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- PDB-8dod: Beta-lactamase CTX-M-14 S130A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dod
タイトルBeta-lactamase CTX-M-14 S130A
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Beta-lactamase / CTX-M-14 / mutation / B-lactam / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Lu, S. / Palzkill, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Mutagenesis and structural analysis reveal the CTX-M beta-lactamase active site is optimized for cephalosporin catalysis and drug resistance.
著者: Lu, S. / Montoya, M. / Hu, L. / Neetu, N. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
履歴
登録2022年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0072
ポリマ－27,9681
非ポリマー391
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.490, 41.490, 230.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27967.516 Da / 分子数: 1 / 変異: S130A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CTX-M-14
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: H6UQI0, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% (W/V) PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月11日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→35.504 Å / Num. obs: 62179 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0143 / Rrim(I) all: 0.02023 / Net I/σ(I): 20.94
反射 シェル解像度: 1.61→1.668 Å / Rmerge(I) obs: 0.0634 / Num. unique obs: 6092 / Rrim(I) all: 0.09381 / % possible all: 99.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt


解像度: 1.61→35.504 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 2004 6.45 %
Rwork0.2218 29080 -
obs0.2242 31084 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.76 Å2 / Biso mean: 33.0089 Å2 / Biso min: 10.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.61→35.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1963 0 0 207 2170
Biso mean---33.78 -
残基数----263
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6101-1.65030.391400.3017202999
1.6503-1.69490.32681380.2811198799
1.6949-1.74480.37051400.2798206799
1.7448-1.80110.32471440.2605206799
1.8011-1.86550.29721390.2651199199
1.8655-1.94020.28131440.25532061100
1.9402-2.02850.31061440.25522029100
2.0285-2.13540.28851350.24742079100
2.1354-2.26920.25981410.23572069100
2.2692-2.44440.27241450.2322109100
2.4444-2.69030.25881380.21852070100
2.6903-3.07940.23181480.21022118100
3.0794-3.87890.22541480.1932214399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84350.1437-0.2160.1562-0.20121.54890.10440.0985-0.2042-0.10130.04220.00330.7877-0.0125-0.12420.7160.1467-0.15220.2757-0.01960.17393.5389-16.3927-31.2385
21.6763-0.4879-0.63731.4688-0.4192.51710.1697-0.0186-0.2892-0.1195-0.0740.09990.8069-0.47650.02760.2586-0.0796-0.09650.24690.02750.1911-5.1541-9.9726-16.3963
33.24141.3919-0.96121.8138-0.52290.89620.1062-0.27680.19060.2103-0.05060.291-0.1434-0.4072-0.08450.22340.05320.07860.54920.02540.2792-12.151311.0298-4.9073
40.7097-0.1127-0.090.57260.03370.34140.0189-0.06850.2366-0.00950.0164-0.0496-0.2826-0.2457-0.0350.24590.16870.04810.28530.06340.2277-7.02712.5342-14.6342
50.7538-0.2195-0.02281.08020.33011.89150.13490.06770.0833-0.00990.106-0.12440.2945-0.0632-0.17120.1094-0.003-0.02660.14610.02070.15110.8541-2.399-9.2969
62.0389-0.18040.02610.66950.07490.1733-0.04830.0544-0.21230.01250.0320.09920.3174-0.212-0.00450.4736-0.1961-0.05230.25320.03210.1811-6.0975-13.0818-16.7228
70.3702-0.2030.08220.1158-0.02870.07740.0326-0.0302-0.1080.0338-0.00810.1080.1098-0.2644-0.06360.2086-0.2666-0.07150.79510.06980.2238-18.0783-4.6798-15.6966
80.6236-0.4411-0.43091.1929-0.28760.6949-0.04690.15310.0044-0.10820.13570.20320.0535-0.5264-0.01760.1362-0.0231-0.02860.33330.04540.1584-9.139-2.8149-31.954
91.18730.0830.50020.5861-0.18090.95640.05530.2049-0.1105-0.07920.13540.03020.4186-0.0884-0.12130.1307-0.0457-0.0330.349-0.01030.1785-1.0765-5.5373-26.189
102.61610.20350.07882.61210.48042.52770.14580.2408-0.2328-0.19950.10020.12660.6424-0.3994-0.14250.3743-0.055-0.07120.22350.01050.1638-2.4548-10.4338-34.7005
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 50 )A26 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 86 )A51 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 87 through 101 )A87 - 101
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 102 through 129 )A102 - 129
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 130 through 179 )A130 - 179
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 180 through 194 )A180 - 194
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 195 through 212 )A195 - 212
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 213 through 229 )A213 - 229
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 230 through 275 )A230 - 275
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 276 through 290 )A276 - 290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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