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- PDB-8dkd: Sliding clamp from M. thermoresistibile -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dkd
タイトルSliding clamp from M. thermoresistibile
要素Beta sliding clamp
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kapur, M.K. / Gray, O.J. / Honzatko, R.H. / Nelson, S.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Interaction of sliding clamp with mycobacterial polymerases
著者: Kapur, M.K. / Gray, O.J. / Honzatko, R.H. / Nelson, S.N.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6771
ポリマ－41,6771
非ポリマー00
水99155
1
A: Beta sliding clamp

A: Beta sliding clamp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3542
ポリマ－83,3542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)102.408, 102.408, 134.159
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp


分子量: 41677.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
株: ATCC 19527 / DSM 44167 / CIP 105390 / JCM 6362 / NCTC 10409 / 316
遺伝子: KEK_10778 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7CIP4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4 M ammonium acetate , 0.1 M bis-tris propane, 8% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→44.79 Å / Num. obs: 12983 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 116.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 243 / CC1/2: 0.595

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P16

3p16


解像度: 3.2→19.97 Å / SU ML: 0.5149 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.1119
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2771 1290 10.03 %
Rwork0.2573 11575 -
obs0.2593 12865 92.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 121.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2901 0 0 55 2956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212953
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50644034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.10541077
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.320.3858730.3795652X-RAY DIFFRACTION47.98
3.32-3.470.4171320.39541176X-RAY DIFFRACTION86.74
3.47-3.650.35211510.34891373X-RAY DIFFRACTION99.67
3.66-3.880.35541550.33291357X-RAY DIFFRACTION99.87
3.88-4.180.32071500.30141364X-RAY DIFFRACTION99.74
4.18-4.590.26271530.26291379X-RAY DIFFRACTION99.93
4.6-5.250.27671530.24261399X-RAY DIFFRACTION99.94
5.25-6.570.29351580.26851412X-RAY DIFFRACTION100
6.58-19.970.21021650.19081463X-RAY DIFFRACTION99.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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