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Yorodumi- PDB-8dh1: T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8dh1 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair | ||||||
 Components | 
  | ||||||
 Keywords | Transferase/DNA/RNA / T7 RNA polymerase / elongation complex / unnatural base / Ds-Pa / synthetic DNA / transcription / Transferase-DNA-RNA complex | ||||||
| Function / homology |  Function and homology informationDNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function  | ||||||
| Biological species | ![]()  Escherichia phage T7 (virus)synthetic construct (others)  | ||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  SYNCHROTRON /  MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å  | ||||||
| Model details | T7 RNA polymerase, elongation complex, unnatural base pair, synthetic DNA | ||||||
 Authors | Oh, J. / Wang, D. | ||||||
| Funding support |   United States, 1items 
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 Citation |  Journal: Nat Commun / Year: 2023Title: Structural basis of transcription recognition of a hydrophobic unnatural base pair by T7 RNA polymerase. Authors: Oh, J. / Kimoto, M. / Xu, H. / Chong, J. / Hirao, I. / Wang, D.  | ||||||
| History | 
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil Jmol/JSmol | 
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format |  8dh1.cif.gz | 1.4 MB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb8dh1.ent.gz | 1.1 MB | Display |  PDB format | 
| PDBx/mmJSON format |  8dh1.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  8dh1_validation.pdf.gz | 934.8 KB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  8dh1_full_validation.pdf.gz | 996.4 KB | Display | |
| Data in XML |  8dh1_validation.xml.gz | 107.6 KB | Display | |
| Data in CIF |  8dh1_validation.cif.gz | 148.9 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dh1 | HTTPS FTP  | 
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8dh0SC ![]() 8dh2C ![]() 8dh3C ![]() 8dh4C ![]() 8dh5C S: Starting model for refinement C: citing same article (  | 
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology  F&H Search | 
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]() 
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| 1 | ![]() 
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| 2 | ![]() 
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| 4 | ![]() 
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| Unit cell | 
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Components
-DNA chain , 2 types, 7 molecules AFJMDHO      
| #2: DNA chain | Mass: 5616.727 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | Mass: 2666.761 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others)  | 
|---|
-Protein / RNA chain , 2 types, 8 molecules BEILCGKN       
| #1: Protein | Mass: 98984.227 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]()  Escherichia phage T7 (virus) / References: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase#3: RNA chain | Mass: 3851.360 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others)  | 
|---|
-Non-polymers , 4 types, 69 molecules 






| #5: Chemical | | #6: Chemical |  ChemComp-S8L /  | #7: Chemical | #8: Water |  ChemComp-HOH /  |  | 
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y | 
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1  | 
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.51 % / Mosaicity: 0.14 ° | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.1  Details: 10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1  | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | 
|---|---|
| Diffraction source | Source:  SYNCHROTRON / Site:  SSRL   / Beamline: BL12-1 / Wavelength: 1 Å | 
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 16, 2021 | 
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | 
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | 
| Reflection | Resolution: 2.65→39.34 Å / Num. obs: 130161 / % possible obs: 90.3 % / Redundancy: 3.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 509307 | 
| Reflection shell | Resolution: 2.65→2.69 Å / % possible obs: 89.9 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 2.619 / Num. measured all: 25182 / Num. unique obs: 6486 / CC1/2: 0.315 / Rpim(I) all: 1.533 / Rrim(I) all: 3.036 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 0.7 | 
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Processing
| Software | 
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| Refinement | Method to determine structure:  MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 8DH0 Resolution: 2.65→39.34 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 31.4 / Stereochemistry target values: ML 
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→39.34 Å
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| Refine LS restraints | 
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| LS refinement shell | 
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
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| Refinement TLS group | 
  | 
Movie
Controller
About Yorodumi




Escherichia phage T7 (virus)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items 
Citation




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