PDB-8dx3: HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 3-bro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dx3

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 3-bromobenzylamine in the thumb subdomain

要素

Reverse transcriptase/ribonuclease H
p51 RT

キーワード

TRANSFERASE / HIV-1 reverse transcriptase

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Chopra, A. / Ruiz, F.X. / Bauman, J.D. / Arnold, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Halo Library, a Tool for Rapid Identification of Ligand Binding Sites on Proteins Using Crystallographic Fragment Screening.
著者: Chopra, A. / Bauman, J.D. / Ruiz, F.X. / Arnold, E.

履歴

登録	2022年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dx3.cif.gz	472.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dx3.ent.gz	341.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dx3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dx3_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dx3_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8dx3_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	8dx3_validation.cif.gz	57 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/8dx3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8dx2C 8dx8C 8dxbC 8dxeC 8dxgC 8dxhC 8dxiC 8dxjC 8dxkC 8dxlC 8dxmC 4g1qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: p51 RT

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.984, 72.994, 109.357
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.009, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質	p51 RT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Exoribonuclease H / p66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H

#2: タンパク質

p51 RT

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366

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非ポリマー , 7種, 375分子

#3: 化合物	ChemComp-4JH / 1-(3-bromophenyl)methanamine / 3-ブロモベンジルアミン分子量: 186.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈BrN / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP PH範囲: 6.4-6.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 146012 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.078 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 1.171 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 286022

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.05-2.09	1.8	0.85	6974	0.306	0.749	1.137	1.136	91.4
2.09-2.12	1.9	0.728	7138	0.426	0.634	0.97	1.145	92.5
2.12-2.16	2	0.657	7128	0.5	0.568	0.872	1.225	93.3
2.16-2.21	2	0.537	7160	0.568	0.47	0.717	1.232	93.1
2.21-2.26	2	0.465	7219	0.639	0.408	0.621	1.287	94.1
2.26-2.31	2	0.4	7096	0.711	0.352	0.535	1.273	93.3
2.31-2.37	1.9	0.331	7181	0.784	0.291	0.442	1.233	93.3
2.37-2.43	2	0.275	7275	0.83	0.243	0.369	1.294	94.3
2.43-2.5	2	0.245	7265	0.865	0.217	0.329	1.21	94.7
2.5-2.58	1.9	0.187	7297	0.912	0.167	0.252	1.16	95.3
2.58-2.68	2	0.165	7313	0.929	0.147	0.222	1.112	95.6
2.68-2.78	2	0.141	7363	0.944	0.126	0.189	1.102	95.9
2.78-2.91	2	0.114	7342	0.961	0.103	0.154	1.092	95.9
2.91-3.06	1.9	0.1	7348	0.968	0.09	0.135	1.193	95.4
3.06-3.25	2	0.086	7367	0.973	0.077	0.116	1.127	97
3.25-3.51	1.9	0.076	7518	0.98	0.067	0.102	1.091	97.5
3.51-3.86	2	0.067	7509	0.984	0.059	0.09	1.141	97.8
3.86-4.42	1.9	0.06	7431	0.986	0.053	0.081	1.19	97.3
4.42-5.56	2	0.056	7562	0.987	0.05	0.076	1.095	98.3
5.56-50	2	0.058	7526	0.988	0.05	0.077	1.104	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	dev_3051	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 2.06→42.98 Å / SU ML: 0.2525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.2445
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2284	3819	2.62 %
R_work	0.1964	142146	-
obs	0.1973	145965	95.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→42.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7949	0	101	357	8407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0091	8305
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9811	11284
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0672	1220
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1422
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.7027	3143

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.08	0.3135	137	0.3003	5002	X-RAY DIFFRACTION	90.19
2.08-2.11	0.3209	135	0.2932	4993	X-RAY DIFFRACTION	91.51
2.11-2.14	0.289	137	0.2766	5176	X-RAY DIFFRACTION	93.26
2.14-2.17	0.3444	142	0.2667	5207	X-RAY DIFFRACTION	93.19
2.17-2.2	0.2858	136	0.2695	5132	X-RAY DIFFRACTION	93.34
2.2-2.24	0.3048	141	0.2585	5177	X-RAY DIFFRACTION	93.54
2.24-2.27	0.2606	143	0.2494	5244	X-RAY DIFFRACTION	93.56
2.27-2.31	0.2978	140	0.242	5097	X-RAY DIFFRACTION	93.77
2.31-2.35	0.2696	141	0.2371	5197	X-RAY DIFFRACTION	93.26
2.35-2.4	0.3201	141	0.2392	5229	X-RAY DIFFRACTION	93.51
2.4-2.45	0.2688	137	0.2345	5162	X-RAY DIFFRACTION	94.68
2.45-2.5	0.2464	144	0.2355	5208	X-RAY DIFFRACTION	95.03
2.5-2.56	0.2979	135	0.2311	5266	X-RAY DIFFRACTION	94.94
2.56-2.62	0.2902	145	0.2191	5372	X-RAY DIFFRACTION	95.7
2.62-2.69	0.3235	141	0.2245	5321	X-RAY DIFFRACTION	95.39
2.69-2.77	0.2528	137	0.2238	5217	X-RAY DIFFRACTION	96.04
2.77-2.86	0.2489	147	0.2119	5332	X-RAY DIFFRACTION	95.87
2.86-2.97	0.2337	146	0.2117	5289	X-RAY DIFFRACTION	95.75
2.97-3.08	0.266	141	0.2149	5255	X-RAY DIFFRACTION	95.52
3.08-3.22	0.2617	146	0.2087	5380	X-RAY DIFFRACTION	96.83
3.22-3.39	0.2297	147	0.1926	5411	X-RAY DIFFRACTION	97.41
3.39-3.61	0.2155	138	0.1837	5390	X-RAY DIFFRACTION	97.7
3.61-3.88	0.1922	149	0.1738	5430	X-RAY DIFFRACTION	97.77
3.89-4.28	0.2152	143	0.1595	5389	X-RAY DIFFRACTION	97.41
4.28-4.89	0.1744	144	0.1534	5410	X-RAY DIFFRACTION	97.73
4.89-6.16	0.1683	145	0.1713	5415	X-RAY DIFFRACTION	98.35
6.16-42.98	0.1813	141	0.1639	5445	X-RAY DIFFRACTION	98.03

