PDB-8dmr: Legionella macrodomain effector MavL R370A in complex with ADP-ribose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dmr

タイトル

Legionella macrodomain effector MavL R370A in complex with ADP-ribose

要素

MavL

キーワード

ANTITOXIN / Complex / Macrodomain / Metaeffector

機能・相同性

Chem-AR6 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Zhang, Z. / Das, C.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01GM126296	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	T32AI148103	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Legionella metaeffector MavL reverses ubiquitin ADP-ribosylation via a conserved arginine-specific macrodomain.
著者: Zhang, Z. / Fu, J. / Rack, J.G.M. / Li, C. / Voorneveld, J. / Filippov, D.V. / Ahel, I. / Luo, Z.Q. / Das, C.

履歴

登録	2022年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dmr.cif.gz	274.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dmr.ent.gz	183.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	8dmr_full_validation.pdf.gz	777 KB	表示
XML形式データ	8dmr_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	8dmr_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/8dmr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/8dmr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dmpC 8dmqC 8dmsC 8dmtC 8dmuC 6omiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MavL

ヘテロ分子

45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.557, 95.557, 54.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁
Space group name Hall	P4w
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+1/4 #3: y,-x,z+3/4 #4: -x,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	MavL 分子量: 44094.547 Da / 分子数: 1 / 変異: R370A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSJ1

-
非ポリマー , 6種, 304分子

#2: 化合物	ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose 分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→42.21 Å / Num. obs: 41115 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 34.85 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 23.61
反射シェル	解像度: 1.86→1.927 Å / Num. unique obs: 4087 / CC_1/2: 0.781

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6OMI

6omi

解像度: 1.86→42.21 Å / SU ML: 0.1787 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.2849
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1798	2031	4.94 %
R_work	0.1506	39043	-
obs	0.152	41074	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→42.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2859	0	57	298	3214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2995
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2192	4075
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0616	444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1539	434

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.9	0.2804	122	0.2392	2558	X-RAY DIFFRACTION	98.24
1.9-1.95	0.2201	149	0.2071	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.95-2	0.237	159	0.212	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.2251	112	0.1858	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.06-2.13	0.2007	135	0.1746	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.13-2.2	0.2364	132	0.172	2553	X-RAY DIFFRACTION	98.71
2.2-2.29	0.1988	138	0.1651	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.29-2.4	0.2094	154	0.1612	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.52	0.2213	113	0.1649	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.52-2.68	0.2129	166	0.164	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.68-2.89	0.1852	121	0.17	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.89-3.18	0.2064	126	0.1653	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.42
3.18-3.64	0.1823	117	0.1405	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.64-4.58	0.1313	155	0.1145	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.6
4.58-42.21	0.1495	132	0.1373	2685	X-RAY DIFFRACTION	98.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7600447953	-1.31926844435	-0.478771541185	2.56505662492	0.421769945822	2.99468849407	0.0742909187354	-0.261923634106	0.267929393295	0.0953120945689	0.331217708543	-0.610457439544	0.21165677098	0.520270991427	-0.342071129601	0.257248626315	0.0162169856311	-0.0460818197633	0.280241397123	-0.130713672687	0.457022958431	14.9216495559	33.2311807589	-2.30790362744
2	3.09693463127	-1.02777880141	-0.0675950468984	2.9655828372	0.704314914114	2.44206000743	0.0617713474081	0.138889929597	-0.0471176367623	-0.12551719647	0.075842958093	-0.284205592021	0.299765719664	0.0827986416345	-0.145842068887	0.329078137306	-0.00243526403579	-0.0083510261073	0.211406028527	-0.030619988416	0.236465311559	5.2078139725	26.4782436456	-6.83253535546
3	2.52172560912	0.422424305138	-0.216010100556	2.26874771168	0.454353079192	2.26783643319	0.142993684264	-0.196429250984	-0.317337145965	0.71572019482	0.15844559076	-0.222028474224	1.05674753393	0.239753199482	-0.263924113678	0.631557967201	0.0684308216821	-0.108654862934	0.255846685913	0.00360125671037	0.345166284556	3.12284010649	20.4513934726	11.54762261
4	2.04840464958	-0.759209314178	0.117596834461	4.8499874297	-0.332537050721	2.79461177065	-0.00802659522266	-0.042370159788	0.0643007147851	0.0868502327824	0.0600767935562	-0.103249467091	0.0699501167545	-0.192890394741	-0.0407300039212	0.235304569914	-0.00541182722446	0.00121862867491	0.243054124379	-0.0300311811417	0.20582315829	-3.31269128659	35.9067621206	4.92041525788
5	2.71049474026	0.350738786688	-0.0303466131531	5.29767495564	-0.479094771963	3.73232581723	0.0402198269684	-0.164280691966	0.0657943337034	0.297478237461	0.0193526106339	-0.0216139819678	-0.0199778769019	-0.228768280142	-0.0493949795436	0.259641249113	0.0246163763375	0.0148043990699	0.28380198795	-0.0213897727107	0.253646847232	-6.61743194655	40.3461019855	10.152481171
6	1.43881351639	-1.00088382014	-0.523689599139	3.32623441716	0.958603003549	2.56362309503	0.0769785666851	0.112718027983	0.0184397564781	0.0763984821214	-0.129236282574	0.488955626855	0.0101588553188	-0.63713335818	0.0720116899868	0.233667241763	-0.0271100123953	0.000177717443513	0.349975067751	0.00712436339657	0.316816219953	-13.1195769019	37.0132847486	2.17636869106
7	4.23804572535	-0.320785614239	-0.652147918267	3.59506444273	-0.354267226701	3.55698548241	0.0416351019081	0.582743781904	-0.185206201794	-0.584972268689	-0.129990230876	0.334208151813	0.234932915493	-0.450334822015	0.0982658347052	0.419349233547	-0.0427138480849	-0.0869692501354	0.400795659549	-0.0534147964721	0.29626884723	-10.0657238662	26.6761115395	-16.2215622161
8	4.33177482532	-1.27515498937	-0.8708694705	3.24109295535	0.913905286566	4.59859464503	0.157071450091	0.307134532571	0.0432114897773	-0.449887187819	0.334838082435	-0.69740451651	0.0283426412134	0.380262810821	-0.448626065137	0.33542854409	0.0470702094963	0.0794231618819	0.159784441842	0.0869244348635	0.255492526176	6.54898763848	32.4864925615	-10.7939383732

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 37 through 64 )	37 - 64	1 - 28
2	2	chain 'A' and (resid 65 through 160 )	65 - 160	29 - 125
3	3	chain 'A' and (resid 161 through 185 )	161 - 185	126 - 150
4	4	chain 'A' and (resid 186 through 235 )	186 - 235	151 - 200
5	5	chain 'A' and (resid 236 through 263 )	236 - 263	201 - 228
6	6	chain 'A' and (resid 264 through 321 )	264 - 321	229 - 286
7	7	chain 'A' and (resid 322 through 369 )	322 - 369	287 - 334
8	8	chain 'A' and (resid 370 through 409 )	370 - 409	335 - 374

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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