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- PDB-8dxe: HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 2-ami... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dxe | ||||||
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Title | HIV-1 reverse transcriptase/rilpivirine with bound fragment 2-amino-6-fluorobenzonitrile at the NNRTI adjacent site | ||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chopra, A. / Ruiz, F.X. / Bauman, J.D. / Arnold, E. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Halo Library, a Tool for Rapid Identification of Ligand Binding Sites on Proteins Using Crystallographic Fragment Screening. Authors: Chopra, A. / Bauman, J.D. / Ruiz, F.X. / Arnold, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 480.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 346.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8dx2C ![]() 8dx3C ![]() 8dx8C ![]() 8dxbC ![]() 8dxgC ![]() 8dxhC ![]() 8dxiC ![]() 8dxjC ![]() 8dxkC ![]() 8dxlC ![]() 8dxmC ![]() 4g1qS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 63989.238 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K172A, K173A, C280S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: isolate BH10 / Gene: gag-pol / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P03366, ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 50039.488 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C280S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: isolate BH10 / Gene: gag-pol / Production host: ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 7 types, 667 molecules ![](data/chem/img/0IF.gif)
![](data/chem/img/T27.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/T27.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-0IF / | ||||||||
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#4: Chemical | ChemComp-T27 / ![]() | ||||||||
#5: Chemical | ChemComp-DMS / ![]() #6: Chemical | ![]() #7: Chemical | ChemComp-MG / | #8: Chemical | ![]() #9: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.85 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 10-12% PEG 8000, 4% PEG 400, 100 mM imidazole pH 6.4-6.6, 15 mM MgSO4, 100 mM amm sulfate, 5 mM TCEP PH range: 6.4-6.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 106434 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.074 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 380131 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4G1Q Resolution: 1.85→42.06 Å / SU ML: 0.2028 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.3923 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→42.06 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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