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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dkg | ||||||
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Title | Structure of PYCR1 Thr171Met variant complexed with NADH | ||||||
![]() | Isoform 3 of Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS | ||||||
Function / homology | ![]() pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Meeks, K.R. / Tanner, J.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Functional Impact of a Cancer-Related Variant in Human Delta 1 -Pyrroline-5-Carboxylate Reductase 1. Authors: Daudu, O.I. / Meeks, K.R. / Zhang, L. / Seravalli, J. / Tanner, J.J. / Becker, D.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 517.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 425 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 50.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 71.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6xp3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 34073.246 Da / Num. of mol.: 5 / Mutation: T171M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase #2: Chemical | ChemComp-NAI / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Reservoir contained 360 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 5 mM N-formyl-L-proline. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 28, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.84→91.18 Å / Num. obs: 275613 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 33.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 11.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6XP3 Resolution: 1.85→55.38 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / Phase error: 24.48 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.38 Å2 / Biso mean: 39.2135 Å2 / Biso min: 19.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→55.38 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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