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- PDB-8dzn: Crystal structure of human Sar1a in complex with GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dzn
タイトルCrystal structure of human Sar1a in complex with GDP
要素GTP-binding protein SAR1a
キーワードSIGNALING PROTEIN / Sar1a / GDP / COPII / small GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid sensor activity / regulation of COPII vesicle coating / cellular response to leucine starvation / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / COPII vesicle coating / membrane organization / endoplasmic reticulum exit site ...amino acid sensor activity / regulation of COPII vesicle coating / cellular response to leucine starvation / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / COPII vesicle coating / membrane organization / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of TORC1 signaling / small monomeric GTPase / G protein activity / intracellular protein transport / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Small COPII coat GTPase SAR1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.107 Å
データ登録者Huang, Q.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM040654 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 CA163255 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: The alarmone ppGpp selectively inhibits the isoform A of the human small GTPase Sar1.
著者: Huang, Q. / Szebenyi, D.M.E.
履歴
登録2022年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein SAR1a
B: GTP-binding protein SAR1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7685
ポリマ－44,7862
非ポリマー9823
水2,180121
1
A: GTP-binding protein SAR1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8362
ポリマ－22,3931
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTP-binding protein SAR1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9323
ポリマ－22,3931
非ポリマー5392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.172, 63.970, 62.233
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein SAR1a / COPII-associated small GTPase


分子量: 22392.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAR1A, SAR1, SARA, SARA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR31
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5M NaH2PO4/K2HPO4 and 0.1M sodium citrate, pH5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 24060 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 17.57
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 1138 / CC1/2: 0.951 / Rpim(I) all: 0.159 / Rrim(I) all: 0.324 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DZM

