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- PDB-8dsk: Structure of the N358Y variant of serine hydroxymethyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dsk
タイトルStructure of the N358Y variant of serine hydroxymethyltransferase 8 in complex with PLP, glycine, and formyl tetrahydrofolate
要素Serine hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Enzyme / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FFO / Chem-PLG / Serine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Korasick, D.A. / Beamer, L.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)IOS 2152548 米国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional analysis of two SHMT8 variants associated with soybean cyst nematode resistance.
著者: Korasick, D.A. / Owuocha, L.F. / Kandoth, P.K. / Tanner, J.J. / Mitchum, M.G. / Beamer, L.J.
履歴
登録2022年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
C: Serine hydroxymethyltransferase
D: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,44530
ポリマ－216,2094
非ポリマー4,23626
水37,8862103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31240 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area57680 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.106, 90.798, 147.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.551, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Serine hydroxymethyltransferase


分子量: 54052.281 Da / 分子数: 4 / 変異: N358Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: 100305380, GLYMA_08G108900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0R0IK90, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 306.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FFO / N-[4-({[(6S)-2-amino-5-formyl-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid / [6S]-5-FORMYL-TETRAHYDROFOLATE / 6S-FOLINIC ACID / l-ロイコボリン


分子量: 473.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N7O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.18-0.25 triethylamine oxide, 0.1 M Tris, pH 8.5, 21-23 % w/v PEG MME 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→90.8 Å / Num. obs: 281201 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.55 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.63→1.65 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.336 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 12043 / CC1/2: 0.381 / Rpim(I) all: 0.801 / Rrim(I) all: 1.656 / % possible all: 84.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6uxj

