登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e2p |
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タイトル | Crystal structure of TadA*8.20 in a complex with ssDNA |
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要素 | - DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*TP*(D8A)P*CP*GP*GP*A)-3')
- tRNA-specific adenosine deaminase 8.20
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / deaminase / ssDNA / TadA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / cytidine metabolic process / pyrimidine-containing compound salvage / cytosine deaminase activity / cytosine metabolic process / zinc ion binding類似検索 - 分子機能 MafB19-like deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like類似検索 - ドメイン・相同性 DNA / DNA (> 10) / tRNA-specific adenosine deaminase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | ![](img/tx_bacteria.gif) Escherichia coli (大腸菌) synthetic construct (人工物) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å |
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データ登録者 | Feliciano, P.R. / Lee, S.J. / Ciaramella, G. |
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資金援助 | 米国, 1件 組織 | 認可番号 | 国 |
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Other private | | 米国 |
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引用 | ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2023 タイトル: Improved cytosine base editors generated from TadA variants. 著者: Lam, D.K. / Feliciano, P.R. / Arif, A. / Bohnuud, T. / Fernandez, T.P. / Gehrke, J.M. / Grayson, P. / Lee, K.D. / Ortega, M.A. / Sawyer, C. / Schwaegerle, N.D. / Peraro, L. / Young, L. / Lee, ...著者: Lam, D.K. / Feliciano, P.R. / Arif, A. / Bohnuud, T. / Fernandez, T.P. / Gehrke, J.M. / Grayson, P. / Lee, K.D. / Ortega, M.A. / Sawyer, C. / Schwaegerle, N.D. / Peraro, L. / Young, L. / Lee, S.J. / Ciaramella, G. / Gaudelli, N.M. |
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履歴 | 登録 | 2022年8月15日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2023年1月11日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2023年2月8日 | Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name |
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改定 1.2 | 2023年5月31日 | Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id |
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改定 1.3 | 2023年10月25日 | Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model |
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