PDB-8dml: Vibrio parahaemolyticus VtrA/VtrC complex bound to the bile salt ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dml

タイトル

Vibrio parahaemolyticus VtrA/VtrC complex bound to the bile salt chenodeoxycholate

要素

VtrA
VtrC

キーワード

SIGNALING PROTEIN / heterodimer / alpha/beta / calycin beta barrel superfamily / bile salt receptor / chenodeoxycholate

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

Model details

The C-terminal periplasmic domain of VtrA extends from residue 160 to 253. The C-terminal ...

データ登録者

Tomchick, D.R. / Orth, K. / Zou, A.J.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	130305	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1561	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	S10OD025018	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants for differential activation of the bile acid receptor from the pathogen Vibrio parahaemolyticus.
著者: Zou, A.J. / Kinch, L. / Chimalapati, S. / Garcia, N. / Tomchick, D.R. / Orth, K.

履歴

登録	2022年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dml.cif.gz	672.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dml.ent.gz	468.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dml_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dml_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8dml_validation.xml.gz	38.7 KB	表示
CIF形式データ	8dml_validation.cif.gz	51.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/8dml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/8dml	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5kewS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VtrA

B: VtrC

C: VtrA

D: VtrC

E: VtrA

F: VtrC

G: VtrA

H: VtrC

ヘテロ分子

115 kDa, 8 ポリマー
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1

A: VtrA

B: VtrC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology
28.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: VtrA

D: VtrC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, immunoprecipitation
28.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: VtrA

F: VtrC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology
28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: VtrA

H: VtrC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology
28.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	142.603, 41.763, 168.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.570, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質	VtrA 分子量: 10982.484 Da / 分子数: 4 / 断片: VtrA C-terminal periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VPA1332 / プラスミド: pACYCDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87GI4
#2: タンパク質	VtrC 分子量: 16918.775 Da / 分子数: 4 / 断片: VtrC C-terminal periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VPA1333 / プラスミド: pACYCDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87GI3

-
非ポリマー , 5種, 280分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-JN3 / CHENODEOXYCHOLIC ACID / (3ALPHA,5ALPHA,7BETA,8ALPHA,17ALPHA)-3,7-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / ケノデオキシコ-ル酸分子量: 392.572 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.41 % / Mosaicity: 0.319 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M calcium chloride, 10 mM Tris, 10 mM sodium chloride, 0.5 mM chenodeoxycholine, 35% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月16日 / 詳細: monochromator

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 57573 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.101 / Χ²: 0.899 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 193410

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.08-2.12	1.7	0.272	2115	0.876	0.224	0.354	0.926	70.4
2.12-2.15	1.8	0.248	2424	0.888	0.193	0.316	0.935	81.5
2.15-2.2	1.9	0.257	2648	0.887	0.197	0.325	0.963	86.5
2.2-2.24	2.1	0.254	2746	0.923	0.189	0.319	0.93	92.1
2.24-2.29	2.3	0.287	2827	0.891	0.205	0.355	0.96	93.7
2.29-2.34	2.6	0.3	2888	0.883	0.207	0.367	0.932	95.3
2.34-2.4	2.8	0.265	2881	0.933	0.177	0.321	0.918	95.6
2.4-2.47	3.1	0.255	2883	0.931	0.165	0.306	0.917	94.7
2.47-2.54	3.5	0.248	2955	0.935	0.152	0.292	0.932	99.3
2.54-2.62	3.8	0.254	3030	0.947	0.151	0.297	0.931	98.2
2.62-2.71	3.9	0.241	2940	0.945	0.14	0.28	0.921	98.1
2.71-2.82	3.9	0.212	2986	0.954	0.122	0.246	0.926	98.8
2.82-2.95	3.8	0.186	2965	0.962	0.107	0.215	0.914	96.7
2.95-3.11	4.2	0.157	2991	0.978	0.087	0.18	0.877	98.6
3.11-3.3	4.4	0.118	2996	0.988	0.063	0.135	0.862	99
3.3-3.56	4.3	0.086	3044	0.993	0.046	0.098	0.883	98.5
3.56-3.91	4	0.068	2967	0.993	0.038	0.078	0.876	97.4
3.91-4.48	4.3	0.05	3074	0.996	0.027	0.058	0.911	99.4
4.48-5.64	4	0.044	3054	0.997	0.024	0.051	0.885	98.4
5.64-50	3.9	0.04	3159	0.998	0.022	0.046	0.786	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KEW

