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- PDB-8dx4: Clostridioides difficile R20291 minor pilin - PilW fused with Mal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dx4
タイトルClostridioides difficile R20291 minor pilin - PilW fused with Maltose Binding Protein
要素Maltodextrin-binding protein,Putative pilin protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Membrane Bound Protein / Pilin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PilW, C-terminal / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. ...PilW, C-terminal / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Pilin protein / Maltodextrin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Clostridioides difficile R20291 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.487 Å
データ登録者Ronish, L.A. / Piepenbrink, K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K22 AI123467 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P20-GM113126 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Recognition of extracellular DNA by type IV pili promotes biofilm formation by Clostridioides difficile.
著者: Ronish, L.A. / Sidner, B. / Yu, Y. / Piepenbrink, K.H.
履歴
登録2022年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein,Putative pilin protein
B: Maltodextrin-binding protein,Putative pilin protein
C: Maltodextrin-binding protein,Putative pilin protein
D: Maltodextrin-binding protein,Putative pilin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,73725
ポリマ－224,1264
非ポリマー1,61221
水11,259625
1
A: Maltodextrin-binding protein,Putative pilin protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Tandem liquid chromatography. First NiNTA column is followed by a size exclusion column. Fractions were then quantified for protein present by UV-vis wavelength of 280nm. ...根拠: gel filtration, Tandem liquid chromatography. First NiNTA column is followed by a size exclusion column. Fractions were then quantified for protein present by UV-vis wavelength of 280nm. Followed by reducing SDS-PAGE to confirm the expected size.
  • 56.3 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2805
ポリマ－56,0311
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Maltodextrin-binding protein,Putative pilin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2805
ポリマ－56,0311
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Maltodextrin-binding protein,Putative pilin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4565
ポリマ－56,0311
非ポリマー4254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Maltodextrin-binding protein,Putative pilin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,72210
ポリマ－56,0311
非ポリマー6919
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.326, 81.796, 102.964
Angle α, β, γ (deg.)92.440, 90.950, 113.370
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 21 or resid 23...
21(chain C and (resid 2 or (resid 3 and (name...
31(chain D and (resid 2 or (resid 3 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 21 or resid 23...A2 - 21
121(chain A and (resid 2 through 21 or resid 23...A23 - 24
131(chain A and (resid 2 through 21 or resid 23...A27
141(chain A and (resid 2 through 21 or resid 23...A29 - 40
151(chain A and (resid 2 through 21 or resid 23...A42 - 43
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211(chain C and (resid 2 or (resid 3 and (name...C2
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231(chain C and (resid 2 or (resid 3 and (name...C1 - 1152
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311(chain D and (resid 2 or (resid 3 and (name...D2
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361(chain D and (resid 2 or (resid 3 and (name...D0 - 1152

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Maltodextrin-binding protein,Putative pilin protein


分子量: 56031.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Clostridioides difficile R20291 (バクテリア)
株: FS14, CD196 / 遺伝子: malE, JW3994, CD196_2148 / プラスミド: pETMAL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LXE0, UniProt: A0A0H3N4W9

-
非ポリマー , 5種, 646分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes, Cesium Chloride, PEG 3350, n-Octyl-beta-D-glucoside, Sodium Chloride, ethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月30日 / 詳細: dimorph mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→102.8 Å / Num. obs: 64470 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 41.14 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 150043 / Scaling rejects: 1135
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.48-2.542.40.2721085244470.9010.2070.3432.591.4
11.37-102.82.50.03817046760.9970.0290.04914.194.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoXDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TSM

