PDB-8dom: Structure of the N358Y single variant ofserine hydroxymethyltrans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dom

タイトル

Structure of the N358Y single variant ofserine hydroxymethyltransferase 8 from Glycine max cultivar Essex complexed with PLP

要素

Serine hydroxymethyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Korasick, D.A. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional analysis of two SHMT8 variants associated with soybean cyst nematode resistance.
著者: Korasick, D.A. / Owuocha, L.F. / Kandoth, P.K. / Tanner, J.J. / Mitchum, M.G. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dom.cif.gz	453.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dom.ent.gz	306.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dom_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dom_full_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示
XML形式データ	8dom_validation.xml.gz	37 KB	表示
CIF形式データ	8dom_validation.cif.gz	53.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8dom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8dom	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ujhC 7ujiC 8dskC 8fsdC 6uxhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine hydroxymethyltransferase

B: Serine hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.967, 128.599, 128.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase 分子量: 54418.543 Da / 分子数: 2 / 変異: N358Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: 100305380, GLYMA_08G108900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0R0IK90, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.18 - 0.25 TMAO 0.1 M Tris (ph 8.5) 21-23 (w/v) % PEG MME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→128.63 Å / Num. obs: 75185 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 44.98 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.89→1.93 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 4.323 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 33413 / CC_1/2: 0.339 / R_pim(I) all: 1.678 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6uxh

6uxh

解像度: 1.89→64.31 Å / SU ML: 0.2962 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 25.8322
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2177	3673	4.96 %
R_work	0.1803	70353	-
obs	0.1822	74026	98.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→64.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7167	0	4	376	7547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0399	10017
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0559	1082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1311
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.806	1043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.91	0.4298	109	0.4614	1933	X-RAY DIFFRACTION	71.95
1.91-1.94	0.3985	116	0.4076	2528	X-RAY DIFFRACTION	92.16
1.94-1.97	0.3549	137	0.3491	2622	X-RAY DIFFRACTION	98.71
1.97-2	0.4043	130	0.3158	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2-2.03	0.3438	177	0.2967	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.03-2.06	0.329	138	0.2749	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.06-2.1	0.3099	137	0.2781	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.1-2.14	0.3343	162	0.2633	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.14-2.18	0.2832	126	0.2414	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.18-2.22	0.283	147	0.2427	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.22-2.27	0.3127	128	0.2319	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.27-2.32	0.2602	135	0.2235	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.32-2.38	0.2776	155	0.2137	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.38-2.45	0.2719	133	0.2036	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.52	0.2308	161	0.1854	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.52-2.6	0.2364	152	0.1828	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.6-2.69	0.2442	160	0.1901	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.69-2.8	0.2296	137	0.1926	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.8-2.93	0.2657	145	0.2014	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.93-3.08	0.2052	132	0.203	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.08-3.27	0.2367	139	0.1842	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.27-3.53	0.2057	130	0.1824	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.53-3.88	0.1784	160	0.1605	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.44	0.17	151	0.1345	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.6	0.1605	145	0.1383	2847	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.6-64.31	0.1954	131	0.1482	2992	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.861148134052	0.200396069057	0.158151452154	2.43492097204	0.62054322002	1.35526408183	0.0982956579297	0.0813982355989	0.0987890704703	-0.0831406318456	-0.0698131026557	0.104381036326	-0.253247189066	-0.105861764509	-0.0290018875442	0.338878493218	0.0475864822721	-0.00182885038698	0.357547196229	0.066239512437	0.311407803066	-43.9184633876	27.6109333032	36.853103005
2	0.71720645565	0.0810881844229	0.092009102439	2.3647564124	0.0656516637484	1.85373178458	0.0670071348005	0.103337327433	-0.0865426023858	0.0198176290256	-0.0699812746484	0.0880695342196	0.285632458626	-0.110351582491	-0.000737254155802	0.384118833032	-0.0168272019309	-0.0084647155559	0.399909031185	-0.0219846730414	0.372474548336	-48.3062015026	0.206572666961	41.617163463
3	0.671835556543	-0.489217314147	-0.500191740759	2.71075487748	0.986897914832	1.75388503834	0.0739302262113	0.158099320772	-0.0203428055386	-0.1371060436	-0.0849593090158	-0.0256805998397	0.170595128991	-0.184527097637	0.0347113024436	0.351122883627	-0.0153410969	-0.0444276551185	0.409810633101	-0.00169661157931	0.351344772383	-45.1913866287	6.18805174829	31.8636259712
4	1.53490712283	-1.51444884762	-0.147355986055	4.08793366813	1.01330946873	1.63162785889	0.184586310836	0.158098928617	0.232862701471	-0.584624172472	0.153585842451	-0.914162730167	-0.030827448872	0.275619330903	-0.332814198099	0.50499514843	-0.0160425628139	0.115800583733	0.505349667343	-0.0734210437834	0.520610798358	-27.4736155796	7.77870188238	20.5112250277
5	0.507728913725	-0.11570170431	0.324926210241	0.990929195589	-0.0296538146878	1.96817577428	0.0805539578831	0.0342818586774	0.123781641549	-0.0661488927246	0.00116603155229	-0.101763084651	0.0417534930939	0.0486452156275	-0.0814874474525	0.348600579226	0.00493243736011	0.0230994266907	0.383776354479	0.00864207527423	0.430094605992	-39.4008516137	23.0534958636	47.0035555666
6	1.49443982002	-1.24643632566	0.247875365469	4.35447036648	0.807203206139	1.30159783503	-0.0938105149754	-0.307164967757	0.0837632763292	0.668762906845	0.156434717147	-0.0265225620416	0.103682666601	0.0822492376785	-0.0512028001498	0.533441488074	-0.0256443575847	-0.00181865260794	0.453225144597	-0.0447940731441	0.406704558998	-37.7950865227	25.2173169721	74.3948169008
7	0.475477602882	-0.00501943865255	-0.245010447482	1.31057546605	0.941550923583	2.6498268606	0.069608692277	-0.0190948010068	0.153167228597	0.110069258413	0.0281121339883	-0.243400835448	-0.0194058263037	0.303440665837	-0.0926613165612	0.338981600247	-0.035819926175	-0.00343194145965	0.3604564378	-0.00758764896629	0.437744026152	-31.0492111516	27.7639623976	57.305419683
8	1.7358712652	-0.427926527409	-0.994676830745	1.40026600426	1.00209404104	4.09756488086	0.085349484545	0.120488387974	0.13187577753	-0.038521517893	-0.237679313906	0.243230608748	-0.45983171648	-0.76493957012	0.129131571054	0.462263108122	0.0864824691654	0.0167338439753	0.462640921141	-0.0669963422364	0.47251462583	-55.6595445736	42.8184568256	59.0916595605

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 90 )	A	A	0 - 90	1 - 91
2	2	chain 'A' and (resid 91 through 257 )	A	A	91 - 257	92 - 258
3	3	chain 'A' and (resid 258 through 367 )	A	A	258 - 367	259 - 364
4	4	chain 'A' and (resid 368 through 470 )	A	A	368 - 470	365 - 467
5	5	chain 'B' and (resid 0 through 159 )	B	B	0 - 159	1 - 160
6	6	chain 'B' and (resid 160 through 197 )	B	B	160 - 197	161 - 198
7	7	chain 'B' and (resid 198 through 332 )	B	B	198 - 332	199 - 329
8	8	chain 'B' and (resid 333 through 470 )	B	B	333 - 470	330 - 467

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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