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- PDB-8dpw: The structure of Interleukin-11 Mutein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dpw
タイトルThe structure of Interleukin-11 Mutein
要素Interleukin-11
キーワードCYTOKINE / complex / IL-6 family cytokine
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-11 receptor binding / megakaryocyte differentiation / negative regulation of hormone secretion / interleukin-11-mediated signaling pathway / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / fat cell differentiation / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation ...interleukin-11 receptor binding / megakaryocyte differentiation / negative regulation of hormone secretion / interleukin-11-mediated signaling pathway / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / fat cell differentiation / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-11, mammalian / Interleukin-11 / Interleukin 11 / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Metcalfe, R.D. / Griffin, M.D.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1147621 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of the interleukin 11 signalling complex reveal gp130 dynamics and the inhibitory mechanism of a cytokine variant.
著者: Riley D Metcalfe / Eric Hanssen / Ka Yee Fung / Kaheina Aizel / Clara C Kosasih / Courtney O Zlatic / Larissa Doughty / Craig J Morton / Andrew P Leis / Michael W Parker / Paul R Gooley / ...著者: Riley D Metcalfe / Eric Hanssen / Ka Yee Fung / Kaheina Aizel / Clara C Kosasih / Courtney O Zlatic / Larissa Doughty / Craig J Morton / Andrew P Leis / Michael W Parker / Paul R Gooley / Tracy L Putoczki / Michael D W Griffin /
要旨: Interleukin (IL-)11, an IL-6 family cytokine, has pivotal roles in autoimmune diseases, fibrotic complications, and solid cancers. Despite intense therapeutic targeting efforts, structural ...Interleukin (IL-)11, an IL-6 family cytokine, has pivotal roles in autoimmune diseases, fibrotic complications, and solid cancers. Despite intense therapeutic targeting efforts, structural understanding of IL-11 signalling and mechanistic insights into current inhibitors are lacking. Here we present cryo-EM and crystal structures of the human IL-11 signalling complex, including the complex containing the complete extracellular domains of the shared IL-6 family β-receptor, gp130. We show that complex formation requires conformational reorganisation of IL-11 and that the membrane-proximal domains of gp130 are dynamic. We demonstrate that the cytokine mutant, IL-11 Mutein, competitively inhibits signalling in human cell lines. Structural shifts in IL-11 Mutein underlie inhibition by altering cytokine binding interactions at all three receptor-engaging sites and abrogating the final gp130 binding step. Our results reveal the structural basis of IL-11 signalling, define the molecular mechanisms of an inhibitor, and advance understanding of gp130-containing receptor complexes, with potential applications in therapeutic development.
履歴
登録2022年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3962
ポリマ－18,3001
非ポリマー961
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.230, 37.097, 68.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.306, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-11 / IL-11 / Adipogenesis inhibitory factor / AGIF


分子量: 18300.293 Da / 分子数: 1 / 変異: A58P, M59A, S60I, A61D, G62Y, W147A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P20809
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 27% PEG 3350, 0.1 M bis-tris propane pH 9, 0.2 M ammonium sulfate, 5 mM praseodymium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→37.101 Å / Num. obs: 12637 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 32.06 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 761 / CC1/2: 0.603 / Rpim(I) all: 0.719 / Rrim(I) all: 1.374 / Rsym value: 1.167 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimlessデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MHL

4mhl


解像度: 1.8→33.6 Å / SU ML: 0.2633 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 28.7198
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 590 4.67 %
Rwork0.195 12033 -
obs0.1966 12623 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1290 0 5 71 1366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00281321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63041805
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0307214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2876507
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.980.30191350.27082982X-RAY DIFFRACTION99.94
1.98-2.270.25941500.21012994X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.860.22871440.2042993X-RAY DIFFRACTION99.97
2.86-33.60.21271610.17963064X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.7465929837 Å / Origin y: 7.63166353347 Å / Origin z: -17.8512695497 Å
111213212223313233
T0.206105356824 Å2-0.00290783454012 Å2-0.00569778296405 Å2-0.249400734579 Å20.00966137756472 Å2--0.258882709241 Å2
L0.366938587851 °2-0.0493751570986 °20.268698420724 °2-0.549501056177 °20.643904151039 °2--2.54326388391 °2
S0.0383218017539 Å °0.114727490202 Å °0.068232514095 Å °0.0204408491041 Å °-0.0892693935799 Å °0.0928335761868 Å °-0.0570006552388 Å °0.0332663383181 Å °-1.57960656854E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 31 through 178)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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