4tsm


解像度: 2.487→39.735 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2182 3188 4.97 %
Rwork0.1864 60993 -
obs0.1879 64181 93.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 217.02 Å2 / Biso mean: 62.1066 Å2 / Biso min: 15.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.487→39.735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15116 0 104 625 15845
Biso mean--72.23 52.2 -
残基数----1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00415673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77521263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8889417
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5793X-RAY DIFFRACTION10.05TORSIONAL
12C5793X-RAY DIFFRACTION10.05TORSIONAL
13D5793X-RAY DIFFRACTION10.05TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4874-2.52460.23551230.2216277596
2.5246-2.5640.29411270.2403274496
2.564-2.6060.26471530.2384268496
2.606-2.6510.30911740.2124268196
2.651-2.69910.2561390.2064270895
2.6991-2.75110.29271340.2121273696
2.7511-2.80720.25721330.2249272896
2.8072-2.86820.26231550.2173268395
2.8682-2.93490.30791540.2158267994
2.9349-3.00830.22641190.2113266294
3.0083-3.08960.2731380.2177265594
3.0896-3.18050.22731290.213265693
3.1805-3.28310.25141500.2146265193
3.2831-3.40040.22741270.206261092
3.4004-3.53640.2281290.1862256191
3.5364-3.69730.20211600.1742251690
3.6973-3.8920.2231400.1765259190
3.892-4.13560.18661150.1693252589
4.1356-4.45460.18371560.1528255291
4.4546-4.90210.18211400.1442262192
4.9021-5.60980.17781310.1702260092
5.6098-7.06130.20711250.1871266294
7.0613-39.7350.18251370.1707271395
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.18371.36670.65763.1972-0.79122.6824-0.53651.07550.5824-0.7580.40350.5256-0.433-0.27080.05380.56280.0222-0.07830.77670.08550.601323.0082-67.101428.125
24.30891.01661.27350.34070.26021.36470.1316-0.1355-0.07010.05980.0132-0.21650.1228-0.045-0.10440.39970.0747-0.01390.2797-0.05580.49244.9672-75.637240.0426
35.2796-2.6602-1.71771.82020.36012.73330.1422-0.98950.45490.61430.37650.01070.1190.2294-0.45780.54040.0130.04330.6399-0.24420.633749.2211-67.355352.2536
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56.3894-1.3051-0.78161.64170.16435.45970.21731.5602-1.7196-0.51890.6449-1.29220.70140.6045-0.72730.47920.00740.01590.7676-0.45081.001631.7807-83.841728.1398
61.74950.0381-0.05480.2281-0.02971.42570.1922-0.11670.13740.03330.2596-0.3558-0.34950.0783-0.42050.47160.05090.09110.4229-0.0880.7240.6744-59.693952.9102
71.55130.17650.15371.91610.54493.18240.5517-0.43040.08790.0888-0.2935-0.2973-0.7383-0.7254-0.21381.0480.07560.08041.0297-0.07880.860327.1544-47.862381.1279
81.7195-0.4692-0.03131.85730.16441.76010.7366-1.2551.41140.3299-0.23840.2696-1.2839-0.4122-0.13091.12860.20150.32451.1158-0.29071.151829.6504-38.503774.266
91.46070.4085-0.04690.27750.4633.3437-0.24440.29461.7237-0.03720.08370.1603-0.8950.49820.2441.27340.22060.47990.82540.03461.646133.4471-38.028864.0161
105.67850.25830.35053.2072-0.20792.6311-0.0088-0.9325-1.99580.38880.022-0.08150.489-0.0242-0.09310.3412-0.0037-0.09470.5290.15170.711649.8813-43.99936.9064
116.4095-0.46550.05160.9102-0.23090.1131-0.1486-0.24080.6930.00150.0188-0.1835-0.2091-0.0050.12060.35530.02360.00350.2677-0.01160.269637.125-28.922931.8523
123.4296-0.08240.69341.65730.65493.21090.1158-0.4618-0.12970.243-0.11730.06960.1488-0.13570.00350.2296-0.02160.01520.2820.01110.203117.1766-30.8438.6436
132.68550.1232-0.17730.87920.1770.9141-0.0412-0.0639-0.19650.0144-0.0174-0.0550.0508-0.02430.03290.1909-0.0117-0.00610.16810.01830.140835.8951-33.609931.4293
148.0564-0.90711.14870.95580.90282.11980.57011.7036-0.9381-0.4203-0.42760.30660.11-0.0235-0.10870.27860.0324-0.03620.4116-0.10180.344840.8726-36.628621.4883
151.09910.34370.41231.08640.66721.67720.2007-0.46680.00740.4541-0.2355-0.17840.0693-0.17270.02480.4589-0.0485-0.08110.60780.01270.340132.933-22.376254.078
162.5544-0.01071.5521.3652-0.0032.91830.27510.10191.03170.5934-0.2356-1.1847-0.61710.0166-0.15771.2263-0.19640.01780.7998-0.05371.2246.58521.535873.2638
173.2814-0.17281.58882.03860.27472.9593-0.1723-0.39180.82360.55030.2604-0.3365-0.49011.07130.09830.9498-0.1678-0.16291.15630.08690.722445.93-5.672375.7493
182.07420.58950.28853.72250.17913.29310.073-1.2148-0.20350.87510.09430.630.6984-0.7624-0.21221.0651-0.4046-0.22621.46340.15660.704336.875-16.236777.1742
196.44560.1586-0.17221.17480.96011.43930.0105-0.2345-0.70150.1294-0.07820.03730.3028-0.2330.08270.384-0.030.00730.3020.04370.327727.5989-63.5371105.739
