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万見
- PDB-8e2c: N-terminal domain of S. aureus GpsB in complex with PBP4 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e2c
タイトルN-terminal domain of S. aureus GpsB in complex with PBP4 fragment
要素
  • Cell cycle protein GpsB
  • PBP4
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Peptidoglycan / PBP / PBP4 / MRSA / GpsB / PBP2a cell wall / transpeptidase / b-lactam / gram-positive / sporulation / cell division / bacterial cell division / diviva / divisome
機能・相同性Cell cycle protein GpsB / DivIVA family / DivIVA domain / DivIVA protein / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm / Cell cycle protein GpsB
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sacco, M. / Chen, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI161762 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Staphylococcus aureus FtsZ and PBP4 bind to the conformationally dynamic N-terminal domain of GpsB.
著者: Sacco, M.D. / Hammond, L.R. / Noor, R.E. / Bhattacharya, D. / McKnight, L.J. / Madsen, J.J. / Zhang, X. / Butler, S.G. / Kemp, M.T. / Jaskolka-Brown, A.C. / Khan, S.J. / Gelis, I. / Eswara, P. / Chen, Y.
履歴
登録2022年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell cycle protein GpsB
B: Cell cycle protein GpsB
C: PBP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6503
ポリマ－17,6503
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.350, 73.760, 42.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cell cycle protein GpsB / Guiding PBP1-shuttling protein


分子量: 8328.440 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: gpsB, SACOL1484
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5HFX8
#2: タンパク質・ペプチド PBP4


分子量: 993.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: pbp4
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.31 % / 解説: Plate-like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25 % PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.0, and 0.2 M Na Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.19 Å / Num. obs: 6596 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 34441 / Scaling rejects: 198
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.495.20.43436707110.8850.2060.4834.996.6
8.98-41.1950.0876541310.990.0480.117.592.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UG3

4ug3


解像度: 2.4→36.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 10.727 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.523 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 634 9.6 %RANDOM
Rwork0.2197 ---
obs0.2235 5949 95.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.33 Å2 / Biso mean: 38.619 Å2 / Biso min: 19.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å2-0 Å2-2.9 Å2
2--4.41 Å2-0 Å2
3----3.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→36.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1157 0 0 4 1161
Biso mean---33.33 -
残基数----139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0131167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.651551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2131.6112653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3985136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.86923.83673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.37915253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.626158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02247
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.463 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 63 -
Rwork0.268 434 -
all-497 -
obs--95.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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