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万見
- PDB-8djk: HMGCR-UBIAD1 Complex State 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8djk
タイトルHMGCR-UBIAD1 Complex State 2
要素
  • 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
  • Fab 15B2 Heavy Chain
  • Fab 15B2 Light Chain
  • Soluble cytochrome b562
  • UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1
キーワードOxidoreductase/Immune System / Cholesterol / MEMBRANE PROTEIN / Oxidoreductase-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase / : / vitamin K biosynthetic process / phylloquinone metabolic process / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / GTPase regulator activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / prenyltransferase activity ...4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase / : / vitamin K biosynthetic process / phylloquinone metabolic process / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / GTPase regulator activity / coenzyme A binding / negative regulation of amyloid-beta clearance / prenyltransferase activity / menaquinone biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / peroxisomal membrane / cholesterol biosynthetic process / antioxidant activity / negative regulation of protein secretion / NADPH binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / electron transport chain / visual learning / negative regulation of protein catabolic process / long-term synaptic potentiation / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / Golgi membrane / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / nucleus
類似検索 - 分子機能
UbiA prenyltransferase domain containing protein 1 / UbiA prenyltransferase family / UbiA prenyltransferase superfamily / UbiA prenyltransferase family / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, metazoan / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. ...UbiA prenyltransferase domain containing protein 1 / UbiA prenyltransferase family / UbiA prenyltransferase superfamily / UbiA prenyltransferase family / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, metazoan / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, eukaryotic/archaeal type / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile. / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1 / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Chen, H. / Qi, X. / Li, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Welch Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Regulated degradation of HMG CoA reductase requires conformational changes in sterol-sensing domain.
著者: Hongwen Chen / Xiaofeng Qi / Rebecca A Faulkner / Marc M Schumacher / Linda M Donnelly / Russell A DeBose-Boyd / Xiaochun Li /
要旨: 3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase (HMGCR) is the rate-limiting enzyme in cholesterol synthesis and target of cholesterol-lowering statin drugs. Accumulation of sterols in endoplasmic ...3-Hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase (HMGCR) is the rate-limiting enzyme in cholesterol synthesis and target of cholesterol-lowering statin drugs. Accumulation of sterols in endoplasmic reticulum (ER) membranes accelerates degradation of HMGCR, slowing the synthesis of cholesterol. Degradation of HMGCR is inhibited by its binding to UBIAD1 (UbiA prenyltransferase domain-containing protein-1). This inhibition contributes to statin-induced accumulation of HMGCR, which limits their cholesterol-lowering effects. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the HMGCR-UBIAD1 complex, which is maintained by interactions between transmembrane helix (TM) 7 of HMGCR and TMs 2-4 of UBIAD1. Disrupting this interface by mutagenesis prevents complex formation, enhancing HMGCR degradation. TMs 2-6 of HMGCR contain a 170-amino acid sterol sensing domain (SSD), which exists in two conformations-one of which is essential for degradation. Thus, our data supports a model that rearrangement of the TMs in the SSD permits recruitment of proteins that initate HMGCR degradation, a key reaction in the regulatory system that governs cholesterol synthesis.
履歴
登録2022年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
B: UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1
C: Soluble cytochrome b562
L: Fab 15B2 Light Chain
H: Fab 15B2 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,39513
ポリマ－136,0165
非ポリマー5,3798
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / HMG-CoA reductase


分子量: 41215.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: HMGCR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P00347, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)
#2: タンパク質 UbiA prenyltransferase domain-containing protein 1


分子量: 32780.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: Ubiad1, CgPICR_017873, H671_2g6271, I79_022097 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G3IEF0
#3: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 13470.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0ABE7

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#4: 抗体 Fab 15B2 Light Chain


分子量: 23373.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Fab 15B2 Heavy Chain


分子量: 25175.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 8分子

#6: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#7: 化合物 ChemComp-AJP / Digitonin / ジギトニン


分子量: 1229.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O29 / コメント: 可溶化剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complexCOMPLEX#1-#50RECOMBINANT
2HMGCR-UBIAD1-BRIL-Fab 15B2 complexCOMPLEX#1-#51RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 8.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 285496 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.33→269.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.762 / SU B: 17.02 / SU ML: 0.251 / ESU R: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.48727 --
obs0.48727 1109317 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 124.558 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å21.38 Å2-2.17 Å2
2--1.14 Å21.02 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 7091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.0197267
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0060.026947
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.4012.0239915
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.01316111
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.4365860
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg33.31923.273278
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.345151161
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg15.5481540
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0840.21185
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.027630
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.021458
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it1.71812.7583470
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other1.71812.7593469
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it3.29219.1184320
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other3.29219.1174321
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it0.94112.7883797
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other0.94112.7873796
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other1.94619.1025596
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined7.5468295
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other7.5458296
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.33→3.417 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork2.807 82393 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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