3751-0.70610.64240.27940.4719-0.69380.17060.0678-0.08930.6432-0.0503-0.09490.6337-0.0640.480540.085834.450184.5289
265.83252.2215-1.08122.23360.11264.04640.7586-0.35540.26910.2199-0.4034-0.3735-0.25470.1222-0.36690.5341-0.08640.03460.71970.03710.5215-5.430335.913383.846
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 24 )A6 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 39 )A25 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 97 )A40 - 97
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 98 through 156 )A98 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 24 )B3 - 24
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 25 through 58 )B25 - 58
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 60 through 78 )B60 - 78
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 79 through 137 )B79 - 137
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 138 through 156 )B138 - 156
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 4 through 24 )C4 - 24
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 25 through 57 )C25 - 57
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 58 through 69 )C58 - 69
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 70 through 78 )C70 - 78
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 79 through 104 )C79 - 104
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 105 through 124 )C105 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 125 through 154 )C125 - 154
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 6 through 39 )D6 - 39
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 40 through 69 )D40 - 69
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 70 through 87 )D70 - 87
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 88 through 97 )D88 - 97
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 98 through 149 )D98 - 149
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 150 through 156 )D150 - 156
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 1 through 13 )E1 - 13
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 4 through 13 )F4 - 13
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 4 through 13 )G4 - 13
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 3 through 13 )H3 - 13

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る