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- PDB-8dh5: T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dh5
タイトルT7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP mismatch
要素
  • Non-template strand DNA
  • RNA
  • T7 RNA polymerase
  • Template strand DNA
キーワードTransferase/DNA/RNA / T7 RNA polymerase / elongation complex / unnatural base / Ds-Pa / synthetic DNA / transcription / Transferase-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / T7 RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T7 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
Model detailsT7 RNA polymerase, elongation complex, unnatural base pair, synthetic DNA
データ登録者Oh, J. / Wang, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102362 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of transcription recognition of a hydrophobic unnatural base pair by T7 RNA polymerase.
著者: Oh, J. / Kimoto, M. / Xu, H. / Chong, J. / Hirao, I. / Wang, D.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: T7 RNA polymerase
A: Template strand DNA
C: RNA
D: Non-template strand DNA
E: T7 RNA polymerase
F: Template strand DNA
G: RNA
H: Non-template strand DNA
I: T7 RNA polymerase
J: Template strand DNA
K: RNA
L: Non-template strand DNA
M: T7 RNA polymerase
N: Template strand DNA
O: RNA
P: Non-template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,12922
ポリマ－444,05216
非ポリマー2,0776
水00
1
B: T7 RNA polymerase
A: Template strand DNA
C: RNA
D: Non-template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5446
ポリマ－111,0134
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: T7 RNA polymerase
F: Template strand DNA
G: RNA
H: Non-template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5446
ポリマ－111,0134
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: T7 RNA polymerase
J: Template strand DNA
K: RNA
L: Non-template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5205
ポリマ－111,0134
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: T7 RNA polymerase
N: Template strand DNA
O: RNA
P: Non-template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5205
ポリマ－111,0134
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.544, 86.305, 201.199
Angle α, β, γ (deg.)89.790, 85.390, 69.490
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 AFJNDHLP

#2: DNA鎖
Template strand DNA


分子量: 5510.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖
Non-template strand DNA


分子量: 2666.761 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 8分子 BEIMCGKO

#1: タンパク質
T7 RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase


分子量: 98984.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T7 (ファージ) / 参照: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase
#3: RNA鎖
RNA


分子量: 3851.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#5: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 % / Mosaicity: 0.33 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→47.43 Å / Num. obs: 115889 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 76.73 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 408951
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.83-2.883.31.7891921357360.2971.1692.1490.598
15.5-47.433.60.02724576790.9980.0170.03228.195.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX1.19位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DH0

