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- PDB-8dqi: Crystal structure of pyrrolysyl-tRNA synthetase from Methanomethy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dqi
タイトルCrystal structure of pyrrolysyl-tRNA synthetase from Methanomethylophilus alvus engineered for acridone amino acid (RS1) bound to ATP and acridone after 2- weeks of crystal growth
要素AA_TRNA_LIGASE_II domain-containing protein
キーワードLIGASE / Genetic code expansion / Methanomethylophilus alvus / pyrrolysyl-tRNA synthetase / acridone
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoacyl-tRNA ligase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-T7Q / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Gottfried-Lee, I. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A. / Cooley, R.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM131168-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RM1-GM144227 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structures of Methanomethylophilus alvus Pyrrolysine tRNA-Synthetases Support the Need for De Novo Selections When Altering the Substrate Specificity.
著者: Gottfried-Lee, I. / Perona, J.J. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A. / Cooley, R.B.
履歴
登録2022年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: AA_TRNA_LIGASE_II domain-containing protein
A: AA_TRNA_LIGASE_II domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,08712
ポリマ－61,3822
非ポリマー1,70610
水8,467470
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.795, 110.795, 113.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 DA

#1: タンパク質 AA_TRNA_LIGASE_II domain-containing protein


分子量: 30690.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌)
遺伝子: BKD89_05515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G3IHP7

-
非ポリマー , 6種, 480分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-T7Q / (2~{S})-2-azanyl-3-(9-oxidanylidene-10~{H}-acridin-2-yl)propanoic acid / acridone amino acid (RS1)


タイプ: peptide linking / 分子量: 283.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, Sodium citrate tribasic dihydrate, magnesium chloride
PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→45.43 Å / Num. obs: 101122 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 1428963 / Scaling rejects: 71
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.54-1.5714.22.797087649770.3570.7632.8931100
8.44-45.43130.026822663310.0080.02863.998.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6jp2

6jp2


解像度: 1.54→45.43 Å / SU ML: 0.1883 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.668
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1858 5083 5.03 %
Rwork0.1665 96032 -
obs0.1675 101115 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→45.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4056 0 107 470 4633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00964320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08145862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0593652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.11421605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.54-1.560.30681640.29333211X-RAY DIFFRACTION99.97
1.56-1.580.27271660.28413164X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.60.28091630.27413164X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.620.26831900.27733225X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.640.37571750.31943160X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.660.3691450.30263205X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.680.28771810.26963181X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.710.26131750.24853217X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.730.23521620.22653191X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.760.22921820.20853160X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.790.19571510.19313235X-RAY DIFFRACTION99.97
1.79-1.830.21131640.17923215X-RAY DIFFRACTION99.94
1.83-1.860.19321780.17863169X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.18761730.17443203X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.940.18161610.17843209X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.990.22251800.17763162X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.040.18671640.183194X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.090.20431690.15793218X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.150.16961710.15883198X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.220.1741770.15783173X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.30.1791620.14973221X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.390.19411680.15513184X-RAY DIFFRACTION99.97
2.39-2.50.16871680.15613214X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.630.19081660.16073221X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.80.18141730.16123180X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.010.18791740.16383233X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.320.17661770.15563189X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.80.14691720.14343217X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.780.14721640.13173254X-RAY DIFFRACTION100
4.79-45.430.19181680.1733265X-RAY DIFFRACTION99.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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