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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dis | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourne/1/1946 (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / NIAID hemagglutinin stalk binding antibody / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourne/1/1946 (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab 著者: Yang, M. / Edwards, T.E. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 696.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 466.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 78.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 117.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 DEFdef
#1: タンパク質 | 分子量: 40347.520 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/Melbourne/1/1946(H1N1) / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 23845.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/Melbourne/1/1946(H1N1) / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: ![]() |
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-抗体 , 2種, 6分子 HABCGL
#3: 抗体 | 分子量: 27066.621 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 25514.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 15分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 1種, 61分子 ![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourne/1/1946 (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.45 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 2.4 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9179 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 367154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 367154 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 120.6 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6UYN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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