8dh0


解像度: 2.85→47.43 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 1951 1.72 %
Rwork0.2335 111411 -
obs0.2341 113362 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 398.81 Å2 / Biso mean: 108.6907 Å2 / Biso min: 28.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→47.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25216 2652 126 0 27994
Biso mean--107.66 --
残基数----3367
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.85-2.920.43351200.40547876799697
2.92-30.38461530.35117900805398
3-3.090.34931460.31987931807798
3.09-3.190.35991370.30477951808898
3.19-3.30.3291310.29557953808498
3.3-3.430.3351510.29577940809198
3.43-3.590.32181370.25357985812298
3.59-3.780.30241260.22767961808799
3.78-4.020.30431670.22667886805398
4.02-4.330.27481240.21128045816999
4.33-4.760.22771360.19517967810399
4.76-5.450.261460.2078009815599
5.45-6.860.25991380.23338001813999
6.86-47.430.17431390.19158006814599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88880.37830.20880.3657-0.12331.03360.08010.98490.5108-0.1606-0.1132-0.1497-0.04180.30080.04340.50380.11290.08360.88690.32730.733932.976353.8532-56.361
21.5612-0.2398-0.02641.38210.06660.98220.0135-0.10010.17590.2127-0.0294-0.0242-0.0254-0.04140.0450.2675-0.00520.0150.4068-0.00570.37669.406441.769-28.4599
31.9684-0.1669-0.05511.3143-0.19691.70970.18790.6136-0.1365-0.1476-0.1563-0.2170.25160.38680.03350.3020.04870.05690.416-0.00450.374425.629423.8563-39.5297
42.55812.1780.12781.93340.3993.2280.17680.4331-0.0891-0.6777-0.1278-1.19970.39781.1667-0.23650.41780.12930.11680.90610.11940.828534.841934.7931-46.251
54.05233.9898-4.30054.2555-4.46594.7318-0.09422.00970.2421-1.35830.0703-0.54260.60320.36870.00780.5420.01710.09990.83650.05550.577127.203944.0904-41.3088
63.43051.0818-0.9660.5319-0.15670.4021-0.16480.7002-0.1748-0.9037-0.3347-0.41110.5817-0.68860.56052.87140.9491-0.86092.1008-0.49722.290243.070221.6452-47.7102
71.94010.18480.35232.34870.23120.94070.052-0.7532-0.67850.40530.0047-0.42870.3451-0.14990.04480.6273-0.01310.06010.91710.15070.729732.256558.28718.8694
82.35-0.02180.19841.29490.0470.9604-0.0462-0.62730.0359-0.0176-0.0887-0.0638-0.0838-0.0470.13220.4690.11490.00950.5034-0.14280.430637.403782.9867-6.3315
91.1356-0.12721.50130.0460.04353.42220.5655-1.33881.09610.52040.534-3.9482-0.22143.844-0.84011.25810.20130.07923.1874-0.2932.937272.950875.68442.8103
101.6595-0.1868-3.51347.09982.28097.9431-0.3818-1.2902-0.63310.3091-0.3167-1.08840.05182.3140.4970.86580.2544-0.09671.28050.15930.825150.262372.7923-0.6416
111.96463.73640.72068.9768-0.05455.1742-0.0447-0.3541-1.7375-0.8787-0.0367-1.41361.27411.57330.32670.81470.25590.16240.97590.09920.938532.874761.32223.515
122.7875-1.8932-4.53572.13043.24847.7403-0.1742-0.8937-1.1629-0.5476-0.3871-0.77591.05511.60560.74230.78830.06580.07591.06180.06980.920636.668564.7524-1.9154
132.2423-0.295-0.97070.64070.59760.7852-0.9123-0.367-0.15250.0634-0.4532-0.8085-0.1797-0.64551.26262.1820.10860.211.8907-0.31922.438564.776775.81632.578
142.18580.0037-0.20460.7922-0.10971.6817-0.0267-0.03860.87120.05770.15430.1627-0.4445-0.4694-0.12540.687-0.03080.07160.53780.01720.8992-2.148545.9218-95.4235
152.7201-0.00090.1241.5635-0.36311.79850.3582-0.3825-0.4404-0.2496-0.04410.4260.5667-0.282-0.26890.9122-0.2127-0.26170.66920.06770.57558.402710.3958-91.21
161.09130.92210.87974.245-0.35114.81711.0238-0.5511.31011.1088-0.07441.9466-0.5828-1.5488-0.82980.9556-0.18380.15521.32780.26351.2893-6.575523.2337-88.4125
176.4949-0.1827-0.96911.0673-2.47646.0340.60180.11490.4560.42440.12480.81441.0062-0.9601-0.77260.8495-0.114-0.14940.66540.01330.99313.148622.8695-97.8879
180.0153-0.0040.01670.00160.00220.0089-0.03290.9607-0.47620.6628-0.77660.6718-0.306-0.06860.70752.5959-0.4365-0.87633.56460.15883.5124-17.967517.2941-77.9789
194.79572.2107-2.34241.3049-1.34032.1906-0.0690.7558-0.1271-0.12830.43510.04490.9344-0.5119-0.46361.38440.1269-0.37071.1505-0.13160.89557.5068-14.062354.6877
202.14680.0571.19950.98590.26952.47610.15310.51170.1134-0.0779-0.25520.0913-0.15570.25680.11160.94070.0908-0.04830.9721-0.0870.458219.784719.325650.1212
211.3142-1.8218-2.18122.54963.04593.63981.27071.92161.2862-2.8311-0.39591.1688-1.0891-2.2977-0.74223.04451.2191-0.76123.1737-0.75112.8513-19.635424.069242.7763
229.9142-4.4851.70645.0230.77771.0942-0.5080.3256-0.75810.6809-0.14211.18490.3730.04780.60141.21020.09740.14511.33130.03310.59296.623310.030954.0153
235.50133.38125.32713.09953.42415.19661.0044-0.9520.18780.7622-0.44631.0607-0.2799-0.5787-0.42641.41420.0853-0.02351.3929-0.26290.780211.08579.098658.7422
243.61140.0866-2.08440.7567-0.74051.8281-0.14490.53820.10810.05990.72370.4447-1.1414-1.6441-0.60232.42960.63610.06172.6304-0.37242.5259-12.075522.902343.9059
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 331 )B1 - 331
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 332 through 569 )B332 - 569
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 570 through 883 )B570 - 883
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 3 through 18 )A3 - 18
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 0 through 8 )C0 - 8
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 2 through 8 )D2 - 8
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 3 through 437 )E3 - 437
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 438 through 883 )E438 - 883
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 2 through 6 )F2 - 6
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 7 through 12 )F7 - 12
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 13 through 18 )F13 - 18
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 1 through 8 )G1 - 8
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 2 through 9 )H2 - 9
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'I' and (resid 2 through 263 )I2 - 263
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'I' and (resid 264 through 883 )I264 - 883
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'J' and (resid 3 through 18 )J3 - 18
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'K' and (resid 1 through 8 )K1 - 8
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 2 through 8 )L2 - 8
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'M' and (resid 1 through 284 )M1 - 284
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'M' and (resid 285 through 882 )M285 - 882
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'N' and (resid 2 through 6 )N2 - 6
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'N' and (resid 7 through 18 )N7 - 18
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'O' and (resid 1 through 8 )O1 - 8
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'P' and (resid 2 through 9 )P2 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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