5kew

解像度: 2.08→44.78 Å / SU ML: 0.2266 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.0728
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2236	2007	3.7 %
R_work	0.1882	52297	-
obs	0.1896	54304	88.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→44.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7365	0	200	261	7826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0104	7735
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7753	10463
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0628	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	1303
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8392	2882

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.13	0.2329	77	0.2271	2054	X-RAY DIFFRACTION	49.59
2.13-2.18	0.2387	107	0.2202	2737	X-RAY DIFFRACTION	65.32
2.18-2.25	0.271	122	0.2131	3098	X-RAY DIFFRACTION	75.25
2.25-2.32	0.2534	130	0.2134	3517	X-RAY DIFFRACTION	83.36
2.32-2.4	0.2488	146	0.2135	3701	X-RAY DIFFRACTION	90.37
2.4-2.5	0.2619	153	0.2079	3923	X-RAY DIFFRACTION	93.72
2.5-2.61	0.2659	162	0.2019	4112	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.61-2.75	0.2267	150	0.189	4107	X-RAY DIFFRACTION	97.82
2.75-2.92	0.2288	157	0.1889	4057	X-RAY DIFFRACTION	98
2.93-3.15	0.2442	163	0.1945	4154	X-RAY DIFFRACTION	98.29
3.15-3.47	0.2165	155	0.1768	4168	X-RAY DIFFRACTION	98.65
3.47-3.97	0.1926	159	0.1732	4126	X-RAY DIFFRACTION	97.79
3.97-5	0.1887	161	0.1516	4233	X-RAY DIFFRACTION	99.14
5-44.78	0.2298	165	0.2122	4310	X-RAY DIFFRACTION	97.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.49963795375	-0.364365989821	0.842912434331	1.84069970907	1.1181264938	4.19361776065	0.220073152715	-0.380055951004	0.0590820611134	0.400825011082	-0.0998349984585	-0.16738885654	-0.0692080287442	0.12745526339	-0.0428824852583	0.193842560053	-0.0158422615783	0.00960480201192	0.124006850952	0.0223208082349	0.119531026585	37.6621461517	-5.60466421695	37.4065071395
2	2.04930411337	-1.05227942885	1.0480572408	2.90922546156	-4.13473326378	6.02549618017	-0.180166144235	-0.125781955066	0.351118218733	0.609399721072	-0.222386869736	-0.820436738189	-0.569367589785	0.338797197293	0.371146746605	0.140025317806	-0.0271512257419	-0.050037126435	0.170492174869	-0.00372193496786	0.186787470291	44.9165015317	1.07190661241	34.0378027662
3	3.77042855044	-0.758614942858	-0.378746173387	5.68688548816	-0.380417879298	4.06814026497	-0.0287439626293	-0.0133207199374	-0.0765900594288	0.269869188452	0.0349226713128	0.0932298330003	0.0772776039475	0.0726599344601	-0.0127241069172	0.0731040592434	-0.0471037522462	-0.0288944755893	0.088887920797	-0.00194576601578	0.129218982914	36.3803918803	-3.26216575466	28.3154508501
4	2.89111926619	-3.05998918038	-0.952108776695	4.50944182514	1.08130433019	1.3798014714	-0.0021300069299	0.100180616961	0.268161582567	-0.222714181878	-0.00793258516032	-0.00310811932614	-0.0133503899187	-0.0949175462119	-0.0822637404495	0.144413414719	0.0185660737411	-0.0257458027785	0.0235311008411	0.0259428793723	0.406474432155	30.5420653332	-2.77446686838	22.367947398