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.199165167897	0.0873074224769	0.0911171801487	0.322287987778	0.380135230636	0.428233178916	0.201639291137	-0.246873497694	-0.0338500750647	0.237599305688	-0.16014606627	0.0546107033584	0.193078100921	0.0671416528167	-5.48893968298E-8	0.63043601815	0.00840335905787	0.101295814736	0.476309394951	0.059622256226	0.335147630318	47.1162183084	-15.3931249915	70.4008378951
2	0.0439308499221	0.0912722495463	0.0744483549268	0.090306269262	0.106356352283	0.108503971225	0.191160292069	0.0369150232222	-0.0727928756367	0.0737387392562	0.120495214629	0.00248400366339	0.2182740108	-0.248191694289	-3.42426735688E-8	0.481022619994	-0.0201436134465	0.018285471306	0.336068880487	0.0286369453293	0.28683157184	40.2771955921	-17.5994795361	58.7763897825
3	0.36411055733	0.185550803258	0.161804662904	0.0965052867471	0.0584938712346	0.137592208028	0.0985806752346	-0.239605508344	-0.218264544547	0.0868663766771	0.0624861989046	0.10565224544	0.133945937157	0.127656785872	0.0952295496146	0.407920084691	0.0292812902177	0.0286413847384	0.397110002009	0.0528529650998	0.263234329449	48.8373110435	-18.5054352978	62.056589185
4	0.354238883663	0.328818179113	0.260877109877	0.489657555729	0.0476790356102	0.41440567861	0.244806353907	-0.172075143592	-0.260524924004	0.31656900854	0.0489252098341	-0.00555249052294	0.15054969777	-0.0748721724934	0.0965781798966	0.345994887571	-0.00606497132485	0.00102728528933	0.293391162409	0.0323040088849	0.326979608139	42.7292523449	-25.8492295157	40.0787265982
5	0.240483762606	-0.0527248197692	0.139700857579	0.637928436049	-0.255130484529	0.585359472532	0.0400049634584	-0.0313509063574	-0.117613242133	-0.0306987443291	0.0799240066791	0.197417714493	0.00719697137986	-0.13919310715	1.07614058109E-8	0.254023545078	0.00516436502606	-0.00323008326933	0.262295474276	-0.00115587019575	0.329729314831	35.3501519933	-15.6698038364	17.4153309861
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7	0.0780418309066	0.062115791446	-0.0392794100517	0.101944657217	-0.0913923751737	0.0786088547689	0.113220894577	-0.177579624916	-0.082022051563	0.0287229498189	0.0227706453181	0.0254368323085	-0.0566839589593	-0.275704099751	3.31845906077E-7	0.276093603771	0.0579908816279	0.0632602145554	0.470599170851	-0.0286138197512	0.319108087745	13.2241454564	17.5235423269	4.08114381674
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11	0.228346064294	0.0419512387419	0.0247841284189	0.371560985235	0.106734919839	0.142202113535	-0.0042714225767	0.0130705613485	0.0573256243478	0.0899210082741	-0.111035886634	0.0377159371139	-0.102744192711	0.00457665515745	6.46157117778E-8	0.330460041544	-0.0188846548368	-0.00121004979805	0.243043284773	-0.00882782350114	0.312158892996	43.0789280399	10.6961239931	20.0259763347

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 59 )	A	A	-1 - 59	1 - 61
2	2	chain 'A' and (resid 60 through 96 )	A	A	60 - 96	62 - 98
3	3	chain 'A' and (resid 97 through 155 )	A	A	97 - 155	99 - 157
4	4	chain 'A' and (resid 156 through 296 )	A	A	156 - 296	158 - 298
5	5	chain 'A' and (resid 297 through 421 )	A	A	297 - 421	299 - 423
6	6	chain 'A' and (resid 422 through 527 )	A	A	422 - 527	424 - 529
7	7	chain 'A' and (resid 528 through 554 )	A	A	528 - 554	530 - 556
8	8	chain 'B' and (resid 5 through 83 )	B	C	5 - 83	1 - 79
9	9	chain 'B' and (resid 84 through 238 )	B	C	84 - 238	80 - 225
10	10	chain 'B' and (resid 239 through 363 )	B	C	239 - 363	226 - 350
11	11	chain 'B' and (resid 364 through 428 )	B	C	364 - 428	351 - 415

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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