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- PDB-8e0r: Crystal structure of mouse APCDD1 in P21 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e0r
タイトルCrystal structure of mouse APCDD1 in P21 space group
要素Protein APCDD1
キーワードSIGNALING PROTEIN / cell signaling protein / beta barrel / lipid binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / astrocyte cell migration / Wnt-protein binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / hair follicle development / Wnt signaling pathway / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
APCDD1 domain / Protein APCDD1 / Adenomatosis polyposis coli down-regulated 1 / Adenomatosis polyposis coli down-regulated 1
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hsieh, F.L. / Chang, T.H. / Gabelli, S.B. / Nathans, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structure of WNT inhibitor adenomatosis polyposis coli down-regulated 1 (APCDD1), a cell-surface lipid-binding protein.
著者: Hsieh, F.L. / Chang, T.H. / Gabelli, S.B. / Nathans, J.
履歴
登録2022年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein APCDD1
B: Protein APCDD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,6497
ポリマ－107,5432
非ポリマー1,1065
水6,738374
1
A: Protein APCDD1
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 54.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4354
ポリマ－53,7711
非ポリマー6643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein APCDD1
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 54.2 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2143
ポリマ－53,7711
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.861, 144.128, 64.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 50 - 468 / Label seq-ID: 27 - 445

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Protein APCDD1 / Adenomatosis polyposis coli down-regulated 1 protein homolog


分子量: 53771.316 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (UNP residues 27-482) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Apcdd1, Drapc1 / プラスミド: pHLsec / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3U128
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.7 M magnesium formate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.92009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.947→34.364 Å / Num. obs: 49930 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.947→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 1.464 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2486 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.58

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.82 Å34.36 Å
Translation4.82 Å34.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 8E0P

8e0p


解像度: 1.95→34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 12.349 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : TLS ONLY HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2471 2405 4.8 %RANDOM
Rwork0.2092 ---
obs0.2111 47515 76.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.1 Å2 / Biso mean: 9.798 Å2 / Biso min: 1.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å2-0.12 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6656 0 70 377 7103
Biso mean--18.4 38.27 -
残基数----823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4051.6639578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1911.58614524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.545836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20621.162413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.498151106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8291555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021748
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12634 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 13 -
Rwork0.353 257 -
all-270 -
obs--5.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4046-0.05320.08260.92090.21161.4096-0.012-0.007-0.1290.0985-0.04150.03360.10120.06140.05340.0324-0.00750.0220.00950.00030.053714.91613.254116.3738
21.182-0.1785-0.14121.134-0.07960.96180.0842-0.17960.17690.0746-0.05530.0317-0.03540.0077-0.02890.0244-0.0260.00870.0385-0.02570.036139.291950.220819.8726
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A50 - 480
2X-RAY DIFFRACTION2B50 - 470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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