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- PDB-8dtn: The complex of nanobody 6101 with BCL11A ZF6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dtn
タイトルThe complex of nanobody 6101 with BCL11A ZF6
要素
  • B-cell lymphoma/leukemia 11A
  • Nanobody 6101
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nanobody / BCL11A / Transcription factor / Zinc finger domain / protein degradation / gamma globin / sickle cells
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron remodeling / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of dendrite development / regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / positive regulation of collateral sprouting ...negative regulation of neuron remodeling / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of dendrite development / regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / positive regulation of collateral sprouting / ALK mutants bind TKIs / cellular response to L-glutamate / paraspeckles / SWI/SNF complex / protein sumoylation / transcription coregulator activity / positive regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / negative regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / BCL-11A-like CCHC zinc finger / : / C2H2 zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type ...: / BCL-11A-like CCHC zinc finger / : / C2H2 zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BCL11 transcription factor A
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Yin, M. / Tenglin, K. / Zhai, L. / Dassama, L.M. / Orkin, S.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Evolution of nanobodies specific for BCL11A.
著者: Yin, M. / Izadi, M. / Tenglin, K. / Viennet, T. / Zhai, L. / Zheng, G. / Arthanari, H. / Dassama, L.M.K. / Orkin, S.H.
履歴
登録2022年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody 6101
B: B-cell lymphoma/leukemia 11A
C: Nanobody 6101
D: B-cell lymphoma/leukemia 11A
E: Nanobody 6101
F: B-cell lymphoma/leukemia 11A
G: Nanobody 6101
H: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,55016
ポリマ－66,1928
非ポリマー3598
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area29330 Å2
手法PISA
2
A: Nanobody 6101
B: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6384
ポリマ－16,5482
非ポリマー902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area7950 Å2
手法PISA
3
C: Nanobody 6101
D: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6133
ポリマ－16,5482
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7910 Å2
手法PISA
4
E: Nanobody 6101
F: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6866
ポリマ－16,5482
非ポリマー1384
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8240 Å2
手法PISA
5
G: Nanobody 6101
H: B-cell lymphoma/leukemia 11A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6133
ポリマ－16,5482
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.933, 54.933, 408.619
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体
Nanobody 6101


分子量: 12726.685 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド
B-cell lymphoma/leukemia 11A / BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration ...BCL-11A / B-cell CLL/lymphoma 11A / COUP-TF-interacting protein 1 / Ecotropic viral integration site 9 protein homolog / EVI-9 / Zinc finger protein 856 / ZF6


分子量: 3821.213 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL11A, CTIP1, EVI9, KIAA1809, ZNF856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H165
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.0-7.0, 0.2 M NaKPO4 and 18%-20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→29.28 Å / Num. obs: 37430 / % possible obs: 97.45 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 35.07 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05494 / Rpim(I) all: 0.05494 / Rrim(I) all: 0.0777 / Net I/σ(I): 17.13
反射 シェル解像度: 2.199→2.278 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Mean I/σ(I) obs: 5.62 / Num. unique obs: 37119 / CC1/2: 0.941 / CC star: 0.985 / Rpim(I) all: 0.128 / Rrim(I) all: 0.181 / % possible all: 93.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BIOMOLデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLM7.2.2データ削減
PHENIX1.13-2998-000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.199→29.279 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 1985 5.35 %
Rwork0.1949 35134 -
obs0.1969 37119 97.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.95 Å2 / Biso mean: 35.7174 Å2 / Biso min: 13.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.199→29.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4511 0 8 401 4920
Biso mean--37.58 39.91 -
残基数----583
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1991-2.25410.26831320.2063225693
2.2541-2.3150.29981390.2179242496
2.315-2.38310.32281430.2121249497
2.3831-2.460.26461330.2145239998
2.46-2.54790.24471360.2128246697
2.5479-2.64980.27931370.2183247897
2.6498-2.77030.27941380.2156246698
2.7703-2.91620.27921400.2407251598
2.9162-3.09880.27861400.2313248397
3.0988-3.33770.24131380.214249597
3.3377-3.6730.22211460.1974259198
3.673-4.20320.2021480.1655257799
4.2032-5.29050.17681510.14552660100
5.2905-29.2780.21141640.1972830100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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