5	4.47009761222	-0.991953539992	-0.437826578976	6.50064416662	-2.27206762174	4.13172492643	0.210569387647	0.0757934333899	-0.970311537355	-0.339987608705	-0.013117084486	-0.0736576793635	0.866069949724	0.322647252923	-0.446999185927	0.383793098836	0.112190514835	-0.227617377886	0.250205216379	0.00357998216076	0.804817422837	50.3696281963	-12.6652692152	25.2117259912
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9	9	chain 'B' and (resid 77 through 109 )	B	C	77 - 109	49 - 81
10	10	chain 'B' and (resid 110 through 121 )	B	C	110 - 121	82 - 93
11	11	chain 'B' and (resid 122 through 131 )	B	C	122 - 131	94 - 103
12	12	chain 'B' and (resid 132 through 153 )	B	C	132 - 153	104 - 125
13	13	chain 'B' and (resid 154 through 161 )	B	C	154 - 161	126 - 133
14	14	chain 'C' and (resid 164 through 168 )	C	J	164 - 168	1 - 5
15	15	chain 'C' and (resid 169 through 199 )	C	J	169 - 199	6 - 36
16	16	chain 'C' and (resid 200 through 212 )	C	J	200 - 212	37 - 49
17	17	chain 'C' and (resid 213 through 226 )	C	J	213 - 226	50 - 63
18	18	chain 'C' and (resid 227 through 253 )	C	J	227 - 253	64 - 90
19	19	chain 'D' and (resid 29 through 42 )	D	L	29 - 42	1 - 14
20	20	chain 'D' and (resid 43 through 76 )	D	L	43 - 76	15 - 48
21	21	chain 'D' and (resid 77 through 109 )	D	L	77 - 109	49 - 81
22	22	chain 'D' and (resid 110 through 139 )	D	L	110 - 139	82 - 111
23	23	chain 'D' and (resid 140 through 161 )	D	L	140 - 161	112 - 133
24	24	chain 'E' and (resid 165 through 182 )	E	R	165 - 182	1 - 18
25	25	chain 'E' and (resid 183 through 205 )	E	R	183 - 205	19 - 41
26	26	chain 'E' and (resid 206 through 226 )	E	R	206 - 226	42 - 62
27	27	chain 'E' and (resid 227 through 253 )	E	R	227 - 253	63 - 89
28	28	chain 'F' and (resid 30 through 42 )	F	S	30 - 42	1 - 13
29	29	chain 'F' and (resid 43 through 73 )	F	S	43 - 73	14 - 44
30	30	chain 'F' and (resid 74 through 79 )	F	S	74 - 79	45 - 50
31	31	chain 'F' and (resid 80 through 109 )	F	S	80 - 109	51 - 80
32	32	chain 'F' and (resid 110 through 121 )	F	S	110 - 121	81 - 92
33	33	chain 'F' and (resid 122 through 132 )	F	S	122 - 132	93 - 103
34	34	chain 'F' and (resid 133 through 161 )	F	S	133 - 161	104 - 132
35	35	chain 'G' and (resid 165 through 182 )	G	W	165 - 182	1 - 18
36	36	chain 'G' and (resid 183 through 200 )	G	W	183 - 200	19 - 36
37	37	chain 'G' and (resid 201 through 214 )	G	W	201 - 214	37 - 50
38	38	chain 'G' and (resid 215 through 221 )	G	W	215 - 221	51 - 57
39	39	chain 'G' and (resid 222 through 226 )	G	W	222 - 226	58 - 62
40	40	chain 'G' and (resid 227 through 233 )	G	W	227 - 233	63 - 69
41	41	chain 'G' and (resid 234 through 239 )	G	W	234 - 239	70 - 75
42	42	chain 'G' and (resid 240 through 253 )	G	W	240 - 253	76 - 89
43	43	chain 'H' and (resid 30 through 59 )	H	X	30 - 59	1 - 30
44	44	chain 'H' and (resid 60 through 109 )	H	X	60 - 109	31 - 80
45	45	chain 'H' and (resid 110 through 134 )	H	X	110 - 134	81 - 105
46	46	chain 'H' and (resid 135 through 161 )	H	X	135 - 161	106 - 132

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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