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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dyt | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 227 Fab in complex with (NPNA)8 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / malaria antibody / PfCSP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Martin, G.M. / Ward, A.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Affinity-matured homotypic interactions induce spectrum of PfCSP structures that influence protection from malaria infection. 著者: Gregory M Martin / Jonathan L Torres / Tossapol Pholcharee / David Oyen / Yevel Flores-Garcia / Grace Gibson / Re'em Moskovitz / Nathan Beutler / Diana D Jung / Jeffrey Copps / Wen-Hsin Lee / ...著者: Gregory M Martin / Jonathan L Torres / Tossapol Pholcharee / David Oyen / Yevel Flores-Garcia / Grace Gibson / Re'em Moskovitz / Nathan Beutler / Diana D Jung / Jeffrey Copps / Wen-Hsin Lee / Gonzalo Gonzalez-Paez / Daniel Emerling / Randall S MacGill / Emily Locke / C Richter King / Fidel Zavala / Ian A Wilson / Andrew B Ward / 要旨: The generation of high-quality antibody responses to Plasmodium falciparum (Pf) circumsporozoite protein (PfCSP), the primary surface antigen of Pf sporozoites, is paramount to the development of an ...The generation of high-quality antibody responses to Plasmodium falciparum (Pf) circumsporozoite protein (PfCSP), the primary surface antigen of Pf sporozoites, is paramount to the development of an effective malaria vaccine. Here we present an in-depth structural and functional analysis of a panel of potent antibodies encoded by the immunoglobulin heavy chain variable (IGHV) gene IGHV3-33, which is among the most prevalent and potent antibody families induced in the anti-PfCSP immune response and targets the Asn-Ala-Asn-Pro (NANP) repeat region. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) reveals a remarkable spectrum of helical antibody-PfCSP structures stabilized by homotypic interactions between tightly packed fragments antigen binding (Fabs), many of which correlate with somatic hypermutation. We demonstrate a key role of these mutated homotypic contacts for high avidity binding to PfCSP and in protection from Pf malaria infection. Together, these data emphasize the importance of anti-homotypic affinity maturation in the frequent selection of IGHV3-33 antibodies and highlight key features underlying the potent protection of this antibody family. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dyt.cif.gz | 403.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dyt.ent.gz | 307 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dyt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dyt_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dyt_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dyt_validation.xml.gz | 58.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dyt_validation.cif.gz | 85.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dyt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27781MC 8dywC 8dyxC 8dyyC 8dz3C 8dz4C 8dz5C 8ekfC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3189.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: csp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5R2L4 #2: 抗体 | 分子量: 22859.256 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 49904.219 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70120 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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