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- PDB-8dk4: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dk4
タイトルPeroxisome proliferator-activated receptor gamma in complex with VSP-51-2
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Modulator / VSP-51-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / temperature homeostasis / response to starvation / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / lncRNA binding / LBD domain binding / response to muscle activity / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of SMAD protein signal transduction / intracellular glucose homeostasis / lipid homeostasis / E-box binding / response to dietary excess / fatty acid oxidation / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / adipose tissue development / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / energy homeostasis / negative regulation of MAPK cascade / digestion / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to nutrient / epithelial cell differentiation / positive regulation of gluconeogenesis / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / SUMOylation of transcription cofactors / RNA splicing / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / placenta development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Regulation of PTEN gene transcription / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / transcription coregulator binding / respiratory electron transport chain / transcription coregulator activity / mitochondrion organization / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / fatty acid metabolic process / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SJ9 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ma, L. / Zhou, X.E. / Suino-Powell, K. / Hou, N. / Zhou, Z. / Luo, J. / Xu, H.E. / Yi, W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)21877020 中国
National Science Foundation (NSF, China)22007020 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification of VSP-51-2 as the Novel and Safe PPAR gamma Modulator: Structure-Based Design, Biological Validation and Crystal Analysis
著者: Ma, L. / Zhou, X.E. / Suino-Powell, K. / Hou, N. / Zhou, Z. / Luo, J. / Xu, H.E. / Yi, W.
履歴
登録2022年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1263
ポリマ－32,6892
非ポリマー4371
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.200, 88.150, 122.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31094.135 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain (UNP residues 234-505) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PGC-1-alpha / PPAR-gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6


分子量: 1594.932 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 138-152 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARGC1A, LEM6, PGC1, PGC1A, PPARGC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 化合物 ChemComp-SJ9 / 5-(benzylcarbamoyl)-1-[(4-chloro-3-fluorophenyl)methyl]-1H-indole-2-carboxylic acid


分子量: 436.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18ClFN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M of trisodium citrate, pH 5.5, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.39 Å / Num. obs: 9684 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 66.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 69144 / Scaling rejects: 143
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.727.31.421844911550.7780.5621.531.7100
9.01-47.395.70.03815552730.9970.0170.04110.299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FM6

1fm6


解像度: 2.6→44.184 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 662 6.87 %
Rwork0.2291 8980 -
obs0.2311 9642 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 178.72 Å2 / Biso mean: 82.0508 Å2 / Biso min: 43.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→44.184 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2246 0 31 4 2281
Biso mean--63.23 68.09 -
残基数----281
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.65310.3353360.363750899
2.6531-2.71080.4809330.3513517100
2.7108-2.77380.4064410.3359531100
2.7738-2.84320.363340.342251199
2.8432-2.920.3626440.343451799
2.92-3.00590.5374320.3089515100
3.0059-3.10290.3924320.3214537100
3.1029-3.21380.364260.2866530100
3.2138-3.34240.3737340.3024520100
3.3424-3.49450.2756390.2472544100
3.4945-3.67860.3325340.2571528100
3.6786-3.9090.2662310.2317521100
3.909-4.21060.2137440.1952533100
4.2106-4.63390.1993470.1928530100
4.6339-5.30350.2007550.1987524100
5.3035-6.67810.2431590.2192527100
6.6781-44.180.1914410.1654587100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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