PDB-8e0r: Crystal structure of mouse APCDD1 in P21 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8e0r

タイトル

Crystal structure of mouse APCDD1 in P21 space group

要素

Protein APCDD1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / cell signaling protein / beta barrel / lipid binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / astrocyte cell migration / Wnt-protein binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / hair follicle development / Wnt signaling pathway / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Hsieh, F.L. / Chang, T.H. / Gabelli, S.B. / Nathans, J.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structure of WNT inhibitor adenomatosis polyposis coli down-regulated 1 (APCDD1), a cell-surface lipid-binding protein.
著者: Hsieh, F.L. / Chang, T.H. / Gabelli, S.B. / Nathans, J.

履歴

登録	2022年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8e0r.cif.gz	345.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8e0r.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8e0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/8e0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/8e0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e0pSC 8e0wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein APCDD1

B: Protein APCDD1

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein APCDD1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
54.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein APCDD1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.861, 144.128, 64.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.520, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 50 - 468 / Label seq-ID: 27 - 445

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質

Protein APCDD1 / Adenomatosis polyposis coli down-regulated 1 protein homolog

分子量: 53771.316 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (UNP residues 27-482) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Apcdd1, Drapc1 / プラスミド: pHLsec / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3U128

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 0.7 M magnesium formate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.92009 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92009 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.947→34.364 Å / Num. obs: 49930 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.947→2.12 Å / R_merge(I) obs: 1.464 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2486 / CC_1/2: 0.56 / R_pim(I) all: 0.58

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.82 Å	34.36 Å
Translation	4.82 Å	34.36 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	2.8.3	位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 8E0P

8e0p

解像度: 1.95→34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 12.349 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : TLS ONLY HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2471	2405	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2092	-	-	-
obs	0.2111	47515	76.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.1 Å² / B_iso mean: 9.798 Å² / B_iso min: 1.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	-0.12 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6656	0	70	377	7103
B_iso mean	-	-	18.4	38.27	-
残基数	-	-	-	-	823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	7035
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.663	9578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.191	1.586	14524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.54	5	836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.206	21.162	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.498	15	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.829	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1748

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12634 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	13	-
R_work	0.353	257	-
all	-	270	-
obs	-	-	5.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4046	-0.0532	0.0826	0.9209	0.2116	1.4096	-0.012	-0.007	-0.129	0.0985	-0.0415	0.0336	0.1012	0.0614	0.0534	0.0324	-0.0075	0.022	0.0095	0.0003	0.0537	14.916	13.2541	16.3738
2	1.182	-0.1785	-0.1412	1.134	-0.0796	0.9618	0.0842	-0.1796	0.1769	0.0746	-0.0553	0.0317	-0.0354	0.0077	-0.0289	0.0244	-0.026	0.0087	0.0385	-0.0257	0.0361	39.2919	50.2208	19.8726

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	50 - 480
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	50 - 470

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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