8dzm


解像度: 2.107→28.208 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 1993 8.31 %
Rwork0.1806 21992 -
obs0.1852 23985 95.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.92 Å2 / Biso mean: 43.8389 Å2 / Biso min: 21.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.107→28.208 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2720 0 61 121 2902
Biso mean--42.56 45.6 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0223843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7811665
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1071-2.15980.34851310.2315144487
2.1598-2.21820.25251390.2219153493
2.2182-2.28340.27721380.2192153395
2.2834-2.35710.27291420.1913157697
2.3571-2.44130.27931430.1986160098
2.4413-2.5390.28061470.1985160398
2.539-2.65440.26461440.2048160198
2.6544-2.79430.25291480.1938162098
2.7943-2.96910.27871470.1975162899
2.9691-3.19810.2471460.1903160298
3.1981-3.51940.22811450.1713158397
3.5194-4.02740.18711400.1541155694
4.0274-5.06930.1771390.1424153292
5.0693-28.20.23361440.1864158093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.448-1.1127-0.70431.91812.61277.0541-0.0752-0.16150.4341-0.0903-0.12852.10860.0218-1.3024-0.01990.34320.02510.00340.53840.06020.5822-85.64878.113-90.4055
25.6304-1.447-1.24943.40740.40234.67430.06980.4892-0.1366-0.41440.01510.27960.2702-0.1672-0.08790.3089-0.0161-0.06680.19680.03950.2227-71.37917.3502-100.3638
32.9688-0.7679-0.40755.3012-0.56582.0440.29381.05160.2636-1.010.06420.1241-0.07990.2587-0.14350.56260.0051-0.01440.5478-0.07160.4678-73.32699.9033-109.9888
48.2036-1.5878-3.31933.00260.3124.94740.16730.16110.5176-0.23670.17590.0285-0.33-0.3072-0.32360.45260.0246-0.08330.2153-0.00230.2812-74.928314.2255-97.1773
52.59390.92190.15221.5545-0.63461.4202-0.06-0.03440.0648-0.4536-0.0764-0.0128-0.21130.170.07030.4528-0.0004-0.1490.19950.010.2996-65.04219.5389-94.7891
63.791-0.27220.00213.85230.42913.2960.229-0.1636-0.19270.0664-0.0977-0.5860.01920.2654-0.07290.3828-0.0104-0.12790.20080.03660.3652-60.86242.7616-92.5192
74.721-0.15234.18793.6613-0.55874.43440.24840.3146-0.4773-0.5320.1911-0.18110.44130.3038-0.48670.50260.0241-0.07520.2282-0.02570.376-65.6293-9.8681-98.8547
85.4627-0.2363-1.21193.67210.80782.14530.1409-0.66-0.32860.3077-0.0352-0.13060.18320.294-0.17420.440.0015-0.10460.32030.05780.2443-68.6518-2.2738-79.8299
96.7684-0.25023.65964.4631-0.48962.32580.338-0.0818-0.4182-0.45550.16580.28320.4418-0.5077-0.61190.312-0.0175-0.11340.2530.01740.3035-74.9249-3.8435-96.9502
108.41212.44373.92787.54572.69162.2289-0.2048-0.5449-0.1239-0.268-0.06230.6169-0.3419-0.47330.23140.2350.02-0.00790.28010.05440.2184-77.57832.4577-87.2588
114.4609-0.1532-1.77266.97051.47216.4216-0.07810.0870.0675-0.3766-0.0947-0.1068-0.3586-0.03380.30370.2344-0.08310.00960.2795-0.01420.2108-84.0239-5.4344-82.0014
124.4634-1.7459-0.46932.8462-0.27194.1543-0.03070.0697-0.2136-0.31140.09930.4621-0.1098-0.3607-0.03770.3633-0.0322-0.12890.2063-0.02160.2622-100.0378-4.7629-74.7391
138.34721.8966-3.66472.3932-0.40763.7275-0.12550.7483-0.0375-0.28950.19290.58680.1213-0.621-0.20440.4749-0.0186-0.13060.31820.01720.3469-99.4955-10.1501-77.917
141.16321.6453-0.22464.3157-1.0060.40980.0948-0.028-0.52640.5902-0.0254-0.46940.30110.1350.0990.76740.0218-0.1190.2799-0.01470.3106-96.7842-12.9688-64.3876
153.3082-0.464-0.69512.9561-0.13642.5584-0.1105-0.06110.04750.50440.05530.2767-0.2283-0.14520.01420.45220.0136-0.05350.19330.00330.2766-99.29530.7634-63.7377
160.53210.0793-1.39643.39420.60637.5065-0.09930.04630.6132-0.1286-0.04630.545-1.6374-0.55420.23970.55340.068-0.11710.23560.00860.356-102.29712.6745-69.5915
173.2278-0.2425-3.45325.5887-1.10883.94180.0394-0.63750.09330.2303-0.2074-0.8504-0.27590.49380.15160.4957-0.0977-0.1950.3618-0.01320.2993-84.03275.7716-62.3237
189.7265-0.72554.54934.41370.5587.8888-0.05850.75690.4296-0.4494-0.0013-0.0798-0.85640.2240.15670.5269-0.01570.00850.23840.0490.2732-95.91376.5181-76.434
197.90670.72272.4693.94260.01268.2582-0.1309-0.18290.27230.08190.0276-0.2920.0097-0.05430.15350.2649-0.0415-0.0280.22560.01180.2124-85.88540.4301-73.7671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 25 )A13 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 44 )A26 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 61 )A45 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 62 through 75 )A62 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 76 through 104 )A76 - 104
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 105 through 134 )A105 - 134
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 135 through 151 )A135 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 152 through 172 )A152 - 172
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 173 through 185 )A173 - 185
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 186 through 198 )A186 - 198
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 13 through 25 )B13 - 25
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 26 through 44 )B26 - 44
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 45 through 75 )B45 - 75
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 76 through 94 )B76 - 94
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 95 through 134 )B95 - 134
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 135 through 151 )B135 - 151
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 152 through 172 )B152 - 172
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 173 through 185 )B173 - 185
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 186 through 198 )B186 - 198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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