PDB-8dpq: Beta-lactamase CTX-M-14 N170A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dpq

タイトル

Beta-lactamase CTX-M-14 N170A

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Beta-lactamase / Antibiotic resistance / Beta-lactam / CTX-M-14

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Lu, S. / Neetu, N. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Mutagenesis and structural analysis reveal the CTX-M beta-lactamase active site is optimized for cephalosporin catalysis and drug resistance.
著者: Lu, S. / Montoya, M. / Hu, L. / Neetu, N. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2022年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dpq.cif.gz	120.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dpq.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dpq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dpq_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dpq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8dpq_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	8dpq_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/8dpq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/8dpq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dodC 8doeC 8donC 8dp4C 8elaC 8elbC 1yltS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.418, 41.418, 230.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-599- HOH
2	1	A-645- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27829.393 Da / 分子数: 1 / 変異: N170A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CTX-M-14 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: H6UQI0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium HEPES pH7.5, 25% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.11 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月28日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→35.4 Å / Num. obs: 27171 / % possible obs: 97.31 % / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.98 Å² / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.671→1.73 Å / Num. unique obs: 2567 / R_rim(I) all: 0.18

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt

解像度: 1.67→35.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 5.256 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23292	1406	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17055	-	-	-
obs	0.17383	25763	97.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.156 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0.02 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.67→35.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1952	0	8	280	2240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.019	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.171	1.968	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.205	3	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.764	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.273	24.5	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.911	15	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.736	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.535	1.809	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.529	52.742	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.983	2.707	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.981	6.358	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.363	2.164	950
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.361	2.164	950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.793	3.133	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.504	1	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.505	1	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.62	3	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	24.489	5	1961

LS精密化シェル

解像度: 1.671→1.714 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	94	-
R_work	0.2	1815	-
obs	-	-	93.58 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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