PDB-8dp4: Beta-lactamase CTX-M-14 T235A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dp4

タイトル

Beta-lactamase CTX-M-14 T235A

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Beta-lactamase / antibiotic resistance / CTX-M-14 / Beta-lactam

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.402 Å

データ登録者

Lu, S. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Mutagenesis and structural analysis reveal the CTX-M beta-lactamase active site is optimized for cephalosporin catalysis and drug resistance.
著者: Lu, S. / Montoya, M. / Hu, L. / Neetu, N. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2022年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dp4.cif.gz	119.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dp4.ent.gz	89.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dp4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dp4_validation.pdf.gz	421.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dp4_full_validation.pdf.gz	422.5 KB	表示
XML形式データ	8dp4_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	8dp4_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/8dp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/8dp4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dodC 8doeC 8donC 8dpqC 8elaC 8elbC 1yltS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.960, 41.960, 260.527
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-456- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27937.490 Da / 分子数: 1 / 変異: T235A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CTX-M-14 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: H6UQI0, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M SPG buffer pH 6, 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.11 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月28日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.402→29.67 Å / Num. obs: 46454 / % possible obs: 97.94 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 13.02 Å² / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.402→1.452 Å / Num. unique obs: 4563 / R_rim(I) all: 0.361 / % possible all: 98.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt

解像度: 1.402→29.67 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	2295	4.94 %
R_work	0.1617	44159	-
obs	0.1627	46454	97.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.75 Å² / B_iso mean: 17.3264 Å² / B_iso min: 8.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.402→29.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1960	0	0	321	2281
B_iso mean	-	-	-	31.46	-
残基数	-	-	-	-	263

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.402-1.4321	0.1957	141	0.1701	2660	98
1.4321-1.4654	0.1763	144	0.166	2762	100
1.4654-1.502	0.18	136	0.1562	2770	100
1.502-1.5426	0.186	144	0.1528	2760	100
1.5426-1.588	0.1698	152	0.1554	2737	100
1.588-1.6393	0.2061	141	0.1581	2784	100
1.6393-1.6979	0.1679	168	0.156	2761	100
1.6979-1.7659	0.1546	116	0.1546	2798	100
1.7659-1.8462	0.1747	148	0.1525	2778	100
1.8462-1.9435	0.1731	136	0.1516	2797	100
1.9435-2.0653	0.1583	140	0.149	2810	100
2.0653-2.2247	0.1808	157	0.1525	2832	100
2.2247-2.4485	0.1818	157	0.1543	2813	99
2.4485-2.8025	0.1697	147	0.1618	2790	97
2.8025-3.53	0.1799	133	0.1675	2693	92
3.53-29.67	0.2094	135	0.1798	2614	83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3503	-0.3249	0.4607	1.6953	-0.8288	1.8332	-0.0868	0.0351	0.2892	-0.0455	0.0551	-0.1937	-0.1466	0.0719	0.1009	0.1044	-0.022	0.0007	0.1302	-0.0011	0.1697	0.02	13.2062	-19.0813
2	0.4872	0.0474	0.158	1.0017	-0.2685	0.3733	-0.0041	-0.024	0.0718	0.036	-0.0055	0.0526	-0.0358	-0.0196	0.0003	0.0951	-0.0017	-0.0018	0.14	0.0064	0.0876	-12.5583	2.7771	-12.6628
3	2.1237	0.3801	0.5218	1.8811	0.3429	4.33	0.0997	-0.3098	-0.1897	0.1743	0.1312	0.1708	0.4389	-0.3643	-0.1544	0.1502	-0.0171	-0.0043	0.2087	0.0246	0.2015	-28.9075	-15.7339	-17.1562
4	2.6857	0.412	0.6063	1.6096	0.2734	2.4286	0.0073	0.2168	0.0229	-0.2237	0.0364	-0.0208	0.082	0.0254	-0.0738	0.1345	0.004	-0.0092	0.1527	-0.0018	0.1317	-23.2344	-12.5315	-26.7487
5	0.6699	0.1627	0.2519	0.9808	0.4017	1.2595	0.0064	0.0246	-0.0713	0.0107	0.0405	0.0033	-0.0154	0.0192	-0.0128	0.0775	-0.0025	-0.0006	0.1416	0.0122	0.1002	-24.3525	-3.3718	-16.3167
6	1.2679	0.0827	0.51	1.0427	-0.3642	0.4214	-0.0657	0.095	0.082	-0.0596	0.0122	0.0348	0.0059	-0.009	0.0103	0.1037	-0.0017	0.0005	0.1572	0.0122	0.1311	-22.6902	8.0362	-19.383
7	0.552	-0.7444	0.0365	2.3863	-0.5516	0.2027	-0.025	-0.0615	0.0274	0.1574	0.0313	-0.0336	-0.0346	-0.0103	-0.0077	0.0985	-0.0037	-0.0106	0.1366	0.0147	0.1164	-11.2381	3.4026	-9.7752
8	0.4722	0.131	0.0006	0.3939	-0.0166	0.381	-0.0179	0.0712	-0.0242	-0.0325	0.0253	-0.0245	0.0353	-0.0168	0.0032	0.0738	0.0047	-0.0062	0.1281	0.0072	0.0974	-7.622	-5.1545	-17.8376
9	2.2543	-1.2177	1.3997	1.3477	-1.2061	1.8436	-0.017	0.2061	0.0334	-0.014	-0.0026	0.0082	-0.1088	0.0946	0.0024	0.0719	-0.0092	-0.0008	0.1296	0.0235	0.0987	-5.6479	5.5311	-22.8638
10	1.8857	0.3476	1.5663	0.0563	0.2877	1.2984	0.0391	0.085	0.0906	0.0607	0.0135	-0.0911	-0.0511	0.1782	-0.0068	0.0814	-0.0047	0.0037	0.1431	0.0129	0.1176	2.3754	4.9317	-22.5933

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 50 )	A	26 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 85 )	A	51 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 101 )	A	86 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102 through 128 )	A	102 - 128
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 129 through 155 )	A	129 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 179 )	A	156 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 180 through 194 )	A	180 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 195 through 251 )	A	195 - 251
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 252 through 275 )	A	252 - 275
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 276 through 290 )	A	276 - 290

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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