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- PDB-8dpx: Preligand association structure of DR5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dpx
タイトルPreligand association structure of DR5
要素Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
キーワードAPOPTOSIS / preligand association structure / autoinhibition state
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell ...TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / RIPK1-mediated regulated necrosis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to endoplasmic reticulum stress / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to mechanical stimulus / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of apoptotic process / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. ...: / Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Du, G. / Zhao, L. / Chou, J.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150709 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140887 米国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2023
タイトル: Autoinhibitory structure of preligand association state implicates a new strategy to attain effective DR5 receptor activation.
著者: Du, G. / Zhao, L. / Zheng, Y. / Belfetmi, A. / Cai, T. / Xu, B. / Heyninck, K. / Van Den Heede, K. / Buyse, M.A. / Fontana, P. / Bowman, M. / Lin, L.L. / Wu, H. / Chou, J.J.
履歴
登録2022年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6983
ポリマ－36,6983
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3010 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22770 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B / Death receptor 5 / TNF-related apoptosis-inducing ligand receptor 2 / TRAIL receptor 2 / TRAIL-R2


分子量: 12232.644 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: TNFRSF10B, DR5, KILLER, TRAILR2, TRICK2, ZTNFR9, UNQ160/PRO186
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: O14763

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic112D 1H-15N TROSY-HSQC
121isotropic113D HNCA
131isotropic113D HN(CO)CA
141isotropic113D HN(CA)CO
151isotropic113D HNCO
161isotropic113D HN(CA)CB
181isotropic113D HN(COCA)CB
172isotropic123D 1H-15N NOESY-TROSY
192isotropic143D 1H-15N NOESY-TROSY
1103isotropic143D 1H-15N NOESY-TROSY
1114isotropic1413C-filtered 1H-15N NOESY-TROSY
1123isotropic142D 1H-13C HSQC
1135isotropic123D 1H-15N NOESY-TROSY
1145isotropic123D 1H-13C NOESY aliphatic
1156isotropic122D 1H-15N TROSY-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
bicelle1400 uM [U-100% 15N, U-100% 13C, U-85% 2H] DR5 ectodomain, 4.4 mM DGS-NTA (Ni), 44 mM DMPC, 88 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O(15N,13C, 2H)-labeled DR5-ECD anchored to DMPC-D7PC bicelle with q = 0.5 for triple resonance experiments(15N, 13C, 2H)_sample95% H2O/5% D2O
bicelle2500 uM [U-100% 15N; U-100% 2H] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O(15N,2H)-labeled DR5-ECD anchored to DMPC-D7PC bicelle with q = 0.5 for measuring HN-HN NOEs(15N,2H)_sample95% H2O/5% D2O
bicelle3250 uM [U-100% 15N; U-100% 2H] Isotopically mixed DR5 ectodomain, 250 uM [U-100% 13C] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2OIsotopically mixed DR5-ECD anchored to DMPC-D7PC bicelle with q = 0.5 for measuring intermolecular NOEs using regular 15N-edited NOESYmixed_NOE_sample195% H2O/5% D2O
bicelle4250 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H] Isotopically mixed DR5 ectodomain, 250 uM DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2OIsotopically mixed DR5-ECD anchored to DMPC-D7PC bicelle with q = 0.5 for measuring intermolecular NOEs using 13C-filtered 15N-edited NOESYmixed_NOE_sample295% H2O/5% D2O
bicelle5500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O(15N,13C)-labeled DR5-ECD anchored to DMPC-D7PC bicelle with q = 0.5 for measuring both intra- and inter- molecular NOEs(15N,13C)_sample95% H2O/5% D2O
bicelle6400 uM [U-100% 15N, U-85% 2H] DR5 ectodomain, 4.4 mM DGS-NTA (Ni), 44 mM DMPC, 88 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O(15N,2H)-labeled DR5-ECD anchored to DMPC-D7PC bicelle with q = 0.5 for performing paramagnetic probe titration analysisPPT_sample95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMDR5 ectodomain[U-100% 15N, U-100% 13C, U-85% 2H]1
4.4 mMDGS-NTA (Ni)natural abundance1
44 mMDMPCnatural abundance1
88 mMD7PCnatural abundance1
500 uMDR5 ectodomain[U-100% 15N; U-100% 2H]2
5.5 mMDGS-NTA (Ni)natural abundance2
55 mMDMPCnatural abundance2
110 mMD7PCnatural abundance2
250 uMIsotopically mixed DR5 ectodomain[U-100% 15N; U-100% 2H]3
250 uMDR5 ectodomain[U-100% 13C]3
5.5 mMDGS-NTA (Ni)natural abundance3
55 mMDMPCnatural abundance3
110 mMD7PCnatural abundance3
250 uMIsotopically mixed DR5 ectodomain[U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H]4
250 uMDR5 ectodomainnatural abundance4
5.5 mMDGS-NTA (Ni)natural abundance4
55 mMDMPCnatural abundance4
110 mMD7PCnatural abundance4
500 uMDR5 ectodomain[U-100% 13C; U-100% 15N]5
5.5 mMDGS-NTA (Ni)natural abundance5
55 mMDMPCnatural abundance5
110 mMD7PCnatural abundance5
400 uMDR5 ectodomain[U-100% 15N, U-85% 2H]6
4.4 mMDGS-NTA (Ni)natural abundance6
44 mMDMPCnatural abundance6
88 mMD7PCnatural abundance6
試料状態詳細: Sample condition for structural characterization at 37C
イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 5 / Label: high_temperature / pH: 7.2 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.005 / 温度: 310 K / Temperature err: 1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001cryoprobe
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7002cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.データ解析
CcpNmr AnalysisVersion 2Vranken et alデータ解析
TALOS+Shenデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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