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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dh3 | ||||||
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Title | T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa | ||||||
![]() |
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![]() | Transferase/DNA/RNA / T7 RNA polymerase / elongation complex / unnatural base / Ds-Pa / synthetic DNA / transcription / Transferase-DNA-RNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() DNA-templated viral transcription / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | T7 RNA polymerase, elongation complex, unnatural base pair, synthetic DNA | ||||||
![]() | Oh, J. / Wang, D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of transcription recognition of a hydrophobic unnatural base pair by T7 RNA polymerase. Authors: Oh, J. / Kimoto, M. / Xu, H. / Chong, J. / Hirao, I. / Wang, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 574.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 629.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 113.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 155.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8dh0SC ![]() 8dh1C ![]() 8dh2C ![]() 8dh4C ![]() 8dh5C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 98984.227 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 5510.578 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: RNA chain | Mass: 3851.360 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | Mass: 2666.761 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.55 % / Mosaicity: 0.24 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.1 Details: 10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 28, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.93→47.98 Å / Num. obs: 105382 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 90.68 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 371631 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 3.7 %
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 8DH0 Resolution: 3→47.98 Å / SU ML: 0.51 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 33.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 416.21 Å2 / Biso mean: 136.6622 Å2 / Biso min: 33.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→47.98 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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