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- PDB-8e0f: Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2-RD) bound to dsR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e0f
タイトルHuman Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2-RD) bound to dsRNA containing a G-G pair adjacent to the target site
要素
  • Double-stranded RNA-specific editase 1
  • RNA (5-R(*GP*CP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*GP*CP*GP*(8AZ)P*GP*AP*GP*GP*GP*CP* UP*CP*UP*GP*AP*UP*AP*GP*CP*UP*AP*CP*G)-3)
  • RNA(5-R(*CP*GP*UP*AP*GP*CP*UP*AP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*C)-3)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Protein-RNA complex / RNA editing / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation ...hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / base conversion or substitution editing / neuromuscular process controlling posture / adenosine deaminase activity / neuromuscular synaptic transmission / innervation / motor neuron apoptotic process / motor behavior / positive regulation of viral genome replication / RNA processing / negative regulation of cell migration / multicellular organism growth / mRNA processing / double-stranded RNA binding / defense response to virus / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / mRNA binding / synapse / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADAR2, first double-stranded RNA binding domain / ADAR2, second double-stranded RNA binding domain / Adenosine deaminase/editase / Adenosine-deaminase (editase) domain / Adenosine to inosine editase domain profile. / tRNA-specific and double-stranded RNA adenosine deaminase (RNA-specific editase) / Cytokine IL1/FGF / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Double-stranded RNA-specific editase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wilcox, X.E. / Fisher, A.J. / Beal, P.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Other privateProQR Therapeutics PT20BPA
Other privateRett syndrome Research Trust RET19PB
Other governmentCRCCFAJ 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: ADAR activation by inducing a syn conformation at guanosine adjacent to an editing site.
著者: Doherty, E.E. / Karki, A. / Wilcox, X.E. / Mendoza, H.G. / Manjunath, A. / Matos, V.J. / Fisher, A.J. / Beal, P.A.
履歴
登録2022年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded RNA-specific editase 1
B: Double-stranded RNA-specific editase 1
C: RNA (5-R(*GP*CP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*GP*CP*GP*(8AZ)P*GP*AP*GP*GP*GP*CP* UP*CP*UP*GP*AP*UP*AP*GP*CP*UP*AP*CP*G)-3)
D: RNA(5-R(*CP*GP*UP*AP*GP*CP*UP*AP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*C)-3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,0158
ポリマ－128,5644
非ポリマー1,4514
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11360 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area43150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.518, 63.389, 142.135
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.690, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Double-stranded RNA-specific editase 1 / RNA-editing deaminase 1 / RNA-editing enzyme 1 / dsRNA adenosine deaminase


分子量: 53989.715 Da / 分子数: 2 / 断片: ADAR2-R2D / 変異: E488Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADARB1, ADAR2, DRADA2, RED1 / プラスミド: pSc-ADAR / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BCY123
参照: UniProt: P78563, double-stranded RNA adenine deaminase

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: RNA鎖 RNA (5-R(*GP*CP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*GP*CP*GP*(8AZ)P*GP*AP*GP*GP*GP*CP* UP*CP*UP*GP*AP*UP*AP*GP*CP*UP*AP*CP*G)-3)


分子量: 10355.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Generated by solid phase oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 RNA(5-R(*CP*GP*UP*AP*GP*CP*UP*AP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*C)-3)


分子量: 10229.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Generated by solid phase oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 45分子

#4: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 50 mM MOPS pH 7.0, 17% (w/v) PEG 4000, 200 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→125.85 Å / Num. obs: 36652 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 70.39 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 112747 / Scaling rejects: 28
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.8230.72844670.6160.50.88898.6
9.35-125.853.10.0399100.9950.0260.04794.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimless2.7.28データスケーリング
PHENIX1.18位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VFF

