PDB-8dy8: Crystal structure of the R178Q mutant of ubiquitin carboxy termin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dy8

タイトル

Crystal structure of the R178Q mutant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 (UCH-L1)

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

キーワード

HYDROLASE / deubiquitinase / cysteine hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

axon target recognition / male germ cell proliferation / alpha-2A adrenergic receptor binding / muscle cell development / neuron projection terminus / adult walking behavior / neuromuscular process / eating behavior / axonal transport of mitochondrion / protein deubiquitination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kenny, S. / Brown, K.J. / Das, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Enhanced catalytic activity of the UCHL1R178Q mutant is due to a more reactive active site
著者: Kenny, S. / Brown, K.J. / Das, C.

履歴

登録	2022年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dy8.cif.gz	178.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dy8.ent.gz	141.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dy8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/8dy8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2etlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

50.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.385, 109.385, 79.202
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- SO4
2	1	A-458- HOH
3	1	A-459- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1 / UCH-L1 / Neuron cytoplasmic protein 9.5 / PGP 9.5 / PGP9.5 / Ubiquitin thioesterase L1 分子量: 25237.734 Da / 分子数: 2 / 変異: R178Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UCHL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09936, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.92 Å / Num. obs: 26476 / % possible obs: 92.41 % / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 18.29
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 1559 / R_pim(I) all: 0.44 / % possible all: 55.28

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ETL

2etl

解像度: 2.1→48.92 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2645	1956	7.39 %
R_work	0.2218	-	-
obs	0.2249	26475	92.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3205	0	16	99	3320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3275
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.526	4438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.997	446
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	505
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.373	75	0.3662	932	X-RAY DIFFRACTION	50
2.15-2.21	0.3586	104	0.3457	1320	X-RAY DIFFRACTION	71
2.21-2.28	0.3109	125	0.2979	1560	X-RAY DIFFRACTION	84
2.28-2.35	0.2765	135	0.291	1698	X-RAY DIFFRACTION	91
2.35-2.43	0.3066	144	0.2775	1795	X-RAY DIFFRACTION	97
2.43-2.53	0.3107	148	0.2577	1866	X-RAY DIFFRACTION	99
2.53-2.65	0.3101	151	0.2954	1877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.78	0.2943	148	0.293	1861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.96	0.3242	151	0.2834	1891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.19	0.32	150	0.2646	1890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.51	0.2626	152	0.2246	1907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-4.02	0.2216	153	0.1771	1919	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-5.06	0.2072	155	0.1603	1943	X-RAY DIFFRACTION	100
5.06-48.92	0.2631	165	0.2068	2060	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1456	-1.3237	1.3081	4.0117	1.3518	6.1385	-0.1472	-0.2088	-0.4594	0.7529	0.1284	0.6001	0.8402	-0.2676	0.0023	0.5007	0.0403	0.1435	0.3757	0.1053	0.4935	33.7235	6.3487	18.4975
2	4.8135	-0.4706	-1.0153	5.7287	-0.6804	3.1262	-0.0448	0.9505	0.3546	-0.5139	0.2389	-0.5182	0.0176	-0.1331	-0.0719	0.2956	-0.0718	0.0213	0.4917	-0.0115	0.323	42.8275	15.4856	1.8651
3	3.4593	-0.2309	0.6696	3.3122	-1.4812	3.6051	-0.1915	-0.2511	0.2823	0.5221	0.1344	0.2331	-0.4743	-0.1732	0.0987	0.4652	0.1277	0.0155	0.253	-0.0184	0.3002	34.7496	23.4903	17.0487
4	9.9166	-3.9217	1.8748	7.3809	5.9181	7.9596	-0.0392	-0.2549	-0.2013	0.4949	0.016	-0.1325	0.0351	0.3916	-0.2451	0.6401	0.2059	0.0617	0.6234	0.0536	0.3253	43.9203	15.0836	28.1693
5	6.6672	-1.8632	2.8837	5.6927	-1.4711	4.0761	0.0282	0.155	0.0402	-0.0728	-0.1087	-0.0806	-0.1194	0.0275	0.0525	0.2643	-0.008	0.0478	0.2625	-0.0015	0.2394	35.9522	15.7566	6.0698
6	7.6911	0.5058	1.0956	6.7708	-2.3704	8.3586	0.3763	0.598	-0.1681	-0.4272	0.1286	0.4975	-0.336	0.0918	-0.431	0.4704	-0.0208	-0.0851	0.3524	-0.0492	0.4367	30.565	6.7307	1.6842
7	9.1106	-5.0416	-2.4941	6.8839	2.9967	2.9522	0.4069	1.6904	-0.3538	-0.431	-0.2399	0.0021	-0.327	-0.8482	-0.1853	0.4319	-0.0424	0.0857	0.2669	0.0708	0.4179	38.3411	3.8179	8.0236
8	4.8413	-0.3619	1.2824	3.1836	-1.1537	7.0064	-0.2952	-0.494	0.5895	0.4326	0.0268	-0.4495	-0.5231	0.6083	0.1752	0.4234	0.0902	-0.0785	0.4478	-0.0811	0.4363	21.263	54.4007	31.6721
9	9.2978	-1.2004	-0.7259	2.8305	1.6578	2.998	-0.8028	0.6096	-0.5107	-0.2561	0.3112	-0.0114	0.5059	0.34	0.3731	0.6534	-0.0012	0.0679	0.4647	0.0045	0.4021	20.6	38.2767	19.6254
10	1.9774	-0.7564	-0.7873	1.0128	-0.4203	2.7663	-0.4933	-1.0434	-0.6745	0.5411	-0.0493	-0.2396	0.9656	1.3663	0.344	0.7724	0.4176	0.0841	0.8448	0.1485	0.4722	27.2153	39.417	35.1387
11	3.4024	-0.3503	-1.5024	2.0882	-1.9656	8.1439	-0.2584	-0.8169	0.3813	0.2597	0.4588	0.0704	0.0554	0.1017	-0.1404	0.3486	0.0614	-0.0431	0.4206	-0.0561	0.3074	16.3447	46.2284	33.7247
12	5.706	-2.4349	-2.7872	7.9294	-0.0217	5.2303	0.081	0.5706	0.3491	-0.3414	0.003	-0.4568	0.1198	0.3167	0.0217	0.4311	0.0451	0.0331	0.5685	0.0683	0.3035	26.0425	48.868	17.5815
13	1.2249	1.6423	1.9094	3.84	2.0824	4.671	0.1331	0.8012	0.1297	0.2137	0.2633	-0.0244	-0.1581	0.6107	-0.6768	0.4533	0.0228	-0.0115	0.4284	-0.0349	0.5509	16.3714	56.7165	24.132

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 136 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 137 through 149 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 150 through 189 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 190 through 206 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 207 through 222 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 56 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 57 through 89 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 90 through 136 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 137 through 168 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 169 through 207 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 208 through 222 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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