203.89540.6516-0.11943.62141.51313.02480.17980.1105-0.03970.0001-0.04160.13320.17690.0271-0.14470.26290.00910.00780.17320.01510.282654.489-64.836297.9852
212.10730.41020.20760.2565-0.23690.57220.09830.120.0328-0.03060.0884-0.06830.10980.0231-0.19280.2948-0.0369-0.02580.2838-0.01690.402436.3309-66.471595.1806
220.91950.10640.43791.31640.3912.7135-0.08511.12590.0195-0.7642-0.04590.3847-0.4838-0.54840.24130.9353-0.102-0.1391.168-0.00580.713827.7801-87.254757.8656
233.7540.6561-0.33513.6479-0.55513.48470.33670.1858-1.66480.04570.1047-0.51680.66980.0899-0.48640.9185-0.0713-0.27780.8651-0.06811.071730.917-97.401770.1668
243.9427-0.2467-0.70242.8907-0.53562.77190.2495-0.16141.2929-0.08430.1253-0.372-0.73860.0065-0.32090.51260.02870.10460.3262-0.03760.626584.0284-13.1338104.7269
253.40470.78430.69113.38870.2482.4422-0.04991.60110.5139-0.7687-0.0028-0.2071-0.4184-0.2656-0.04410.5270.07590.05070.68010.14820.373778.9709-20.398493.101
264.72450.7912-0.5983.6745-1.06741.2406-0.08290.3629-0.703-0.11320.0351-0.04820.62830.11080.05880.35030.0132-0.030.2823-0.03620.314979.9128-33.9404102.7356
272.43-0.9360.89640.72810.5172-0.1269-0.04730.15870.0904-0.06260.01540.08320.0037-0.03250.02840.3964-0.00720.04220.29140.05240.234549.2242-29.3006104.7364
281.87580.0754-0.16521.3789-0.18432.49520.05890.24750.244-0.1056-0.04950.0149-0.29570.1164-0.01420.3705-0.0211-0.00070.3220.08560.295551.2929-26.7961100.7273
293.58970.8996-0.43480.75250.13130.59480.1015-0.34710.14220.1104-0.0093-0.10180.03610.0699-0.08330.2610.0310.01360.23710.03710.213373.3087-26.3027109.5789
300.7126-0.5478-0.3411.61450.46011.15630.27530.4159-0.008-0.5612-0.2681-0.2137-0.0515-0.26790.01250.52350.07680.07810.72210.01930.326765.543-38.019884.1897
315.7761-1.4954-2.43951.50481.02542.24710.15540.9238-1.281-0.1121-0.3486-0.29490.5079-0.17920.36681.03810.09940.20540.8326-0.03140.877776.7684-58.414266.1442
323.68490.5688-0.73312.2279-0.67472.67080.48681.9060.2953-1.3025-0.5043-0.2301-0.3406-0.436-0.00891.25330.3960.22821.39990.2610.710373.2707-45.174359.7817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 72 )A1 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 169 )A73 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 170 through 200 )A170 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 201 through 282 )A201 - 282
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 283 through 314 )A283 - 314
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 315 through 1051 )A315 - 1051
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1052 through 1096 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1097 through 1121 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1122 through 1152 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 72 )B1 - 72
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 73 through 128 )B73 - 128
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 129 through 234 )B129 - 234
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 235 through 282 )B235 - 282
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 283 through 314 )B283 - 314
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 315 through 1054 )B315 - 1054
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 1055 through 1085 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 1086 through 1110 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 1111 through 1151 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1 through 128 )C1 - 128
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 129 through 234 )C129 - 234
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 235 through 1054 )C235 - 1054
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 1055 through 1096 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 1097 through 1152 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 0 through 42 )D0 - 42
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 43 through 72 )D43 - 72
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 73 through 105 )D73 - 105
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 106 through 169 )D106 - 169
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 170 through 245 )D170 - 245
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 246 through 314 )D246 - 314
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 315 through 1054 )D315 - 1054
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 1055 through 1101 )D0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 1103 through 1152 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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