6vff


解像度: 2.7→65.73 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2305 3358 5.07 %
Rwork0.1933 62871 -
obs0.1952 36652 90.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.72 Å2 / Biso mean: 88.2612 Å2 / Biso min: 43.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→65.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6558 1361 74 41 8034
Biso mean--63.28 67.14 -
残基数----902
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.740.42071780.34642691286994
2.74-2.780.39021570.34512690284793
2.78-2.820.37711380.32242603274192
2.82-2.870.36981510.30132599275090
2.87-2.920.32461220.28262517263987
2.92-2.970.3211530.29342734288795
2.97-3.030.32761270.28472746287394
3.03-3.090.2981200.28242730285095
3.09-3.160.33361620.27592778294095
3.16-3.230.31461190.26462690280994
3.23-3.310.30731310.24162733286494
3.31-3.40.26421350.22542657279293
3.4-3.50.25211540.20872701285592
3.5-3.610.21981260.20862580270691
3.61-3.740.23481500.20752649279991
3.74-3.890.22881240.20942590271490
3.89-4.070.19141420.17262520266288
4.07-4.290.25281090.16222419252883
4.29-4.550.23321460.14342586273289
4.55-4.910.15361550.14362526268190
4.91-5.40.18191510.15872595274690
5.4-6.180.23681460.1662555270189
6.18-7.780.17511370.17582505264287
7.79-65.730.17581250.14122477260286
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.11170.2294-0.06191.99890.08541.34840.01130.20140.0433-0.17830.117-0.45430.02080.35670.00040.63660.04170.05390.7381-0.0630.6744-28.85915.80828.102
20.845-0.0349-0.05890.88020.89880.70660.0445-0.5670.10210.2305-0.15110.3222-0.1583-0.6896-0.0040.6915-0.029500.66640.03450.6179-44.88826.42144.781
32.3611-0.05240.26052.26450.46651.37060.00170.12030.03410.08770.0602-0.3304-0.06720.19790.00030.57280.0328-0.00940.58670.0010.5368-34.37617.75835.402
41.29970.15531.26292.73771.15721.79990.19610.0654-0.32070.1812-0.04750.12310.32760.0797-0.00020.7158-0.0301-0.04490.58080.02060.6455-41.0133.33337.202
50.6550.0153-0.62450.9643-0.34050.714-0.37340.50140.3191-0.45550.3490.3291-0.0208-0.9772-0.00181.2813-0.1058-0.1871.53970.07221.02-73.41423.6415.495
63.8604-0.0246-1.11891.6559-0.31.89250.00120.3823-0.12980.02570.09960.3339-0.1135-0.3179-0.0010.6515-0.0023-0.00990.75050.04910.7831-83.20216.81440.967
70.6258-0.00940.11470.3282-0.40290.633-0.3369-0.0474-0.4672-0.28120.2623-0.3458-0.57210.40080.0010.7174-0.07150.00250.76310.08830.9682-61.9128.8545.657
83.3565-0.1508-1.343.7684-0.13211.8038-0.0614-0.1046-0.22820.3210.11620.03360.08110.0140.00080.6096-0.01590.02160.68220.02160.7006-75.26112.18146.86
91.38980.3692-0.26571.7025-0.37822.1793-0.4063-0.6467-0.53180.5890.19110.45240.15240.0783-0.00070.95390.02380.21880.84580.11340.9578-82.94.6958.683
100.0169-0.0054-0.35621.64550.59050.74260.1046-0.0487-0.1521-0.34160.1731-0.0953-0.6214-0.222100.78290.0089-0.08110.83680.03510.7055-46.09339.39541.578
110.0233-0.05340.2735-0.0351-0.3530.5397-0.10011.0349-0.5250.29010.4103-0.02560.54940.5537-0.00081.547-0.11-0.00761.92070.12871.0712-60.10631.221-0.22
120.0636-0.12520.22540.3381-0.79760.75860.01690.2397-0.04290.30280.0885-0.2976-1.3082-0.3267-0.00131.6969-0.1028-0.14161.59960.1451.1746-56.65933.5965.23
131.04940.0244-1.05561.8163-0.7661.23640.034-0.3061-0.1228-0.39740.1667-0.0458-1.0814-0.3152-00.89780.0934-0.00530.7202-0.0330.6646-44.99142.35248.618
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 316:473 )A316 - 473
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 474:499 )A474 - 499
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 500:617 )A500 - 617
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 618:699 )A618 - 699
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 235:310 )B235 - 310
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 311:463 )B311 - 463
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 476:488 )B476 - 488
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 489:637 )B489 - 637
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 638:700 )B638 - 700
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 1:17 )C1 - 17
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 18:32 )C18 - 32
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN D AND RESID 1:17 )D1 - 17
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN D AND RESID 18:32 )D18 - 32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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