PDB-8dod: Beta-lactamase CTX-M-14 S130A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dod

タイトル

Beta-lactamase CTX-M-14 S130A

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Beta-lactamase / CTX-M-14 / mutation / B-lactam / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Lu, S. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Mutagenesis and structural analysis reveal the CTX-M beta-lactamase active site is optimized for cephalosporin catalysis and drug resistance.
著者: Lu, S. / Montoya, M. / Hu, L. / Neetu, N. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2022年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dod.cif.gz	161.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dod.ent.gz	126.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dod_validation.pdf.gz	430.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dod_full_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示
XML形式データ	8dod_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	8dod_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8dod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8dod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8doeC 8donC 8dp4C 8dpqC 8elaC 8elbC 1yltS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.490, 41.490, 230.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27967.516 Da / 分子数: 1 / 変異: S130A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CTX-M-14 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: H6UQI0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% (W/V) PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.11 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月11日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→35.504 Å / Num. obs: 62179 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 17.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.0143 / R_rim(I) all: 0.02023 / Net I/σ(I): 20.94
反射シェル	解像度: 1.61→1.668 Å / R_merge(I) obs: 0.0634 / Num. unique obs: 6092 / R_rim(I) all: 0.09381 / % possible all: 99.25

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt

解像度: 1.61→35.504 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2587	2004	6.45 %
R_work	0.2218	29080	-
obs	0.2242	31084	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.76 Å² / B_iso mean: 33.0089 Å² / B_iso min: 10.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.61→35.504 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1963	0	0	207	2170
B_iso mean	-	-	-	33.78	-
残基数	-	-	-	-	263

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6101-1.6503	0.39	140	0.3017	2029	99
1.6503-1.6949	0.3268	138	0.2811	1987	99
1.6949-1.7448	0.3705	140	0.2798	2067	99
1.7448-1.8011	0.3247	144	0.2605	2067	99
1.8011-1.8655	0.2972	139	0.2651	1991	99
1.8655-1.9402	0.2813	144	0.2553	2061	100
1.9402-2.0285	0.3106	144	0.2552	2029	100
2.0285-2.1354	0.2885	135	0.2474	2079	100
2.1354-2.2692	0.2598	141	0.2357	2069	100
2.2692-2.4444	0.2724	145	0.232	2109	100
2.4444-2.6903	0.2588	138	0.2185	2070	100
2.6903-3.0794	0.2318	148	0.2102	2118	100
3.0794-3.8789	0.2254	148	0.1932	2143	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8435	0.1437	-0.216	0.1562	-0.2012	1.5489	0.1044	0.0985	-0.2042	-0.1013	0.0422	0.0033	0.7877	-0.0125	-0.1242	0.716	0.1467	-0.1522	0.2757	-0.0196	0.1739	3.5389	-16.3927	-31.2385
2	1.6763	-0.4879	-0.6373	1.4688	-0.419	2.5171	0.1697	-0.0186	-0.2892	-0.1195	-0.074	0.0999	0.8069	-0.4765	0.0276	0.2586	-0.0796	-0.0965	0.2469	0.0275	0.1911	-5.1541	-9.9726	-16.3963
3	3.2414	1.3919	-0.9612	1.8138	-0.5229	0.8962	0.1062	-0.2768	0.1906	0.2103	-0.0506	0.291	-0.1434	-0.4072	-0.0845	0.2234	0.0532	0.0786	0.5492	0.0254	0.2792	-12.1513	11.0298	-4.9073
4	0.7097	-0.1127	-0.09	0.5726	0.0337	0.3414	0.0189	-0.0685	0.2366	-0.0095	0.0164	-0.0496	-0.2826	-0.2457	-0.035	0.2459	0.1687	0.0481	0.2853	0.0634	0.2277	-7.027	12.5342	-14.6342
5	0.7538	-0.2195	-0.0228	1.0802	0.3301	1.8915	0.1349	0.0677	0.0833	-0.0099	0.106	-0.1244	0.2945	-0.0632	-0.1712	0.1094	-0.003	-0.0266	0.1461	0.0207	0.1511	0.8541	-2.399	-9.2969
6	2.0389	-0.1804	0.0261	0.6695	0.0749	0.1733	-0.0483	0.0544	-0.2123	0.0125	0.032	0.0992	0.3174	-0.212	-0.0045	0.4736	-0.1961	-0.0523	0.2532	0.0321	0.1811	-6.0975	-13.0818	-16.7228
7	0.3702	-0.203	0.0822	0.1158	-0.0287	0.0774	0.0326	-0.0302	-0.108	0.0338	-0.0081	0.108	0.1098	-0.2644	-0.0636	0.2086	-0.2666	-0.0715	0.7951	0.0698	0.2238	-18.0783	-4.6798	-15.6966
8	0.6236	-0.4411	-0.4309	1.1929	-0.2876	0.6949	-0.0469	0.1531	0.0044	-0.1082	0.1357	0.2032	0.0535	-0.5264	-0.0176	0.1362	-0.0231	-0.0286	0.3333	0.0454	0.1584	-9.139	-2.8149	-31.954
9	1.1873	0.083	0.5002	0.5861	-0.1809	0.9564	0.0553	0.2049	-0.1105	-0.0792	0.1354	0.0302	0.4186	-0.0884	-0.1213	0.1307	-0.0457	-0.033	0.349	-0.0103	0.1785	-1.0765	-5.5373	-26.189
10	2.6161	0.2035	0.0788	2.6121	0.4804	2.5277	0.1458	0.2408	-0.2328	-0.1995	0.1002	0.1266	0.6424	-0.3994	-0.1425	0.3743	-0.055	-0.0712	0.2235	0.0105	0.1638	-2.4548	-10.4338	-34.7005

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 50 )	A	26 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 86 )	A	51 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 101 )	A	87 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102 through 129 )	A	102 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 130 through 179 )	A	130 - 179
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 180 through 194 )	A	180 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 195 through 212 )	A	195 - 212
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 213 through 229 )	A	213 - 229
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 230 through 275 )	A	230 - 275
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 276 through 290 )	A	276 - 290

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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