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- PDB-8dk9: Sliding-clamp-DinX peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dk9
タイトルSliding-clamp-DinX peptide
要素
  • Beta sliding clamp
  • DNA polymerase IV 1 peptide
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / magnesium ion binding ...DNA polymerase III complex / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif ...DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / AMINO GROUP / Beta sliding clamp / DNA polymerase IV 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium thermoresistibile (バクテリア)
Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kapur, M.K. / Gray, O.J. / Honzatko, R.H. / Nelson, S.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Interaction of sliding clamp with mycobacterial polymerases
著者: Kapur, M.K. / Gray, O.J. / Honzatko, R.H. / Nelson, S.N.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
E: DNA polymerase IV 1 peptide
F: DNA polymerase IV 1 peptide
C: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
G: DNA polymerase IV 1 peptide
H: DNA polymerase IV 1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,14421
ポリマ－169,4848
非ポリマー66013
水10,755597
1
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
E: DNA polymerase IV 1 peptide
F: DNA polymerase IV 1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,18612
ポリマ－84,7424
非ポリマー4448
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Beta sliding clamp
D: Beta sliding clamp
G: DNA polymerase IV 1 peptide
H: DNA polymerase IV 1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9589
ポリマ－84,7424
非ポリマー2165
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.072, 73.944, 81.343
Angle α, β, γ (deg.)82.769, 77.570, 87.746
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Beta sliding clamp


分子量: 41677.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium thermoresistibile (バクテリア)
遺伝子: dnaN, RMCT_1113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A100XCQ4
#2: タンパク質・ペプチド
DNA polymerase IV 1 peptide / Pol IV 1


分子量: 693.745 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: P63986, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 5種, 610分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes ph 7.5, 0.1M lithium sulphate, 0.1 M NaCl, 20%PEG 3350 and 10% 1,6-Hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.35 Å / Num. obs: 52753 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 48.89 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 6.66
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.329 / Num. unique obs: 2313 / CC1/2: 0.634 / Rpim(I) all: 0.329

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DJ6

8dj6


解像度: 2.5→47.35 Å / SU ML: 0.373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 27.9098
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 1999 3.79 %
Rwork0.2106 50754 -
obs0.2126 52753 95.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11676 0 37 597 12310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002311985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.480816374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04131970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00342161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.03384396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.30551340.26953494X-RAY DIFFRACTION90.7
2.56-2.630.35951320.27213578X-RAY DIFFRACTION93.08
2.63-2.710.34221620.25963554X-RAY DIFFRACTION93.74
2.71-2.80.30231270.2563567X-RAY DIFFRACTION94.67
2.8-2.90.31031530.25943651X-RAY DIFFRACTION95.12
2.9-3.010.32411420.26653610X-RAY DIFFRACTION95.06
3.01-3.150.31031380.25693645X-RAY DIFFRACTION95.31
3.15-3.320.33081480.24253660X-RAY DIFFRACTION95.92
3.32-3.520.31081410.22193652X-RAY DIFFRACTION95.35
3.52-3.80.24251500.21443636X-RAY DIFFRACTION96.14
3.8-4.180.24471420.18483711X-RAY DIFFRACTION96.25
4.18-4.780.24051410.16013675X-RAY DIFFRACTION96.41
4.78-6.020.22281400.18663655X-RAY DIFFRACTION96.3
6.02-47.350.20411490.18893666X-RAY DIFFRACTION96.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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