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万見
- PDB-8dle: Crosslinked Crystal Structure of the 8-amino-7-oxonanoate synthas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dle
タイトルCrosslinked Crystal Structure of the 8-amino-7-oxonanoate synthase, BioF, and Benzene Sulfonyl Fluoride-crypto Acyl Carrier Protein, BSF-ACP
要素
  • 8-amino-7-oxononanoate synthase
  • Acyl carrier protein
キーワードTRANSFERASE / BioF / AONS / crosslinking / ACP / complex / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


8-amino-7-oxononanoate synthase / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / pyridoxal phosphate binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
8-amino-7-oxononanoate synthase, Proteobacteria / 8-amino-7-oxononanoate synthase, Archaea/Proteobacteria type / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Acyl carrier protein (ACP) ...8-amino-7-oxononanoate synthase, Proteobacteria / 8-amino-7-oxononanoate synthase, Archaea/Proteobacteria type / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Chem-SWC / Acyl carrier protein / 8-amino-7-oxononanoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, A. / Davis, T.D. / Louie, G.V. / Bowman, M.E. / Noel, J.P. / Burkart, M.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095970 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Visualizing the Interface of Biotin and Fatty Acid Biosynthesis through SuFEx Probes.
著者: Chen, A. / Re, R.N. / Davis, T.D. / Tran, K. / Moriuchi, Y.W. / Wu, S. / La Clair, J.J. / Louie, G.V. / Bowman, M.E. / Clarke, D.J. / Mackay, C.L. / Campopiano, D.J. / Noel, J.P. / Burkart, M.D.
履歴
登録2022年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5759
ポリマ－51,3582
非ポリマー1,2177
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.490, 162.310, 70.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-529-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 8-amino-7-oxononanoate synthase / AONS / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8-amino-7- ...AONS / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8-amino-7-ketopelargonate synthase


分子量: 42712.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bioF, bioF_1, bioF_2 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J7QD78, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP


分子量: 8645.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7MJ81

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非ポリマー , 5種, 97分子

#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-SWC / N-{(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-[(trihydroxy-lambda~5~-phosphanyl)oxy]butanoyl}-beta-alanyl-N-(2-{4-[fluoro(dihydroxy)-lambda~4~-sulfanyl]phenyl}ethyl)-beta-alaninamide


分子量: 557.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H33FN3O10PS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→53.57 Å / Num. obs: 20184 / % possible obs: 81.05 % / 冗長度: 1.8598 % / Biso Wilson estimate: 33.94 Å2 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08077 / Rpim(I) all: 0.08077 / Rrim(I) all: 0.1142 / Net I/σ(I): 7.37
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 1.8586 % / Rmerge(I) obs: 0.7681 / Mean I/σ(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 1669 / CC1/2: 0.316 / CC star: 0.693 / Rpim(I) all: 0.7681 / Rrim(I) all: 1.086 / % possible all: 69.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BS0, 2FAD

1bs0

2fad


解像度: 2.3→53.57 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2459 1045 5.23 %
Rwork0.2031 18945 -
obs0.2053 19990 81.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.78 Å2 / Biso mean: 56.6519 Å2 / Biso min: 16.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→53.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3497 0 73 90 3660
Biso mean--85.26 35.9 -
残基数----457
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.420.32531210.32442289241070
2.42-2.570.3251540.2972289244370
2.57-2.770.32831290.27012377250672
2.77-3.050.34781210.25392347246871
3.05-3.490.23221430.20952820296384
3.49-4.40.22511750.161633553530100
4.4-53.570.19422020.16653468367099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30110.3707-0.57652.2115-1.72071.66080.0196-0.30380.10020.4265-0.1116-0.3876-0.25490.4790.13070.3498-0.0769-0.04550.3737-0.00360.257420.49821.6743-11.844
21.2018-0.23580.28421.563-0.08781.4471-0.0817-0.09210.19390.1354-0.02680.0386-0.1654-0.03730.09380.1634-0.01730.01760.1899-0.03410.1954-6.236923.1424-5.0664
32.2125-0.3222-0.11321.13950.64591.521-0.2736-0.42930.72690.36310.3063-0.4079-0.03810.48230.05820.4266-0.0471-0.1230.5848-0.05210.433417.585419.02317.0888
42.28880.1335-0.11890.4717-0.73321.14280.2494-0.01690.3204-0.12790.1033-0.5099-0.51690.2018-0.36450.6861-0.00470.08930.6767-0.05781.5678-5.924259.4143-41.7538
51.82151.0057-0.2750.5589-0.23923.34690.16820.03480.8073-0.24830.1689-0.1348-0.9663-0.4544-0.31981.24350.4486-0.07891.06380.10541.6821-13.070159.9877-49.6864
64.3681.3818-0.12673.17044.24926.73460.48540.45660.3662-0.40510.0536-0.7074-0.5337-0.0334-0.32520.4370.18-0.05660.57720.05720.9311-18.149954.6598-42.0051
72.7476-3.1424-0.11323.7241-0.36262.16870.12450.1198-0.14210.15250.0451-0.330.05190.0203-0.13120.72420.2131-0.43260.6658-0.05721.4224-8.242946.5458-39.24
80.7449-1.14920.91831.7882-1.42781.14310.1617-0.03660.14560.3025-0.0072-0.3907-0.12880.0006-0.16310.6401-0.0935-0.3331.0361-0.00081.6302-0.536851.7087-33.2979
90.2464-0.0149-0.55020.0149-0.0031.32010.1726-0.7996-0.61491.0491-0.0637-0.73710.60350.3081-0.18461.0730.0637-0.11510.86820.16870.9775-13.256349.3088-29.5682
104.22110.1486-0.88922.9560.4990.29610.1992-0.3253-0.0680.7683-0.0946-0.77280.0290.3525-0.16430.94410.1694-0.39220.7282-0.28081.2185-8.463359.0313-30.2725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 42 )A2 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 307 )A43 - 307
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 308 through 382 )A308 - 382
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 15 )B1 - 15
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 16 through 20 )B16 - 20
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 21 through 35 )B21 - 35
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 36 through 46 )B36 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 47 through 55 )B47 - 55
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 56 through 64 )B56 - 64
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 65 through 76 )B65 - 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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