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- PDB-8e0w: Crystal structure of mouse APCDD1 in P1 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e0w
タイトルCrystal structure of mouse APCDD1 in P1 space group
要素Protein APCDD1
キーワードSIGNALING PROTEIN / cell signaling protein / beta barrel / lipid binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / astrocyte cell migration / Wnt-protein binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / hair follicle development / Wnt signaling pathway / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
APCDD1 domain / Protein APCDD1 / Adenomatosis polyposis coli down-regulated 1 / Adenomatosis polyposis coli down-regulated 1
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hsieh, F.L. / Chang, T.H. / Gabelli, S.B. / Nathans, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structure of WNT inhibitor adenomatosis polyposis coli down-regulated 1 (APCDD1), a cell-surface lipid-binding protein.
著者: Hsieh, F.L. / Chang, T.H. / Gabelli, S.B. / Nathans, J.
履歴
登録2022年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein APCDD1
B: Protein APCDD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,21713
ポリマ－107,5432
非ポリマー1,67411
水3,279182
1
A: Protein APCDD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5626
ポリマ－53,7711
非ポリマー7915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein APCDD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6557
ポリマ－53,7711
非ポリマー8836
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.344, 65.599, 79.686
Angle α, β, γ (deg.)74.500, 76.820, 72.230
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein APCDD1 / Adenomatosis polyposis coli down-regulated 1 protein homolog


分子量: 53771.316 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (UNP residues 27-482) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Apcdd1, Drapc1 / プラスミド: pHLsec / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3U128
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.8, 14% PEG5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.144→37.902 Å / Num. obs: 34100 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.144→2.37 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1705 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.231 / % possible all: 59.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 8E0P

8e0p


解像度: 2.15→33.93 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 2000 5.87 %
Rwork0.179 32073 -
obs0.1814 34073 68.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 180.69 Å2 / Biso mean: 58.3746 Å2 / Biso min: 22.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→33.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6695 0 104 182 6981
Biso mean--79.24 45.59 -
残基数----827
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.210.19350.25779842
2.21-2.270.2451190.30613143339
2.27-2.330.3135420.280967271420
2.33-2.410.3002760.28621207128336
2.41-2.490.29171050.28531675178050
2.49-2.590.32971310.25892123225463
2.59-2.710.30091750.26212796297183
2.71-2.860.27432050.25113281348697
2.86-3.030.26012050.23513286349198
3.03-3.270.25262070.19963323353099
3.27-3.60.22582080.16753328353699
3.6-4.120.18292060.14783326353299
4.12-5.180.1642080.12833322353099
5.19-33.930.20582080.16033341354999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8317-0.2221-0.35353.62710.10392.95760.1014-0.13460.15380.2855-0.0516-0.4156-0.45250.1788-0.08620.2229-0.0788-0.00380.24590.01750.236912.738430.1862-12.4891
23.13420.3984-1.95632.5948-0.09534.65430.3578-0.91510.5655-0.00930.0990.1002-1.2891-0.2906-0.1020.80410.14490.18280.4779-0.02440.61280.456948.6619-8.4185
32.0634-0.11560.29132.6994-0.69973.7128-0.00690.06010.0413-0.024-0.0915-0.3313-0.21320.37570.01730.2021-0.0489-0.02250.2678-0.00450.264915.886727.3488-14.0001
41.654-0.28780.13193.7305-0.99322.7598-0.06580.0795-0.3223-0.29540.05040.09450.5639-0.23320.01670.2485-0.01390.04310.252-0.01430.2455.44216.4107-17.2184
55.10452.21310.98162.65491.81581.3727-0.7477-0.7639-0.3953-0.10230.19410.54521.3859-0.42960.26160.5891-0.030.06460.26130.09660.51375.1055-9.08440.9206
61.1246-0.1850.53513.6012-0.58723.7419-0.0103-0.009-0.0926-0.04730.00990.24390.1848-0.1308-0.01440.1917-0.0243-0.02360.28060.01110.21142.394411.8239-16.7633
73.2722-0.9417-1.70053.90590.2384.3276-0.1003-0.2490.0031-0.16790.0816-0.36670.38680.59210.01530.21550.0278-0.06030.3436-0.00620.214824.36719.1033-57.3852
84.32861.0889-1.61624.8075-1.25963.2815-0.33360.5752-0.9641-0.04970.35290.52791.3811-0.1268-0.04320.76460.01240.05240.2899-0.09210.581216.66045.3521-62.1409
92.0205-1.2323-1.10573.02460.66463.2485-0.0104-0.20420.06390.18190.0752-0.0745-0.15550.0799-0.02250.1341-0.0284-0.0330.2229-0.02920.1414.767130.235-52.3471
102.80652.28871.56477.77732.02299.71940.10530.32190.6274-0.3958-0.14950.4753-0.7561-0.86810.0330.65650.20090.11950.4080.04940.4697.859452.3596-71.4188
111.44470.0979-1.35523.310.67411.47360.2453-0.08310.308-0.2923-0.1340.2106-0.4833-0.42190.12080.27150.05270.07540.3335-0.0520.32274.290338.0638-53.6813
122.03590.73080.28741.3313-0.38051.73070.17830.2648-0.13050.0547-0.13160.34240.0067-0.29480.10620.1966-0.0361-0.0390.407-0.0360.23695.765728.603-56.1309
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 170 )A50 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 171 through 198 )A171 - 198
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 199 through 281 )A199 - 281
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 282 through 373 )A282 - 373
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 374 through 411 )A374 - 411
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 412 through 467 )A412 - 467
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 50 through 156 )B50 - 156
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 157 through 218 )B157 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 219 through 373 )B219 - 373
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 374 through 400 )B374 - 400
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 401 through 438 )B401 - 438
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 439 through 466 )B439 - 466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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