6uxj


解像度: 1.63→74.68 Å / SU ML: 0.2066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 22.2853
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 14054 5 %
Rwork0.1845 266872 -
obs0.186 280926 97.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→74.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14474 0 288 2103 16865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007115472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.961521005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05322239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00712740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.63922215
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.640.32443450.30067078X-RAY DIFFRACTION77.55
1.64-1.660.30674500.2918835X-RAY DIFFRACTION96.97
1.66-1.680.3394760.29448777X-RAY DIFFRACTION97.06
1.68-1.710.30565020.28228851X-RAY DIFFRACTION97.39
1.71-1.730.31194800.26968693X-RAY DIFFRACTION96.74
1.73-1.750.29364890.25868570X-RAY DIFFRACTION94.17
1.75-1.780.28354430.24858915X-RAY DIFFRACTION97.94
1.78-1.80.2814810.25028891X-RAY DIFFRACTION98.32
1.8-1.830.29434790.25468878X-RAY DIFFRACTION98.12
1.83-1.860.27964300.23488998X-RAY DIFFRACTION98.4
1.86-1.890.24014700.21759015X-RAY DIFFRACTION98.36
1.89-1.930.23494500.19878943X-RAY DIFFRACTION98.65
1.93-1.960.2394410.19739026X-RAY DIFFRACTION98.64
1.96-20.2274580.18628934X-RAY DIFFRACTION98.58
2-2.050.20984280.18019033X-RAY DIFFRACTION98.74
2.05-2.10.21514790.18098988X-RAY DIFFRACTION98.7
2.1-2.150.21674670.18268912X-RAY DIFFRACTION98.49
2.15-2.210.20634520.18559047X-RAY DIFFRACTION98.6
2.21-2.270.23585350.18848919X-RAY DIFFRACTION98.64
2.27-2.350.21114630.19138981X-RAY DIFFRACTION98.49
2.35-2.430.21874330.19268898X-RAY DIFFRACTION97.44
2.43-2.530.22715050.19238852X-RAY DIFFRACTION97.41
2.53-2.640.23354830.18599043X-RAY DIFFRACTION99.19
2.64-2.780.23244850.18919067X-RAY DIFFRACTION99.49
2.78-2.950.22174460.18619097X-RAY DIFFRACTION99.3
2.95-3.180.21994710.18239091X-RAY DIFFRACTION99.29
3.18-3.50.194750.17689150X-RAY DIFFRACTION99.43
3.5-4.010.17694730.15379106X-RAY DIFFRACTION99.35
4.01-5.050.16685150.14589039X-RAY DIFFRACTION98.38
5.05-74.680.19515500.16819245X-RAY DIFFRACTION99.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7370633154420.145114894426-0.205136831790.334160847887-0.1630324376560.8342989903070.01073465395130.07612141569830.0619135545205-0.0528607239894-0.02657866949020.0329429120267-0.12803454733-0.08965516853120.01054627655340.231009284750.0472236156463-0.0007475577638010.1710907092250.01186459726260.18015536111618.361306366631.114622801210.6412299841
20.9002704691280.2247070927380.2200570996920.7574058501670.8018426232092.07613459838-0.008215411974010.107212280688-0.0217350043341-0.0272666875673-0.079180552940.131593912066-0.0145362774245-0.24262697010.09028857017030.2225023855540.05181163449290.003390218221980.2098692607250.02985123925570.20609599238912.785226483928.54490661241.23346605939
30.661927391090.01918663225220.6103869664561.787185288611.343363221611.622766582270.06894289706940.180790328731-0.0978535128365-0.0126073631857-0.143669233905-0.03781862848930.1903621525530.2129746539910.07403751882380.3646534211970.09499922303530.04696068693750.369445975883-0.0004248221418660.21032898319123.086209127217.9055043918-16.7851815078
40.520027175183-0.002661861002710.1411329179220.532713881035-0.2763062833610.9138095525250.003696890136670.0327652373706-0.01061928779880.00609722685578-0.0300298880783-0.0365952437082-0.0860746083110.06518667858050.0228029018480.1779842480260.006353498199390.01855755589620.1520530556870.01354671400890.16815093552437.011658378123.42410061718.4420887048
51.401351298960.6271700699220.3399008989631.13048075701-0.1244020594491.009897032470.0071486104417-0.01855501812040.1600141301960.122882078817-0.0898994762742-0.00621050811128-0.2119062655480.1516049075850.08888007970840.214003655029-0.01046290757840.02619716193010.1710045762640.02871065356210.17116506421847.176651386132.885693399920.6942067927
60.4879248073560.0425758973721-0.1927391612120.302526834325-0.1227612382060.611623295525-0.009180225656850.0561661840321-0.0921325502693-0.0139429388095-0.01736605956420.03638881993130.0576454552996-0.0751620206480.02407122572440.182699193507-0.0145592759740.008361185947060.192584018319-0.0242032409590.224834646496-3.103827978575.3221725600646.0722707935
71.08309242066-0.321568757815-0.1299093558730.5548614826190.0413038054840.4799823490440.01258910952290.0171535608701-0.066566677711-0.0458435695079-0.01808430472140.0724165222009-0.00801925310133-0.0875517766590.00684965593970.186649594785-0.03588831807260.002237606661590.209082389804-0.01772134945330.211436154279-16.11868001510.199559675749.0613277199
80.6627055459090.185479989369-0.07207179875950.508349036471-0.1718055339490.49332895827-0.014337335479-0.0669814839272-0.05458113387630.017248250194-0.0331515392323-0.0510451350863-0.0137542614560.05088640854380.05319265608480.184374506742-0.009494455478540.006600001033050.185593703740.005209779410860.1910275501612.534121724812.582608173559.2083147441
90.997835276439-0.0852800155790.3221593405251.06527788265-0.8824897196881.293311893070.0480288893943-0.0459986272326-0.126961956057-0.148837145739-0.1788391193-0.1936981859430.2168731743480.2212685489160.115735603860.1972333970990.02087754307440.04707874484410.1828321723620.02140416702950.18168603797319.2714202143.0747944386366.9074989472
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 230 )AA0 - 2301 - 231
22chain 'A' and (resid 231 through 426 )AA231 - 426232 - 427
33chain 'A' and (resid 427 through 471 )AA427 - 471428 - 472
44chain 'B' and (resid 0 through 230 )BG0 - 2301 - 231
55chain 'B' and (resid 231 through 471 )BG231 - 471232 - 470
66chain 'C' and (resid 0 through 230 )CL0 - 2301 - 231
77chain 'C' and (resid 231 through 471 )CL231 - 471232 - 472
88chain 'D' and (resid 0 through 230 )DP0 - 2301 - 231
99chain 'D' and (resid 231 through 471 )DP231 - 471232 - 472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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