+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7t31 | |||||||||
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Title | X-ray Structure of Clostridiodies difficile PilW | |||||||||
Components | Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Putative pilin protein chimera | |||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / type IV pilin / gram-positive | |||||||||
Function / homology | Function and homology information protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing ...protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / periplasmic space / DNA damage response / membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Clostridioides difficile R20291 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Ronish, L.A. / Piepenbrink, K.H. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2022 Title: Recognition of extracellular DNA by type IV pili promotes biofilm formation by Clostridioides difficile. Authors: Ronish, L.A. / Sidner, B. / Yu, Y. / Piepenbrink, K.H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7t31.cif.gz | 781.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7t31.ent.gz | 651.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7t31.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7t31_validation.pdf.gz | 467.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7t31_full_validation.pdf.gz | 485.7 KB | Display | |
Data in XML | 7t31_validation.xml.gz | 75.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7t31_validation.cif.gz | 107.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t31 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8dx4C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55989.332 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridioides difficile R20291 (bacteria) Strain: K12, 630 / Gene: malE, b4034, JW3994, CD630_23050 / Plasmid: petMal / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): NiCO21 / References: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q185H8 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.57 % / Description: Rods |
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Crystal grow | Temperature: 280 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1M Hepes pH 7.5, 25% Peg 3350, 0.0375M NaCl, 0.2M CsCl2, 2% ethanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 30, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.01→74.95 Å / Num. obs: 121248 / % possible obs: 93.1 % / Redundancy: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 28.39 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 3.1 / Num. measured all: 216621 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 1.8 %
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: MBP, PilA1 Resolution: 2.3→39.7 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 25.86 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→39.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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