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- PDB-8e10: Structure of mouse polymerase beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 80000000000
タイトルStructure of mouse polymerase beta
要素DNA polymerase beta
キーワードTRANSFERASE / DNA polymerase / DNA binding / base excision repair
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / somatic diversification of immunoglobulins / synaptonemal complex / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination ...Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / somatic diversification of immunoglobulins / synaptonemal complex / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / base-excision repair, gap-filling / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / response to gamma radiation / spindle microtubule / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / in utero embryonic development / neuron apoptotic process / response to ethanol / microtubule / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / inflammatory response / DNA damage response / apoptotic process / enzyme binding / protein-containing complex / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site ...DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Thompson, M.K. / Sharma, N. / Prakash, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: DNA Repair (Amst) / 年: 2023
タイトル: Pol beta /XRCC1 heterodimerization dictates DNA damage recognition and basal Pol beta protein levels without interfering with mouse viability or fertility.
著者: Koczor, C.A. / Thompson, M.K. / Sharma, N. / Prakash, A. / Sobol, R.W.
履歴
登録2022年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase beta
B: DNA polymerase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9464
ポリマ－57,7382
非ポリマー2082
水9,980554
1
A: DNA polymerase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9732
ポリマ－28,8691
非ポリマー1041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA polymerase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9732
ポリマ－28,8691
非ポリマー1041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.725, 120.534, 69.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-577-

HOH

21A-746-

HOH

31B-501-

HOH

41B-546-

HOH

51B-682-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DNA polymerase beta


分子量: 28868.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Polb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: Q8K409, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 86.7 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 22.5% w/v PEG3350, 1.5% v/v Tacsimate pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS 3.0 MICROFOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月27日 / 詳細: Incoatec Microfocus Sources 3.0
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.647→34.726 Å / Num. obs: 63779 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.647→1.68 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.031 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3092 / CC1/2: 0.625 / Rpim(I) all: 0.447 / Rrim(I) all: 1.126 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APEX3データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
SAINTV8.40Bデータ削減
Aimless0.7.8データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZQY

1zqy


解像度: 1.65→34.52 Å / SU ML: 0.1672 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3565
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2142 6525 10.24 %
Rwork0.1734 57183 -
obs0.1775 63706 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→34.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3872 0 14 554 4440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01054092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05215548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0687603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0103735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.42771581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.670.27542170.24481881X-RAY DIFFRACTION99.9
1.67-1.690.27862340.22611852X-RAY DIFFRACTION99.95
1.69-1.710.28862080.22181872X-RAY DIFFRACTION99.95
1.71-1.730.23952200.21461907X-RAY DIFFRACTION99.95
1.73-1.750.2772130.21431849X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.780.25752210.20311877X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.80.25921980.20251902X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.830.26192180.2141894X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.860.2662290.19861879X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.890.24392030.18651890X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.920.22472090.17651887X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.960.22832030.18431905X-RAY DIFFRACTION100
1.96-1.990.23532170.17171883X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.030.222150.17221921X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.080.20222310.161867X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.130.21472280.16281870X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.180.21472150.16441891X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.240.21451960.16611945X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.310.21842070.17181902X-RAY DIFFRACTION99.95
2.31-2.380.22142270.17731883X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.460.21022210.17511910X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.560.24182170.16911895X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.680.23312160.17671911X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.820.2182290.17261918X-RAY DIFFRACTION100
2.82-30.22432300.1751914X-RAY DIFFRACTION100
3-3.230.19022100.17321935X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.550.19932180.15771935X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.070.17512200.14861963X-RAY DIFFRACTION100
4.07-5.120.15652250.13961969X-RAY DIFFRACTION100
5.12-34.520.19872300.18642076X-RAY DIFFRACTION99.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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